아파트형공장에는 지원시설인 창고 및 근린생활시설도 포함되므로 조례상 전체면적을 감면대상으로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2005.6.13. 공부상 지원시설 중 신고누락된 면적(1,591.57㎡) 및 공부상 지원시설의 부속토지(11,404.44㎡)에 대하여 부과고지한 취득세 77,447,240원, 농어촌특별세 6,860,710원, 등록세 227,046,640원, 지방교육세 41,643,910원, 합계 352,998,500원을 취득세 7,468,270원, 농어촌특별세 684,580원, 등록세 33,607,230원, 지방교육세 6,161,320원, 합계 47,921,400원으로 경정하고, 나머지 준공후 공장에서 창고로 용도변경한 면적과 본점사용면적 및 그 부속토지에 대하여 부과한 세액은 기각하며, 그리고 준공당시 지원시설건축면적에 대하여 신고납부한 세액은 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 법인인 청구인이 2002.4.9. ○○시○○구○○동○○번지외 1필지 아파트형공장 설립용도의 토지 7,720.4㎡를 취득하고(취득가액 8,664,815,560원, 취득세 등을 감면받음), 그 지상에 아파트형 공장 49,613.74㎡(이하 “이 사건 공장”이라 한다)를 2004.4.21. 신축취득하자 공장으로 허가면적(38,209.3㎡)에 대하여 취득세 등을 감면받았으며, 그 외에 근린생활시설 및 창고부분(9,812.87㎡)에 대하여는 안분된 취득가액(6,947,209,760원)을 과세표준으로 지방세법 112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 138,944,100원, 농어촌특별세 13,894,410원, 등록세 55,577,670원, 지방교육세 11,115,530원, 합계 219,531,800원을 같은 날 신고납부하였으나, 그 후 세무조사결과 서울특별시세감면조례 제19조제1항에 의거 과세대상인 공부상 지원시설 중 신고누락된 창고면적(1,591.57㎡) 및 공부상 지원시설의 부속토지(11,404.44㎡, 본점분 제외)에 대하여 안분된 취득가액(건물분 1,126,782,545원, 토지분 1,991,733,926원)을 과세표준으로 지방세법 112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 및 같은 법 제138조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 77,447,240원, 농어촌특별세6,860,710원, 등록세 227,046,640원, 지방교육세 41,643,910원, 합계 352,998,500원을, 그 중 공장을 근린생활시설로 용도변경한 면적(7,992.93㎡)과 그 부속토지에 대하여 안분된 취득가액(건물분 5,494,570,229원, 토지분 1,365,428,829원)을 과세표준으로 지방세법 112조제1항 및 같은 법 제131조제1항 및 같은 법 제138조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 177,962,940원, 농어촌특별세 15,069,980원, 등록세 217,056,230원, 지방교육세 40,092,330원, 합계 450,181,480원을, 그 중 본점으로 사용하는 면적(231.9㎡) 및 그 부속토지에 대하여 안분된 취득가액(건물분 164,178,058원, 토지분 37,829,457원)을 과세표준으로 지방세법 112조제3항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,629,610원, 농어촌특별세 888,820원, 합계 11,518,430원을, 2005.6.13. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구인은 이 사건 공장 중 지하 2·3층의 창고, 공장에서 용도변경된 근린생활시설(이하 "이 사건 지원시설"이라고 한다.)은 관련법령상 공장을 지원하는 지원시설로서 아파트형공장의 범위에 포함되므로 전체면적에서 차지하는 면적비율이 20%이내에 있으면 감면대상이라고 하면서 공장에서 근린생활시설로 용도변경한 부분은 위 창고부분을 당초 공장용도로 사용하려고 한 것인데도 건축허가부관 때문에 부득이 창고로 되어서 위 20%의 비율을 맞추기 위하여 공장으로 허가받았고, 위 창고가 공장으로 용도변경이 가능하다는 법원의 판결이 있은 후 다시 근린생활시설로 용도변경한 것에 불과하므로 실질과세 및 현황과세의 원칙상 설립당시 지원시설이라고 하고 있으며, 또한, 이 사건 지원시설이 감면대상이 아니라하더라도 위 창고부분은 당초부터 공장으로 건축하여 그 용도로 분양한 것인데 건축허가신청시 건축위원회 심의결과 위 지하2·3층은 창고만 허가가 가능하다고 하는 조건부건축허가로 부득이 창고로 사용승인되었으나, 그 후 건축물표시변경신청 및 반려 등의 절차나 위 조건내용이 무효라는 법원판결로 창고에서 공장으로 그 표시변경을 한 과정 등을 볼 때, 이 사건 공장 중 창고부분은 실질과세 및 현황과세의 원칙상 공장이라고 주장하고 있고, 끝으로 일시적으로 본점을 이 사건 공장으로 이전한 것이므로 취득세 중과세대상에 해당하지 아니하며, 설령, 중과세한다고 하더라도 이 사건 공장으로 사실상 이전한 날은 2004.10.4.이므로 이날을 기준으로 납부불성실가산세를 부과하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 관련법령상아파트형공장에는 지원시설인 창고 및 근린생활시설도 포함되므로 조례상 전체면적을 감면대상으로 볼 수 있는지와 그 공장일부를 본점으로 사용한 것으로 보아취득세 중과세대상에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,지방세법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 과밀억제권역안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있고,같은 법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하고 있으며, 서울특별시세감면조례 제19조제1항에서 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하나, 그 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일로부터 5년이내에 정당한사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양·임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다고 하고 있고, 그 제2항에서아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의5제1항제1호 및 제2호 의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하며, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하지만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있고, 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제6호에서 "아파트형공장"이라 함은 동일건축물안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 하고 있으며, 산업집적활성화및공장설립에관한법률시행령 제4조의5에서 법 제2조제6호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 3층이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말한다고 하고 있고, 같은 법률시행령 제36조의4제2항에서 법 제28조의5제1항제3호의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설은 그 제1호의 금융·보험·교육·의료·무역·판매업(당해 아파트형공장에 입주한 자가 생산한 제품을 판매하는 경우에 한한다)을 영위하기 위한 시설 및 그 제2호의 물류시설 기타 입주기업의 사업을 지원하거나 보육시설·기숙사 등 종업원의 복지증진을 위하여 필요한 시설 및 그 제3호의 건축법 시행령 별표 1 제3호 및 제4호의 규정에 의한 근린생활시설로 한다고 하면서, 그 제3항에서 제2항 각호의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설의 규모는 당해 아파트형공장의 건축연면적의 100분의 30 이내로 하여야 한다고 하고 있으며, 그 제5항에서 시장·군수 또는 구청장이나 관리기관은 아파트형공장안에서 제조업을 영위하는 입주기업의 부대시설중 사무실 또는 창고를 그 아파트형공장 건축물내의 별도 구역에 설치하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1997.8.27. 청구인은 아파트형 공장건설, 분양, 임대업 등을 목적사업으로○○시○○구○○동○○번지를 본점으로 하는 법인을 설립하였고, 그 후 등기부상에서 본점주소를 1997.10.21. 이 사건 공장소재지로 변경하였다가 2003.1.13.부터 2004.3.30.까지는 같은 동○○번지○○빌딩으로, 2004.3.31 다시 위 소재지로 변경한 사실이 확인되고 있으며, 2002.4.9. 청구인은 이 사건 공장을 건설하기 위해 그 부속토지를 취득하고 취득세 등을 감면받았고, 2000.11.9. 이 사건 공장에 대하여 관할관청으로부터 건축위원회 심의시 지하층은 소음공해 등 환경상 공장으로 사용은 불합리하여 창고용도 등으로 변경토록 심의된 사항이므로 공장으로의 사용은 불가하다는 조건부건축허가를 받았으며, 2004.4.9. 청구인은 건축허가상 특별부관을 제거하기 위해 창고를 공장으로 하는 건축심의변경신청을 관할관청에 제기하였으나, 2004.4.16. 건축위원회심의의결서에서 지하2,3층은 건축허가시 환기소음 등 환경여건때문에 창고로 사용하도록 조건을 부가한 것으로 환기소음 등을 해결한 후 재심의 신청하라는 공문을 통보받았고, 2004.4.21. 이 사건 공장에 대하여 지하3층·지상11층으로 공장은 38,441.2㎡, 창고는 9,390.77㎡, 근린생활시설은 1,781.77㎡, 총면적 49,613.74㎡으로 아파트형공장설립승인 및 사용승인을 받았으며, 2004.5.27. 처분청에게 이 사건 공장중 창고부분을 공장으로 하는 건축물표시변경신고하자 2004.6.2. 반려되었고, 2004.6.24. 위 특별부관이 잘못되었다는 행정소송을 관할법원에 제기하여 2004.9.15. 청구인은 건축법시행령 14조에서 용도변경대상중 공장과 창고시설은 동일한 산업시설군이므로 별도의 승인절차없이 건축물표시변경신고만으로 용도변경이 가능한데도 특별부관으로 기속하는 것은 그 하자가 중대할 뿐더러 건축법령의 규정에 비추어 무효라는 판결로 승소하였으며, 2005.3.14. 서울남부지원은 이 사건 공장중 창고부분을 공장으로 분양하였음에도 창고로 건축허가받은 것이 잘못이므로 분양자에게 공장으로 용도변경 행정소송이 종결시까지 배상이자상환하라고 청구인에게 이행권고결정을 하였고, 위 결정으로 지하3층○○연마 등 9개 공장 및 지하2층○○산업사 등 13개 공장에 대하여 분양금액을 할인한 사실이 있으며, 이 사건 공장에 대한 용도변경을 한 것을 보면, 2004.6.15. 이 사건 공장중 공장부분(7,992.93㎡)을 근린생활시설로 용도변경하였고, 2004.10.13.부터 2005.1.10.까지 3차에 걸쳐 이 사건 공장중 창고부분(9,390.77㎡)을 공장으로 전부 건축물표시변경을 하였으며, 그 외에 창고부분에 설치되어 있는 환풍시설이나 썬큰시설, 소방시설, 전기시설 등 제반시설 및 구조는 공장과 동일하게 되어 있고, 법원에 제출한 입증방법관련서류에서 공장관련 제반환경조건을 검증하는 관할업체에서는 창고부분에 대하여 공장으로 사용하여도 무방하다는 의견을 제시한 것들이 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 아파트형공장내의 창고 및 근린생활시설은 관련법령상 아파트공장의 범위에 포함될 뿐더러 그 창고시설은 당초부터 공장구조를 가지고 공장용으로 분양한 것인데 건축허가시 특별부관 때문에 부득이 창고로 표시할 수밖에 없었고, 그 후그부관의 내용이 무효라는 법원의 판결에 따라공장으로, 준공후 근린생활시설로 용도변경한 부분도 위 부관 때문에 공장을 창고로 하여서 부득이 지원시설의 비율을 맞추기 위해 공장으로 한 것을 근린생활시설로, 각각 원상복구한 것에 불과하여 이는 실질과세의 원칙상 설립당시 지원시설 또는 공장이라고 주장하므로 이를 살펴보면, 서울특별시세감면조례 제19조제1항에서 산업집적활성화및공장설립에관한법률(이하 “산업집적법”이라고 한다.) 제2조제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 5년이내에 정당한사유없이 공장이외의 용도로 분양·임대·매각하는 경우에는 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고,여기서 아파트형공장은 산업집적법 제28조의5제1항에서는 아파트형공장에 입주할 수 있는 시설을 시행령에서 제조업 및 벤처기업 등과 건축연면적에 100분의 30이내의 지원시설을 둘 수 있다고 하고 있는 데, 청구인은 위 지원시설도 아파트형공장에 포함되므로 감면대상이라고 하지만 산업집적법에서 아파트형공장의 설립에 대한 입법취지는 수도권정비계획법상 대도시내에서는 공장을 설립하지 못하는 데도 일부 제조업에 대하여 특별히 설립혜택을 부여하여 이를 인정하면서 근린생활시설을 지원시설로 입주할 수 있도록 한 것으로서 서울시감면조례 제19조제1항 및 같은 조제2항을 종합하면, 이중에서 제조업종인 공장에 대하여만 감면하고 나머지 근린생활시설 등 지원시설에 대하여는 감면대상으로 보지 않겠다는 것으로 해석하는 것이 합목적성이 있는 것이라고 할 수 있으나, 청구인의 경우, 이 사건 공장을 공장(49,613.74㎡)은 38,441.2㎡, 창고는 9,390.77㎡, 근린생활시설은 1,781.77㎡로 2004.4월 사용승인받았는 데, 위 지원시설 중 창고부분은 지하 2,3층에 위치하여 있는 것으로 2005.3월 관할법원의 이행권고결정 판결내용에 미루어 이미 공장으로 분양하였고, 그 시설이나 구조도 법원에 제출된 환경관련 업체의 검증내용 및 설계도서 등에서 보는 바와 같이 공장으로 건축되었던 사실, 건축허가신청시 관할관청으로부터 소음·공해 등으로 공장환경조건에 부적절하다고 창고용도로 조건부건축허가를 받아 그 용도대로 2004.4월 사용승인되었고, 그 후 6월 관할관청에 건축물표시변경신청 및 반려 등의 절차를 거친 다음 결국 같은 해 9월 그 특별부관의 내용이 무효라는 법원의 판결을 받아 창고를 공장으로 건축물표시변경을 한 과정을 볼 때, 위 창고부분은 사용승인당시 부득이 창고로 표기되었을 뿐 실질적으로는 공장용도에 제공되었다고 보는 것이 실질과세 및 현황과세의 원칙상 합리적이라고 하겠는바, 먼저, 이 사건 공장으로 사용승인된 면적중에서 창고일부 및 근린생활시설 등 지원시설 총 9,812.87㎡에 대하여만(그 부속토지는 신고납부하지 않음) 취득세 등을 신고납부한 것에 대하여는 이 사건 취득세 등을 2004.4.21. 신고납부하였으며, 그때부터 90일내 불복청구를 하지 않고 1년을 경과한 후 2005.7.26. 심사청구를 제기하므로 본안심의대상이 아니라 할 수 있지만, 그 후 처분청에서 위 지원시설 중 차이가 발생한 창고면적 1,591.57㎡(공부상 면적-신고납부면적) 및 공부상 지원시설 부속토지 중 창고전체면적에 대한 부속토지에 대하여 취득세 등을 추징한 것은 위 창고는 실질과세의 원칙상 공장으로 볼 수 있으므로 잘못이 있다고 하겠고, 처분청에서 이 사건 공장전체면적의 30%범위 내에서 공장을 근린생활시설로 용도변경한 부분(7,992.93㎡)에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 하겠으며, 다음으로 청구인은 일시적으로 본점을 이 사건 공장으로 이전한 것이므로 취득세 중과세대상에 해당하지 아니하며, 설령, 중과세한다고 하더라도 이 사건 공장으로 사실상 이전한 날은 2004.10.4.이므로 이날을 기준으로 납부불성실가산세를 부과하여야 한다고 하나,지방세법 제112조제3항에서 대도시내에서 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우에는 그 건축물과 부속토지에 대하여 취득세를 중과세한다고 규정하고 있는데,청구인의 경우 법인등기부상 본점을 이 사건 공장소재지로 이전하였다가 2003.1월부터 2004.3.30.까지는 같은 동○○번지○○빌딩으로, 2004.3.31.부터 현재까지 이 사건 공장소재지로 이전한 것이나 본점이전비용에 따른 세금계산서나 취득세 등을 부과할 당시 법인등기부상 본점주소는 물론 공장의 일부를 실제로 본점으로 사용하고 있는 것이 분명하므로 이 부분은 취득세 중과세대상이 틀림없고, 또한, 이 사건 취득세와 관련하여 납부불성실가산세는 2004.5.22.아닌 2004.10.4.기준으로 부과하여야 한다는 주장도 비록 본점소재지가 임차하고 있는 건물의 관리비내역 및 2004.9.30. 본점이전에 따른 세금계산서 및 처분청에서 본점으로 사용하고 있다고 추정하는 호수를 분양한 사실 및 분양관계 때문에 등기부등본이나 사업자등록증상 소재지를 이 사건 공장으로 부득이 이전한 사정 등에 미루어 외형상 다른 곳에서 수행하였다고 볼 수 있는 여지는 있다하겠으나, 이 사건 공장의 취득당시 청구인의 법인등기부 및 사업자등록증상 사업목적은 아파트형공장분양사업 및 경인쇄업 등으로 되어 있는데 실제로 위 분양사업외 다른 목적사업이 영위되고 있는 사실이 확인되지 않아서 주된 사업은 위 분양사업이라고 볼 수 있고, 별도의 분양대행업체도 보이지 않으므로 이 사건 공장에서 분양완료시까지 건물관리나 분양활동 등이 필요한데도 건물의 일부공간을 사용하지 않았다고 보는 것은 실질과세의 원칙상 무리가 있다할 것이어서 청구인이 특별히 이를 사용하지 않았다는 증빙사실을 제시하지 않는 이상 처분청에서 이 사건 납부불성실가산세를 2004.5.22.기준으로 부과하는 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장중 일부는 이유가 있다고 인정되나, 나머지는 본안 심의를 거치지 아니하거나 그 주장이 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관