조성공사가 진행 중인 산업단지 내의 공장용지의 취득시기를 잔금지급일로 보아 등록세 등을 신고납부토록 한 처분의 적법여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ○○시장과 ○○시 ○○구 ○○동 ○○3차 지방산업단지 2단계 조성지역내 산업시설용지 67블록6롯트 3,000평(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 공장용지 9,923.1㎡, 이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 입주계약을 1999.4.14. 체결한 다음 같은 날 토지 대금(부담금) 1,470,000,000원을 납부하였다가, 그 후 2002.12.10. 이 사건 토지의 대금을 정산한 다음 그 정산한 가액(1,463,657,250원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 29,273,140원, 지방교육세 5,854,620원, 합계 35,127,760원을 2005.4.28. 신고 및 납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1999.4.14. ○○시장과 체결한 이 사건 토지에 대한 입주계약은 토지 조성공사 완료 후 분양가격을 정산키로 하였으므로 선수협약 또는 가계약에 해당되므로 그 취득일은 대금 정산일(2002.12.10)이라 할 것임에도, 토지사용 승낙일(2001.6.9)을 취득일로 보고 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 공장용 건축물 등의 용도에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 사건 등록세 등을 신고납부토록 한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 조성공사가 진행 중인 산업단지 내의 공장용지의 취득시기를 잔금지급일로 보아 등록세 등을 신고납부토록 한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제29조제1항제1호에서 취득세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 성립한다고 규정하고 있고, 같은 법 제71조제1항제1호에서 이 법에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제105조제2항에서 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법·광업법·수산업법·선박법·산림법·건설기계관리법·자동차관리법 또는 항공법 등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 “산업용 건축물등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정지계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)하되, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제73조제1항제1호에서 법 제111조제5항 각호의 1에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.9.25. ○○시와 ○○시 ○○구 ○○동 ○○3차 지방산업단지 2단계 조성지역내 67블록4롯트 산업시설용지 5,000평에 대한 입주계약(매매대금 2,450,000,000원,잔금지급일 1998.8.26)을 체결한 후 같은 날 계약금 735,000,000원을, 1997.11.26.에 1차 중도금 735,000,000원을 지급하였으나 2차 중도금과 잔금 980,000,000원을 미납한 상태에서, 1999.4.14. 이 사건 토지에 대한 입주계약을 체결하면서 청구인이 부담할 부담금 1,470,000,000원은 계약금을 포함하여 4회에 걸쳐 분할 납부하되 ○○시 ○○구 ○○동 ○○3차 지방산업단지 2단계 조성지역내 67블록4롯트 산업시설용지 5,000평의 부지대금으로 상계처리한 사실과 그 후2001.6.9. ○○시장으로부터 공장용지 사용승낙을 받았으나 공장건립용에 사용하지 아니하고 있다가 2002.3.31. 토지 조성공사가 완료되자 2002.12.10. 대금을 정산한 다음 2004.8.6. 이 사건 토지에 대한 사용승낙을 새로이 받고 2004.8.9. 건축허가를 받아 착공한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 1999.4.14. ○○시장과 체결한 이 사건 토지에 대한 입주계약은 토지 조성공사 완료 후 분양가격을 정산키로 하였으므로 선수협약 또는 가계약에 해당되므로 그 취득일은 대금 정산일이라 할 것임에도, 토지사용 승낙일을 취득일로 보아 이 사건 등록세 등을 신고납부토록 한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 지방세법 제71조제1항 본문 및 제1호에서 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에 수정신고할 수 있다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제73조제1항제1호에서 유상승계취득의 경우 그 사실상의 잔금지급일을 취득일로 규정하고 있으며, 지방자치단체가 조성하여 공급하는 토지 중 위치 및 경계가 특정된 일정 토지를 일정한 금액을 매매대금으로 정하되 추후에 측량결과에 따라 면적의 증감이 있는 경우에는 대금을 정산하기로 하는 약정하에 매수한 후 당초의 매매대금을 모두 지급하였다면, 당초의 매매대금이 모두 지급된 때가 사실상의 잔금지급일이라고 봄이 상당하므로 그 때가 토지의 취득시기가 된다고 할 것이고, 매매대금의 지급 후 면적증감이 있어 대금을 정산하였다고 하여 대금 정산일이 취득시기가 된다고 할 수는 없다 할 것(같은 취지의 대법원 판결 97누7097, 1998.1.23)인바, 청구인의 경우 1999.4.14. ○○시장과 체결한 이 사건 토지에 대한 입주계약서에서 입주계약면적을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○3차 지방산업단지 2단계 조성지역내 산업시설용지 67블록6롯트3,000평으로 하고 있고, 청구인이 부담할 부담금 총액은 1,470,000,000원으로 하되, ○○시 ○○구 ○○동 ○○3차 지방산업단지 2단계 조성지역내 산업시설용지 67블록4롯트 5,000평에 대하여 지급한 부담금으로 상계처리한 사실이 확인되고 있으므로 이 사건 토지 취득일은 1999.4.14.이라 할 것이나, 잔금 지급 당시 이 사건 토지가 사용가능한 상태로 조성되어 있지 아니하였으므로 이 때부터 ○○시장으로부터 공장 및 부대시설 건축을 목적으로 토지사용승낙을 받기 전인 2001.6.8.까지는 이 사건 토지를 산업용 건축물등의 용도에 사용할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보아야 하겠고, 토지사용승낙을 받음으로써 이러한 사유가 소멸된 2001.6.9.부터 청구인은 일련의 절차를 거쳐 이 사건 토지를 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하였어야 함에도 이를 이행하지 아니한 채 유예기간이 경과한 2004.8.9. 건축허가를 받아 착공하였으므로 청구인이 이 사건 등록세 등을 신고납부하자 처분청이 이를 수납하여 징수결정한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 9. 26. 행 정 자 치 부 장 관