종교단체가 교회용 건축물을 신축한 후 1년 이내에 매각한 경우에 기 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부 (기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.4.18. 취득하여 소유하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 종교용지 1,320㎡ 상에 종교시설용 건축물 6,225.04㎡(지하 2층, 지상 8층 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 2004.3.3. 신축한 후 2004.3.9. 소유권 보존등기를 함에 따라 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호에서 규정하고 있는 종교용에 직접 사용하고 있는 건축물로 보아 취득세 및 등록세를 비과세하였으나 2005.2.25. 이 사건 건축물과 동 부속토지를 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)에 매각하자 이 사건 건축물의 취득가액(4,628,720,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 104,118,420원, 농어촌특별세 10,183,180원, 합계 114,301,600원은 2005.5.7. 부과 고지하고 등록세 45,902,090원, 지방교육세 7,650,350원, 합계 53,552,440원은 2005.7.9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교단체로서 2004.3.3. 이 사건 건축물을 신축한 후 교회로 사용하였으나 건축물 신축과정에서 발생한 채무 부담으로 인하여 교회 운영에 어려움이 많아 부득이 이 사건 건축물과 가장 근접 거리(150m)에 위치하고 있는 동일 교단인 청구외 ○○장로회 ○○교회와 합병계약을 체결하고 2004.12.20. 합병하여 합병전의 용도인 교회로 계속 사용하고 있으므로 비록 이 사건 건축물이 매매를 원인으로 소유권이 이전되었다고 하더라도 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 이 사건 건축물에 대한 취득세 등은 비과세 되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 교회용 건축물을 신축한 후 1년 이내에 매각한 경우에 기 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제제1항에서 제사·종교·자선·학술 등 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득·등기에 대해서는 취득세와 등록세를 비과세하되, 다만 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.3.3. 이 사건 건축물을 신축한 후 2004.3.9. 소유권 보존등기를 필한 다음 교회로 사용하였으나 2005.2.24. 처분청으로부터 부동산매매계약서의 검인을 받고 2005.2.25. 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)에 매각함에 따라 기 비과세한 이 사건 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 건축물을 신축한 후 종교용으로 직접 사용하였으나 건축물 신축과정에서 발생한 채무부담으로 인하여 교회 운영에 어려움이 있어 동일 교단인 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)와 합병하여 교회로 사용하고 있으므로 비록 매매를 원인으로 소유권이 이전되었다고 하더라도 이 사건 건축물에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하고 있지만 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항과 같은법시행령 제79조제1항제1호에서 종교단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득·등기에 대해서는 취득세 및 등록세를 비과세하지만, 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과한다라고 규정하고 있는 바 청구인의 경우는 1995.4.18. 취득하여 소유하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 종교용지 1,320㎡ 상에 이 사건 건축물 6,225.04㎡를 2004.3.3. 신축하고 2004.3.9. 소유권 보존등기를 필한 후 종교용에 사용하였으나, 2004.12.14. 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)와 체결한 합병계약서 상 청구인의 ○○상호저축은행 채무 및 공사대금을 포함한 부채 총 750,000,000원을 지불함과 동시에 소유권 이전에 필요한 서류를 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)에 제출하고 ○○으로부터 차입한 부채 4,600,000,000원은 승계하는 것으로 등재되어 있을 뿐만 아니라 처분청으로부터 검인을 받은 부동산 매매계약서 상에도 매매대금은 5,350,000,000원으로 하고 계약금 750,000,000원은 2004.12.14. 지급하고 잔대금 4,600,000,000원은 2005.2.20. 지급하기로 등재되어 있는 것으로 미루어보면 청구인은 이 사건 건축물과 동 부속토지를 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)에 매각한 것으로 보아야 하므로 비록 종교용으로 사용하던 부동산을 매각 후에도 종교용으로 사용하고 있다고 하더라도 청구인은 이 사건 건축물 취득일인 2004.3.3.부터 2년 이상 종교용으로 사용하지 아니하고 취득일로부터 1년 이내인 2005.2.25. 동일 교단인 청구외 ○○장로회 ○○교회(담임목사 정○○)에 매각한 것으로 보아야하고 또한 이 사건 건축물 신축과정에서 발생한 채무부담으로 인하여 부득이 매각하였다고 하더라도 이 또한 청구인의 내부사정에 기인한 것이므로 처분청에서 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법한 부과 처분이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23. 행 정 자 치 부 장 관