비영리사업자가 토지를 종교용으로 취득한 후 관계법령에서 개발제한구역으로 지정되어서 그 용도에 직접 사용하지 못하였을 경우 이를 정당한 사유로 보는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.1.18.○○도○○시○○동○○번지외 4필지 토지 4,174㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조에 의한 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 2004.12.10. 현지 확인한 결과 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하므로 그 취득가액(1,640,000,000원)을 과세표준으로지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여산출한 취득세 32,800,000원, 농어촌특별세 3,280,000원, 등록세 49,200,000원, 지방교육세 9,840,000원, 합계 95,120,000원(가산세 포함)을2005.2.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은예수교대한하나님의성회에 등록된 비영리종교단체로서, 서○○외 1인으로부터 2002.1.18. 이 사건 토지를 취득하여 2002.1.21. 소유권이전등기를 경료한 후 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였으나, 이 사건 토지는 취득당시부터 관계법령의 규정에 의하여 개발이 제한된 토지이지만 그 주변지역은 이미 도시기반시설이 완료되어 있어 건축물을 신축할 수 있는 여건을 가지고 있고, 그러므로 이 토지는 그 보존가치가 상실한 5등급에 해당되어 개발제한구역의 해제조정이 불가피한 상황에 처해 있어 관계기관에 수차례에 걸쳐 민원을 제기하였으나 관계기관의 법령개정절차를 지연하므로 부득이 고유목적에 사용하지 못한 것은 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 비영리사업자가 토지를 종교용으로 취득한 후 관계법령에서 개발제한구역으로 지정(1972년도)되어서 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못하였을 경우 이를 정당한 사유로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 등을 말한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제94조제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2002.1.10. 청구인은 같은 동 876-260번지 2,686㎡, 876-64번지 1,156㎡, 876-249번지 91㎡, 876-518번지 201㎡, 876-519번지 41㎡, 그리고 유지 4,174㎡로 되어 있는 이 사건 토지에 대하여○○도○○시○○구○○동○○번지 남○○외 1인과 매매대금을 1,640,000,000원으로, 2002.1.18. 잔금 1,300,000,000원을 지급하는 내용으로 매매계약을 체결하였고, 2002.1.19. 이 사건 토지를 취득하여 처분청에게 지방세감면신청을 하였으며, 이틀 후 이 사건 토지에 대하여 처분청에게 유예기간내 그 용도에 사용하겠다는 각서를 제출하였고, 2002.1.21. 이 사건 토지에 대하여 소유권이전등기를 경료하였으며, 한편, 이 사건 토지현황은 도시계획확인서상 도시관리계획이 용도지역은 자연녹지지역으로, 구역은 개발제한구역으로 되어 있으며, 청구인외 주민이 제기한 진정서나 관계기관의 민원회시문 등에서 이 사건 토지에 대한 현황은○○도○○시○○역앞 2만여평의 토지의 일부로 1972년부터 개발제한구역으로 지정되어 있고, 정부에서 개발제한구역내 주민의 불편을 해소하기 위하여 그의 해제·조정을 할 수 있도록 제도를 수립하였으나, 이 사건 토지를 비롯한 2만여평의 토지는 광역도시계획상 조정가능지역의 설정목적과 규모 및 소규모 단절토지에 대한 규정 등에 부합되지 아니하므로 해제나 조정을 할 수 없는 지역으로 확인된 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면,지방세법제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득 및 등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하지만,취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세와 등록세를부과하도록 규정하고 있으며, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것(같은 취지의 대법원판결 98두15139, 1999.10.8.)이므로,청구인의 경우 이 사건 토지는 1972년부터 도시계획상 개발제한지역으로 지정되어 건축행위 등 개발행위를 할 수 없는 지역이며, 청구인은 위 토지를 취득 전부터 정부에서 개발제한구역내 주민의 불편을 해소하기 위하여 그의 해제·조정을 할 수 있도록 제도를 수립하여 개선 중에 있음을 인지하고, 이에 따라 위 토지가 보존가치를 상실한 5등급 토지에 해당됨으로서 취득 후 조속한 시일내개발제한구역의 지정을해제하거나 조정될 수 있도록 수차례에 걸쳐 관계기관에 민원을 제기한 과정이나처분청에 지방세비과세신청시 제출한 각서에서 3년이내에 종교시설로 활용하지 못할 경우에는 추징하여도 그에 대한 이의를 제기하지 않겠다고 한 점, 그리고 사회통념상 부동산에 대한 거래행위를 할 경우는 가격동향은 물론 그에 대한 법령상 규제여부나 토지활용도 등 제반여건을 고려하여 매매계약을 하려고 하는 거래당사자의 합리적 경향 등에 비추어 볼 때 청구인은 취득당시부터 이 사건 토지를 이미 개발제한구역내의 토지임을 인지하고 법령상 개발행위가 제한되어서 개발제한구역의 지정해제나 조정이 되지 않으면 이 사건 토지를 사용하지 못할 것을 충분히 예상했으리라 볼 수 있으며,또한,이러한 사정이 있는데도 막연히 유예기간내 위 구역의 지정해제 등이 가능한 것으로 믿고 민원제기를 통해 관계기관의 법령개정을 도모하였으나 개정되지 않아서 이 사건 토지를 그 용도에 직접사용하지 못한 것이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위해 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(같은 취지의 대법원판례 98누7626, 1998.7.10.)고도 하겠으므로 청구인의 민원제기를 통한 법령개정사항은 정당한 사유에 해당된다고 할 수 없는 것이어서처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관