[요지] 종합복지관 운영수입 등을 수탁사업회계로 기금회계, 건설사업특별회계로 구분되어 있는 것으로 미루어보면 주 목적사업은 복리증진, 후생시설의 설치, 관리 운영 등이 주 목적 사업이라고 보아야 함으로 토지에 대한 취득세 등은 과세 면제 대상에서 제외되는 것이 타당함
[요지] 종합복지관 운영수입 등을 수탁사업회계로 기금회계, 건설사업특별회계로 구분되어 있는 것으로 미루어보면 주 목적사업은 복리증진, 후생시설의 설치, 관리 운영 등이 주 목적 사업이라고 보아야 함으로 토지에 대한 취득세 등은 과세 면제 대상에서 제외되는 것이 타당함
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.12.30. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 6,611.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구외 (주)○○(대표이사 박○○)로부터 무상취득한 후 2005.1.11. 지방세법 제288조제2항에서 규정하고 있는 기술진흥단체가 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 하여 취득세 등의 과세면제를 신청하자 같은 날 기술진흥단체에 해당되지 아니한다는 사유로 이를 반려하자 이 사건 토지의 과세시가표준액 9,917,850,000원에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 198,357,000원, 농어촌특별세 19,835,700원, 합계 218,192,700원은 2005.1.31. 신고 납부하고 등록세 148,767,750원, 지방교육세 29,753,550원, 합계 178,521,300원은 2005.2.28. 신고 납부하자 이를 각각 수납하여 징수 결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1994.8.12. 특정연구기관육성법 제8조 및 같은법시행령 제12조의 규정에 의하여 전 과학기술처장관으로부터 대덕전문연구관리본부 설치 승인을 받고 같은 날 설립허가(제174호)를 받은 법인으로서 정관 제2조에서 과학기술진흥에 기여함을 목적으로 하고 제4조에서 과학기술진흥을 위하여 설립된 단체의 육성지원사업을 주된 사업으로 한다라고 규정하고 있고 과학기술부장관도 청구인을 과학기술진흥단체라고 해석(과학기술진흥과-11 2005.1.5.)하고 있으므로 과학기술창조의 전당신축부지로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지의 취득세 등은 지방세법 제288조제2항의 규정에 의하여 과세면제 되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 지방세법 제288조제2항에서 규정하고 있는 기술진흥단체에 해당되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제288조제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외에 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다고 규정하고, 특정연구기관육성법 제8조제1항 및 제2항에서 특정연구기관은 합동하여 공동이용시설을 설치할 수 있으며, 공동이용시설의 설치·관리 및 운영에 관한 업무와 특정연구기관 상호의 관련사업을 행하게 하기 위하여 과학기술부장관의 승인을 얻어 공동관리기관을 설치할 수 있다고 규정하고, 같은법시행령 제12조에서 공동관리기구의 명칭은 “대덕전문연구단지관리본부”라 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제13조에서 공동관리기구는 다음 각호에 관한 업무를 행한다고 규정하면서, 그 제1, 2, 3호에서 공동이용시설의 설치·관리 및 운영, 연구기관의 업무에 관한 협조, 연구기관 직원의 복리증진과 후생시설의 설치·관리 및 운영이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1994.8.12. 특정연구기관육성법 제8조 및 같은법시행령 제12조의 규정에 의하여 전 과학기술처장관으로부터 설립허가(174호)를 받은 재단법인으로서 2004.12.30. 이 사건 토지를 청구외 (주)스마트시티(대표이사 박관민)로부터 무상 취득한 후 이 사건 토지의 과세시가표준액(9,917,850,000원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등은 2005.1.31.신고 납부하고 등록세 등은 2005.2.28. 신고 납부한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데, 청구인은 특정연구기관육성법 제8조 및 같은법시행령 제12조의 규정에 의하여 전 과학기술처장관으로부터 대덕전문연구단지관리본부 설치 승인을 받고 같은 날 과학기술진흥에 기여함을 목적사업으로 하여 설립허가를 받은 법인으로서 과학기술부장관이 청구인을 과학기술진흥단체라고 해석하고 있으므로 과학기술창조의 전당부지로 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지의 취득세 등은 지방세법 제288조제2항의 규정에 의하여 과세면제 되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제288조제2항에서 정부로부터 허가 등을 받은 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체 등이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 동 규정에서의 기술진흥단체는 지방세법령에서 구체적으로 명시하고 있지 아니함에 따라 법인의 정관 상 목적사업·예산 및 사업실적 등을 고려하여 개별적으로 판단하여야 할 것이고 기술진흥의 사업이 부수업무 또는 지원업무가 아닌 주된 사업이어야 하며 주된 사업의 판단은 정관 상 목적사업과 관련하여 사업실적 및 예산의 사용용도 등에 있어 그 비율이 높은 사업을 주된 사업으로 판단하여야 할 것이므로 청구인의 경우는 정관 제2조에서 대덕연구단지 입주기관 상호 간의 관련 사업과 국가사무 위탁업무 및 단지 내 공동이용시설의 설치 운영 등 연구환경 조성사업을 수행함으로서 연구기관 종사자와 그 가족의 복지 증진 및 과학기술진흥에 기여함을 목적으로 한다라고 규정되어 있고 정관 제4조에서는 제2조의 목적달성을 위하여 공동이용시설의 설치운영 및 관리, 연구기관 종사자 및 그 가족의 후생복지증진사업운영, 단지의 홍보 및 국제협력과 연구기관 간의 공동관심 사업, 과학기술진흥을 위하여 설립된 단체의 육성지원 사업 등을 수행하도록 규정되어 있을뿐만 아니라 청구인이 제출한 2005년도 사업계획 및 실행예산서 상 조직은 행정관리부, 단지관리부, 체육공원부, 보육원으로 편성하여 운영되고 있고 수지 예산 총괄표에도 체육공원 운영 등의 수입을 복지시설회계로, 보육원운영수입을 보육사업회계로, 종합복지관 운영수입 등을 수탁사업회계로, 기금회계, 건설사업특별회계로 구분되어 있는 것으로 미루어보면 청구인의 주 목적사업은 과학기술 진흥 등을 위한 개발사업이 아니라 대덕전문연구단지 내의 공동이용시설의 설치, 관리, 운영과 연구기관 직원들의 복리증진, 후생시설의 설치, 관리 운영 등이 주 목적 사업이라고 보아야 함으로 비록 과학기술부장관이 청구인을 기술진흥단체라고 해석하고 있어도 이 사건 토지에 대한 취득세 등은 과세 면제 대상에서 제외되는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
2005. 10. 31. 행 정 자 치 부 장 관