대도시내 법인이 등록세 중과제외업종을 영위하기 위하여 취득·등기한 부동산을 분할된 신설 법인이 매각한 경우 기존 법인에게 등록세를 중과세 한 것의 적법여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2005.2.3. 부과 고지한 등록세 550,800,000원, 지방교육세 100,980,000원, 합계 651,780,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 디지털통신 네트워크 제조개발 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 1998.3.23. 법인을 설립(본점소재지:○○시○○구○○3동○○번지, 설립당시 상호: 주식회사○○코리아, 2001.3.7.:○○주식회사로 상호변경)하고 2002.7.11.○○시○○구○○동 949-1번지의 토지 852㎡와 동 지상 건축물 2,681.32㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 경락취득(서울지방법원 2001타경18835)한 후 경락가액 7,650,000,000원을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 등 275,400,000원을 같은날 신고납부 하였으나 2002.9.16. 임시주주총회에서 디지털통신 네트워크 제조개발 및 판매업과 이에 따른 부동산을 분할하여 청구외○○홀딩스 주식회사를 설립(2002.10.29. 설립등기)함에 따라 이 사건 부동산은 회사분할을 원인으로 청구외○○홀딩스 주식회사로 소유권 이전등기를 필하였으므로 지방세법시행령 제101조제2항 및 같은법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득·등기한 부동산을 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 550,800,000원, 지방교육세 100,980,000원, 합계 651,780,000원(가산세 포함)을 2005.2.3. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 대도시내 법인설립(1998.3.23.)이후 5년 이내인 2002.7.11. 서울지방법원의 경락에 의하여 이 사건 부동산을 취득한 후 등록세 중과제외업종인 네트워크 제조개발 및 판매업 등을 영위하고자 하였으나 2002.9.16. 임시주주총회에서 청구인의 고유 업무 중 첨단 기술 산업인 네트워크 제조개발 및 판매업을 분할하여 신설 법인에서 전담하기로 결정됨에 따라 2002.10.29. 청구외○○홀딩주식회사를 설립하고 2002.10.30. 이 사건 부동산을 회사분할을 원인으로 소유권 이전 등기를 필한 후 고유 업무를 수행하던 중 무리한 경영으로 인하여 채권자들이 이 사건 부동산을 경매 신청하여 매각됨에 따라 등록세 등이 중과세 되었지만, 청구인은 이 사건 부동산이 분할된 신설 법인에게 이전됨과 동시에 조세채권도 모두 포괄승계 되었기 때문에 청구인에게는 등록세의 중과세 납세의무가 성립되지 아니한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 법인이 등록세 중과제외업종을 영위하기 위하여 취득·등기한 부동산을 분할된 신설 법인이 매각한 경우 기존 법인에게 등록세를 중과세 한 것이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니한다라고 규정하고, 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 대통령령이 정하는 업종이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다라고 규정하고, 제7호에서 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 첨단업종이라고 규정하고 산업자원부장관의 고시(제2002-24)에서 첨단기술의 범위 중 소프트웨어, 정보처리 및 제공기술 등이라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제101조제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 디지털통신 네트워크 제조개발 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 1998.3.23. 법인을 설립하고 2002.7.11. 이 사건 부동산을 취득한 후 같은날 등록세 등 275,400,000원을 신고 납부하였으나 2002.9.16. 임시 주주총회에서 청구인의 고유 업무 중 디지털통신 네트워크 제조개발 및 판매업과 이에 따른 부동산을 분할하여 신설 법인에서 전담하기로 결정됨에 따라 청구외○○홀딩스 주식회사를 설립(설립등기: 2002.10.29.)한 후 이 사건 부동산을 회사분할을 원인으로 청구외○○홀딩스 주식회사에게 소유권이전등기를 필하였으므로 지방세법시행령 제101조제2항 및 같은법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득·등기한 부동산을 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데, 청구인은 임시주주총회에서 첨단기술산업분야를 분할하기로 결정됨에 따라 이 사건 부동산이 분할된 신설 법인에게 이전되었고 신설 법인 명의로 소유권이전등기와 동시에 이 사건 부동산에 대한 조세채권 등이 모두 포괄 승계되었기 때문에 이 사건 등록세에 대한 중과세 납세의무는 성립되지 아니한다고 주장하고 있는 반면, 처분청에서는 이 사건 부동산을 취득한 후 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 분할된 신설 법인에게 이전된 것을 매각한 것으로 판단하여 등록세에 대한 중과세 납세의무가 성립된다고 주장하고 있으므로 이에 대해 보면, 상법 제530조의 10에서 분할로 인하여 설립되는 회사는 분할하는 회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 의하여 승계한다라고 규정하고 있고 동 규정에 의하여 2002.8.28. 청구인이 작성한 분할계획서 제4조에서 분할기일 현재 본회사의 주주명부에 기재된 주주에게 그 소유주식 비율에 따라 신설회사주식을 배정한다라고 등재되어 있는 것으로 보아 기존 법인의 주주들이 분할된 신설 법인의 주주와 동일인으로 보여지므로 기업을 분할하여 신설된 법인이 등록세 중과제외요건을 충족하지 못하여 중과세 납세의무가 성립되었다는 사유로 기존 법인까지 모두 중과세 납세의무가 있는 것으로 보면 부분적 포괄승계에 관한 법인분할 본질상 기존 법인과 분할된 신설 법인이 2중으로 과세하는 문제가 발생될 뿐만 아니라, 기존 법인과 분할된 신설 법인 모두에게 등록세의 중과세 납세의무가 있는 것으로 판단할 경우 기존 법인을 2개의 법인으로 분할하고 기존 법인을 소멸할 경우에 신설된 하나의 법인에서 등록세 중과세 요건이 성립하였다는 사유로 기존 법인도 아닌 신설된 또 다른 법인에 등록세를 중과세하여야 하는 불합리한 점도 발생할 수 있으므로 등록세 중과세납세의무는 이 사건 부동산을 포괄 승계받은 분할된 신설 법인에게만 있다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관