종교법인 소유 토지상의 건축물 소유자가 건축물 일부를 무상 임대한 경우 부속토지에 대한 취득세 등이 비과세되는지의 여부 (기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.3.27. 청구외 ○○성결교회 ○○교회(주임목사 한○○ 이하 “○○교회”라 한다) 소유인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 630.7㎡와 동 지상 종교용 건축물 887.06㎡ 중 토지 630.7㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 증여 취득한 후 2002.3.28. 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 종교용 토지로 보아 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 비과세 받았으나 2005.6.1. 처분청 세무담당공무원(지방세무서기 강○○)의 현지 확인에서 이 사건 토지상의 건축물 소유자인 청구외 ○○교회가 동 건축물 887.06㎡ 중 지상 1층 180㎡는 청구인이 이 사건 토지 취득 전부터 보육시설용으로 임대하고 있는 것을 2004.10.29.부터는 청구외 이○○(○○도 ○○시 ○○동 ○○번지)에게 무상 임대하여 보육시설(어린이집)을 운영하고 있으므로 무상 임대한 건축물의 부속토지 128㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)에 대한 취득세 3,348,480원, 농어촌특별세 306,940원, 등록세 1,339,390원, 지방교육세 245,550원, 합계 5,240,360(가산세 포함)을 2005.10.13. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 재단법인 ○○성결교회 유지재단으로서 이 사건 토지를 청구외 ○○교회로부터 증여 취득하였으나 이 사건 토지상의 건축물 소유자인 청구외 ○○교회가 지역 주민들에게 봉사한다는 취지와 간접 선교목적으로 기독교 유아교육전문가인 청구외 이○○에게 무상임대하여 어린이집을 운영하고 있고 주말에는 유치·유년부의 예배 장소로도 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세 등은 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교법인 소유 토지상의 건축물 소유자가 건축물 일부를 무상 임대한 경우 임대한 건축물의 부속토지에 대한 취득세 등이 비과세되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등록일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과한다라고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다라고 규정하고 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.3.27. 이 사건 토지를 증여 취득하였으나 이 사건 토지상의 건축물 소유자인 청구외 ○○교회가 청구인이 이 사건 토지 취득 전부터 보육시설용으로 임대하고 있는 것을 2004.10.29.부터는 보육시설(○○어린이집)을 운영하는 청구외 이○○에게 무상임대하고 있으므로 무상 임대한 건축물 180㎡의 부속토지인 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 등을 2005.10.13. 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 건축물 소유자인 청구외 ○○교회가 간접선교 목적으로 기독교유아전문가인 청구외 이○○에게 무상 임대하여 보육시설을 운영하고 있을 뿐만 아니라 주말에는 유치·유년부의 예배장소로 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 목적사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세와 등록세를 비과세하도록 규정하고 다만, 부동산 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과한다라고 규정하고 있는바 동 규정에서의 “직접 사용”이라 함은 종교 활동에 필요한 예배·축전·종교교육·선교에 직접 공여되는 부동산을 뜻하고 있으므로 (같은 취지의 대법원 판례 1986.2.25. 선고 85누824 판결) 청구인의 경우는 2002.3.27. 이 사건 토지를 증여 취득하였으나 이 사건 토지상의 건축물 소유자인 청구외 ○○교회가 건축물의 일부를 임대하여 사용·수익토록 하고 임차인은 임차한 건축물을 사용·수익을 하고 있는 것으로 미루어보면 비록 사용대차계약형식을 취하여 보육시설을 운영하고 있다고 하더라도 이는 종교용에 직접 사용하고 있는 것으로는 볼 수 없으므로 처분청에서 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법한 처분이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23. 행 정 자 치 부 장 관