국민주택용지로 지정하여 개발공급한 토지를 법인이 취득한 경우 농어촌특별세 비과세대상이 되는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2005.6.2. 부과고지한 농어촌특별세 6,946,680원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은청구인이 ○○공사가 전용면적 60㎡초과 85㎡이하의 공동주택용지로 지정 개발한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 공동주택용지 34,194㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다.)를 연부로 취득하고, ○○공사에2005.2.2. 및 2005.2.21.에 각각 지급한 연부금액 1,749,100,730원 및 1,724,241,350원을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 34,982,010원 및 34,484,820원을 2005.2.22. 및 2005.3.12.에 각각 신고 납부하였으나,그 후 행정자치부 유권해석에 따라 이 사건 토지에 대하여 농어촌특별세법 제4조 등의 비과세대상에 해당되지 않는다고 보아 연부납부금액에 대한 취득세액(69,466,830원)을 과세표준으로 같은 법 제5조제1항의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세 6,946,680원을 2005.6.2. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 농어촌특별세법시행령 제4조에서○○공사가 서민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지는 비과세한다고 규정하고 있으므로, 청구인이 국민주택규모이하의 주택을 건설하기 위하여 ○○공사로부터 취득한 이 사건 토지는 비과세대상이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은○○공사가 국민주택용지(전용면적 60㎡초과 85㎡이하)로 지정하여 개발공급한 토지를 법인이 취득한 경우, 농어촌특별세 비과세대상이 되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 농어촌특별세법 제3조에서 그 제5호의 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은 법 제4조에서 그 제9호의 대통령령이 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록세의 감면이나 그 제11호의 대통령령이 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제4조제4항에서 법 제4조제9호 및 제11호에서 "대통령령이 정하는 서민주택"이라 함은 주택법시행령 제3조제1항의 규정에 의한 규모(조세특례제한법시행령 제75조제2항의 규정에 의한 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다)이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지 (국가ㆍ지방자치단체 또는 대한 주택공사법에 의하여 설립된 ○○공사와 ○○공사법에 의하여 설립된 ○○공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지를 말한다고 하고 있고, 주택법시행령 제3조제1항에서 법 제2조제3호의 규정에 의한 국민주택의 규모(이하 "국민주택규모"라 한다)는 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하로 한다고 하고 있으며, 택지개발촉진법 제7조제1항에서 택지개발사업은 국가·지방자치단체 및 ○○공사·○○공사 및 지방공기업법에 의한 지방공사 중에서 건설교통부장관이 지정하는 자가 시행한다고 하고 있고, 같은 법 제18조제1항에서 택지를 공급하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다고 하고 있으며, 같은 법 제19조에서 택지를 공급받은 자(국가·지방자치단체 및 대한주택공사를 제외한다) 또는 그로부터 당해 택지를 취득한 자는 제18조제1항의 규정에 의하여 승인을 얻은 용도에 따라 주택 등을 건설하여야 한다고 하고 있고, 같은 법 시행령 13조의2제1항에서 시행자는 그가 개발한 택지를 주택법 시행령 제3조의 규정에 의한 국민주택규모의 주택(임대주택을 포함한다) 건설용지(이하 "국민주택규모의 주택건설용지"라 한다)와 기타의 주택건설용지 및 법 제2조제2호의 공공시설용지로 구분하여 공급하되, 공공시설용지를 제외하고는 국민주택규모의 주택건설용지로 우선 공급하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2004.9.1. 관할관청은○○공사는 택지개발촉진법 제9조에 의하여○○지구택지개발사업실시계획을 승인고시하고 있고, 관련법령이나 건교부 택지개발업무처리지침에 의하여일정비율만큼 국민주택규모이하의 택지로 공급하도록 되어 있으며, 2004.12.20.청구인은 이 사건 토지에 대하여○○공사(○○지사)와○○지구용지매매계약을 체결하면서, 그 계약서상 이 사건 토지를 60～85㎡이하 공동주택지라는 목적용지임을 명기하고 있고, 대금납부방법은 총매매대금 17,165,390,000원을 2004.6.30. 계약금 1,737,056,000원, 2004.12.30. 1차 중도금 3429,204,000원, 2005.6.30. 2차 중도금 3428,180,000원, 2005.12.30. 3차 중도금 3,428,180,000원, 2008.2.20. 4차 중도금 5,142,770,000원에 각각 할부로 납부하도록 되어 있으며, 2005.2.2. 및 2005.2.21 1차 중도금(연체료 포함)인 선중도금 1,749,100,730원과 후중도금 1,724,241,350원을 매도인에게 분할납부하였고, 그에 따라 2005.2.22. 및 2005.3.12. 선중도금 1,749,100,730원에 대하여 취득세 34,982,010원을, 후중도금 1,724,241,350원에 대하여 취득세 34,484,820원을 각각 신고납부하였으며, 2005.6.22. 이 사건 농어촌특별세를 납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지는○○공사가 국민주택용도로 지정받아 개발하여 일반인에게 공급되는 것이므로 법문 상 농어촌특별세가 비과세되어야 한다고 주장하므로 이를 보면, 농어촌특별세법 제4조제11호 및 같은 법시행령 제4조제4항 및 주택법시행령 제3조제1항에서는, 1세대 당 주거전용면적 85㎡ 이하의 주거용 건물(이하 “국민주택”이라 한다.)과 이에 부수되는 토지(국가·지방자치단체 또는 ○○공사와 ○○공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함한다.)로서 주택바닥 면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 '서민주택'이라고 정의하고, 이에 대한 취득세에 관하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 여기에서 농어촌특별세가 비과세되는 “국민주택에 부수되는 토지”란 원칙적으로 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지를 말하고, 그렇지 않은 경우에는 택지개발촉진법 제19조에서 사업시행자로부터 당해 택지를 취득한 자는 승인을 얻은 용도에 따라 주택 등을 건설하여야 한다고 하는 것에 비추어 국가·지방자치단체 또는○○공사와○○공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지만을 의미한다고 할 것인데도, 처분청에서 일반건설업자가 국민주택용도로 개발한 토지에 대하여 농어촌특별세를 비과세하지 않는다는 대법원판례(2004.8.20. 선고 2002두12984 판결)와 관련한 행정자치부 유권해석(세정과-4628, 2004.12.18.)과 동일하게 취급하여 ○○공사가 국민주택용도로 지정하여 개발공급하는 토지까지도 확대하여 농어촌특별세를 부과하는 것은 “국가·지방자치단체 또는 ○○공사와 ○○공사가 국민주택을 건축하기 위해 취득하거나 개발·공급하는 토지”에는 이들 기관으로부터 개발·공급된 토지를 취득하는 경우도 포함된다고 하는 것(행정자치부 유권해석 세정팀-1039, 2005.6.4.)에 비추어 법령적용에 잘못이 있다고 하겠으므로, 청구인의 경우 2004.12.20. 이 사건 토지에 대하여○○공사(○○지사)와 광주수완지구용지매매계약을 체결하였고, 그 계약서 및○○지구택지개발사업실시계획승인서상 이 사건 토지는 60～85㎡이하 공동주택지라는 목적용지로 되어 있어서 이는 ○○공사가 국민주택용도로 지정하여 개발공급하는 토지가 틀림없는 것이어서 처분청에서 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관