[요지] 건축물은 유료로 사용·수익토록 한 것으로서 교육사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보기는 어렵다고 교직원과 학생들을 위한 후생복지시설이고 임대수익금을 학생 장학금으로 사용하고 있다고 하여 이를 달리 볼 수도 없다 할 것이므로, 취득세 등을 부과한 처분은 타당함
[요지] 건축물은 유료로 사용·수익토록 한 것으로서 교육사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보기는 어렵다고 교직원과 학생들을 위한 후생복지시설이고 임대수익금을 학생 장학금으로 사용하고 있다고 하여 이를 달리 볼 수도 없다 할 것이므로, 취득세 등을 부과한 처분은 타당함
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ○○시 ○○구 ○○5가 ○○번지외 30필지상에 건축물(지하 1층·지상 4층, 연면적 1,421.56㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 2004.8.24. 신축 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 그 중 1,186.39㎡(지하 1층·지상 3층, 이하 “쟁점 건축물”이라 한다)를 청구외 임○○과 교내 복지시설 위탁운영계약을 체결하여 사용·수익토록 하고 있으므로 그 해당 부분에 대한 취득가액(1,167,920,682원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 29,151,290원, 농어촌특별세 2,569,420원, 등록세 11,660,510원, 지방교육세 2,145,220원, 합계 45,526,440원(가산세 포함)을 2005.5.18. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 교직원 및 학생들을 위한 보건소, 우체국, 은행을 비롯한 후생복지시설을 운영함에 있어 외부 사업자와 임대차계약을 체결하여 임대료를 받고 위탁운영토록 한 것은 교육 본연의 임무에 충실히 임하고 편의시설 경영의 합리화를 위한 것이므로, 임대료 등을 받았다 하더라도 교육사업의 본질을 벗어난 것이 아니라 하겠고,동일한 교육사업을 수행하고 있음에도 국가나 지방자치단체가 운영하는국공립대학 구내의 후생복지시설은 그 운영방식에 관계없이 취득세 등을 비과세하면서 청구인과 같은 사립대학이 임대차방식으로 후생복지시설을 운영하고 있다고 하여 과세하는 것은 과세의 형평성에 위반되는 것이라 하겠으므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 취득한 건축물 중 일부를 제3자에게 위탁운영토록 하고 임대료 등을 받는 경우 수익사업에 사용하는 것으로보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조제1호, 제127조제1항제1호, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조의2제1항, 제79조제1항제2호 및 제93조의2에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 법인세법 제3조제2항제1호 및 같은법시행령 제2조제1항에서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대사업 등으로서 한국표준산업분류표에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2004.8.24. 이 사건 건축물을 신축 취득한 후 2004.10.12. 쟁점 건축물에 대하여 청구외 임○○과 계약기간을 2004.11.1.부터 2009.10.31.까지 5년으로 하고, 임대보증금으로 250,000,000원과 임대료로 월 6,000,000원을 지급받기로 하는 위탁운영계약을 체결한 사실과 청구외 임○○은 쟁점 건축물을 식당 등으로 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점 건축물을 위탁운영한 것은 교육 본연의 임무에 충실히 임하고 경영합리화를 위함이므로 임대료 등을 받았다 하더라도 교육사업의 본질을 벗어난 것이 아니라 하겠으므로 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세 등을 과세하도록 규정하고 있고, 구 지방세법시행령 제78조의2제1항 및 법인세법 제3조제2항제1호에서 부동산·임대 및 사업서비스업을 수익사업으로 규정하고 있으며, 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것(대법원 판결 2001두878, 2002.10.11)으로, 청구인의 경우 2004.10.12. 청구외 임○○과 쟁점 건축물에 대한 임대차계약을 체결하면서 계약기간은 2004.11.1.부터 2009.10.31.까지 5년으로 하되, 위탁보증금 250,000,000원과 매월 6,000,000원의 임대료를 지급받기로 하고, 운영상 소요되는 전기·수도료, 폐기물처리비 및 위탁운영과 관련하여 발생하는 부대경비는 임대료와는 별도로 임차인이 부담토록 한 사실 등으로 미루어 볼 때, 쟁점 건축물은 청구인이 유료로 청구외 임○○에게 사용·수익토록 한 것으로서 교육사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보기는 어렵다 하겠고, 쟁점 건축물이 교직원과 학생들을 위한 후생복지시설이고 임대수익금을 학생 장학금으로 사용하고 있다고 하여 이를 달리 볼 수도 없다 할 것이므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2005. 9. 26. 행 정 자 치 부 장 관