종교를 목적으로 하는 비영리사업자에 해당여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.2.25. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 1,140.0㎡ 및 그 지상건축물 793.94㎡(지하 2층·지상 2층, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 다음 지방세 비과세신청을 하자 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제79조제1항 및 제94조제1항의 규정에 의한 비영리사업자에 해당되지 아니한다고 보아 이를 반려하였고, 그 후 청구인이 2005.3.22. 그 취득가액(1,520,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 30,400,000원, 농어촌특별세 3,040,000원, 등록세 30,400,000원, 지방교육세 6,080,000원, 합계 69,920,000원을 신고한 다음 2005.3.28. 납부하자 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 이 사건 부동산을 선교사업(프로그램사업)을 수행하는 자료실, 회의 및 사무실 등으로 직접 사용하고 있는 사실이 2005년도 목적사업부문 지출예산의 내역에서 확인되고 있음에도, 비영리법인이 그 사업에 직접 사용하는 재산인지 여부를 그 실제 사용관계를 기준으로 하여 판단하지 아니하고 단순히 법인등기부와 정관에 등재되어 있는 사업 전체를 기준으로 판단하여 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다 하겠고, 예비적으로 프로그램 사업을 위해 지출한인건비와 경상비 등도 목적사업 수행을 위한 간접비용으로서 목적사업비용에해당되므로, 프로그램사업비와 인건비 등을 포함한 비용이 총 지출액에서차지하는 비율만큼 이 사건 취득세 등을 경정하여야 한다는 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 종교를 목적으로 하는 비영리사업자에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호, 같은법시행령 제79조제1항 본문 및 제1호, 같은법시행령 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1966.4.22. 민법 제32조 및 문화관광부및문화재청소관비영리법인의설립및감독에관한규칙 제4조의 규정에 의하여 서울특별시장으로부터 설립허가를 받은 재단법인으로서, 기독교적인 화해 정신을 바탕으로 한국 사회의 건전한 발전을 위한 중요 문제를 조사 연구하고, 대화를 통한 합리적인 해결에 이바지하기 위한 협의회를 가지며 모든 분야에서 봉사할 일꾼을 훈련함을 목적으로 하고 있고, 이러한 목적을 달성하기 위하여 기독교계의 갱신과 일치, 종교간의 대화와 협력, 국내외 교회와 종교단체와의 교류협력에 관한 일, 건전한 사회발전을 위한 각종 대화모임, 문화향상을 위한 일, 사회복지 및 지원사업(청소년복지·노인복지·지역사회복지 외), 연구조사, 출판에 관한 일, 민주사회발전과 민족화해를 위한 훈련과 사회봉사요원 교양훈련 및 생태문제 해결을 위한 연구조사 활동 등의 사업을 수행하고 있는 사실과 2005.3.22. 이 사건 부동산을 취득한 다음 1층은 휴게실, 부엌, 발간자료 열람실 등으로, 2층은 이사장실, 사무실(직원 7명), 자료실, 회의실 등으로, 3층은 ○○마당(강당, 야외 마당), 세미나 및 회의실 등으로 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 종교를 목적으로 하는 비영리사업자에 해당될 뿐만 아니라 이 사건 부동산을 종교용에 직접 사용하고 있으므로 취득세 등의 비과세대상에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조제1항제1호 및 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 정관 및 법인등기부등본을 보면 기독교적인 화해 정신을 바탕으로 한국 사회의 건전한 발전을 위한 중요 문제를 조사 연구하고, 대화를 통한 합리적인 해결에 이바지하기 위한 협의회를 가지며 모든 분야에서 봉사할 일꾼을 훈련함을 목적으로 하고, 이러한 목적을 달성하기 위하여 크리스찬아카데미, 대화문화네트워크, 시민사회지도자교육원, 바람과물연구소 등의 운영기구를 두고 교회의 갱신과 일치, 종교간의 대화와 협력, 국내외의 교회 및 기타 종교단체와의 교류와 협력 건전한 사회발전을 위한 각종 대화모임, 문화향상과 사회복지 및 지원사업, 연구조사 및 출판, 시민사회의 지도자와 남북화해를 위한 지도자 훈련, 생태문제 해결을 위한 대안 연구사업 등을 수행한다고 등재되어 있으며, 2004.12.16. 개최한 정기이사회의 내용을 보면 프로그램 사업을 종교간 대화와 지역사회에서 종교의 역할에 초점을 맞추기 위한 “종교·교회 프로그램”과 생태위기라는 21세기형 물음을 통해 한국사회의 미래를 준비하기 위한 “녹색화 프로그램” 및 우리사회의 변화를 진단하고 새로운 사회비전을 모색하는 “사회분야 프로그램”으로 재편하고, 각 프로그램마다 연구모임, 대화모임, 교육모임 등의 행사를 실시하는 것으로 되어 있으며, 그 중 “종교·교회 프로그램”은 남과 북의 통일문제를 연구하는 신학자들의 연구모임인 “공생의 영성 신학포럼”, 지역에서 생명선교를 실천하는 목회자들의 대화모임인 “생명목회 콜로키움”, 6대 종단 젊은 성직자들의 대화모임인 “젊은 종교인 대화모임”, 6대 종단 예비 성직자들의 대화캠프인 “종교청년 대화캠프”로 구분하고 있고, 그 사업의 취지가 “공생의 영성 신학포럼”은 한국 교회에서 보수와 진보의 어느 한 쪽에도 치우치지 않는 균형잡힌 신학자들을 초청하여 6·25문제, 통일문제, 탈북자 문제 등에 대한 신학적 입장을 토론하고 정리한 후 향후 있을 한국 교회 보수와 진보간 대화모임의 밑거름이 되게 함에 있고, “생명목회 콜로키움”은 지역에서 앵커의 역할을 할 수 있는 목회자들을 찾아내고 네트워킹하여 현장의 경험을 나눌 수 있게 하며, 향후 마을과 지역단위에서 공생체를 형성하는데 있어 중심적인 역할을 할 수 있도록 함에 있으며, “젊은 종교인 대화모임”은 6대 종단 젊은 성직자들이 현장에서 서로 종교간 협력을 할 수 있도록 이론적인 모색과 함께 실질적인 네트웤이 형성되게 하며 새로운 리더쉽을 발굴하는 장이 되게 함에 있고, “종교청년 대화캠프”는 성직에 입문하기 전에 6대 종단 예비 성직자들을 만나게 함으로써 종교적 편견을 미연에 방지하고 종교간 협력의 길로 나아갈 수 있게 함에 있는 점과 “종교·교회 프로그램”과 관련한 2004년도 지출액(68,300천원)은 총 지출액(1,107,600천원)의 6.2%, 2005년도 예산액(25,500천원)은 총 예산액(710,500천원)의 3.6%에 불과할 뿐만 아니라 예산편성 또한 종교 및 교회분야 조사연구(22,000천원)와 종교청년대화캠프(3,000～3,500천원)로 부기되어 있는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구인은 예배·축전·종교교육·종교의식·선교 등 여러 가지 종교행사를 통하여 불특정 다수인에게 특정 종교를 보다 널리 알리는 종교 본연의 목적을 수행하는 단체라기 보다는 여러 종단의 종교인들이 모여 생명 및 환경, 사회문제등을 연구하고 대화와 토론을 통한 사회활동을 하는 단체로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 지방세법시행령 제79조제1항제1호에서 규정하고 있는 종교를 목적으로 하는 단체에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠고, 청구인은 이 사건 부동산을 1층은 휴게실과 발간자료 열람실 등으로, 2층은 이사장실과 직원 사무실 및 회의실 등으로, 3층은 다사리마당(강당,야외 마당)과 세미나 및 회의실 등으로 사용하고 있는 사실이 2005.6.15. ○○시 세무담당공무원(지방세무주사 김○○)의 현지확인 복명서에서 확인되고 있음을 볼 때, 예배·축전·종교교육·종교의식·선교 등 교회의 중추적인 종교활동용에 직접 공여되는 부동산이라기 보다는 연구와 대화 또는 토론을 위한 장소로 이용되고 있는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구인이 이 사건 취득세 등을 신고납부하자 처분청이 이를 수납하여 징수결정한 처분은 잘못이 없다 하겠고, 청구인은 종교를 목적으로 하는 단체에 해당된다고 볼 수 없는 이상 예비적 청구 또한 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관