감면대상인 창업중소기업이 부동산을 취득후 그 추징유예기간(2년)을 지나 4년만에 세무조사시 그 목적에 미사용되었다 하여 추징한 처분의 적법여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 창업중소기업인 청구인이 2000.4.19. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 공장용지 42,663㎡ 및 위 지상건물 5,808.53㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)를 경락취득하자 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에 의거 취득세 등을 감면받았으나, 2004.12.12. 처분청에서 2차 세무조사시 1차 2001.10.25. 세무조사시 추징한 부분을 제외한 나머지 전체부분(공장용지 34,519㎡ 및 건물 2,656.59㎡)도 취득일로부터 2년 이내에 당해사업에 직접 사용하지 않는 것으로 보고 그 취득가액(653,825,245원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 구 지방세법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,691,800원, 농어촌특별세 1,438,410원, 등록세 23,537,700원, 지방교육세 4,315,240원, 합계 44,983,150원을 2005.2.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청은 청구인이폐합성수지 제조 및 판매업, 재생자료 가공처리업, 무역업 등을 목적으로 2000.4.19. 이 사건 부동산을 경락받아 분쇄기 및 칲 생산시설을 설치하여 2000.8월부터 그 용도에 사용하였으나,2001.10.25. 담당공무원이 1차 현지사실조사시 이 사건 부동산의 일부를 임대한 사실을 확인하고 2001.12월 추징하였는데, 또 다시 2004.11월 2차 현지사실조사시 나머지 부분도 공장가동을 중지한 상태로 미사용하자 그 용도에 직접사용하지 않았다하여 이 사건 취득세 등을 추징하였는바,청구인은 처분청 공무원이 1차 사실조사시 임대한 부분만 추징한 것으로 보아 나머지는 공장으로 사용하였음이 확인된 사실과 중고 재생기를 2000.8월 22,000,000원에 취득한 사실과 2000.5월 취득당시와 비교하여 2000.8월이후 전력사용량이 크게 증가한 사실과 재생기를 운전하였던 인부 전○○외 1인의 사실확인서와 2001.12월 범용플라스틱 시연회를 청구인이 공동으로 개최한 사진자료와 2001.11월 폐유로 인한 토양오염에 따른○○지방환경관리청으로부터 행정처분을 받고 고발된 사실 및 제조공정이 청구인의 대표이사가 운영하고 있는 (주)○○자원은 포리에치렌 및 포리폴린 등의 원료를 수집하여 분쇄하면 청구인은 이를 재생기를 통해 칲을 생산하여 다시 그 칲을 (주)○○자원이 판매하는 과정을 거치므로 청구인에 대한 제조 및 영업실적이 회계장부상에 나타나지 않는다는 사실 등을 제시하면서 이 사건 부동산을 취득후 2000.8월부터 2002.12월까지 당초 용도대로 공장으로 직접사용하였으므로 처분청이 2차 추징한 부분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 감면대상인 창업중소기업이 부동산을취득후 그 추징유예기간(2년)을 지나 4년만에 세무조사시 그 목적에 미사용되었다 하여 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)제119조제3항 및 같은 법제120조제3항에서창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 등록세 및 취득세를 면제하지만, 등기일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 되어 있고, 2004.12.31. 개정된조세특례제한법 같은 조 같은 항단서들에서는제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다.)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 하면서 그 제1호는 창업중소기업, 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기라고 하고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1994.12.17. 청구인은 (주)○○실업으로 법인을 설립하고, 1998.12.11. (주)○○실업(도매업)이 1997.1.31. 폐업되었다는 사실증명원을 관할 세무서장으로부터 의료보험조합제출용으로교부받았으며, 2000.4.19. 이 사건 부동산을○○지방법원으로부터 1,017,970,000원에 경락으로 취득하였는데, 경락물건현황은 공장 3개동, 창고 1개동, 작업장 1개동, 수위실 총 건물면적 42,663㎡ 및 그 공장용지 5,808.53㎡, 기계장치는 수전설비 1식으로 되어 있고, 2000.5.23. 처분청에 공장설립사업계획승인서를 신청하였으며(2005.1.14. 취하), 2000.8.2. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 신○○으로부터 중고 재생기(130㎜) 1대를 22,000,000원에 매입하였고, 2001.5.21. 청구인의 목적사업을 폐합성수지 제조 및 판매업, 부동산 임대업, 폐석유화학 부산물 재생사업 등으로 변경하였으며, 2001.7.24. 청구인은 개업일을 2000.5.6.에 이 사건 부동산 소재지를 본점 및 사업장으로 하여 변경된 목적사업의 업종을 추가하여 관할세무관청으로부터 사업자등록증을 교부받았고, 2001.10.25. 처분청 담당공무원이 세무조사시 이 사건 부동산 중 공장용지 8,144㎡ 및 건물 3,151.94㎡에 대하여 임대한 사실을 확인하였으며(청구인은 나머지 부동산은 담당공무원이 공장으로 사용한 것을확인하였다고 함), 2001.11.7. 청구인은○○지방환경청장으로부터 2001.10.24.지정폐기물 보관부적정으로 폐윤활유통에서 폐유방출로 토양오염되어 고발 통지받았고, 2001.11.20. 청구인이 제시한 사진자료상으로는 범용플라스틱 유화기술시연회를 (주)○○엔텍과 청구인이 공동으로 개최한 것으로 보이고 있으며, 2002.12.31. (주)○○자원은 청구인과 제조공정상 유기적인 관계를 가지고 있는 데 폐업하므로 청구인도 같은 날부터 이 사건 부동산을 미사용하였다고 하였고, 청구인이 이 사건 부동산과 관련하여 2002년도 재산할 사업소세 자납분(2,565㎡)에 대하여 처분청에게 미가동하여서 환급해 달라고 이의신청하므로 ○○시 ○○면 세무공무원은 2003.12.6. 현지출장조사시 미가동사실을 확인하였으며(2003.12.30. 사업소세 641,250원을 환급받음), 2004.11.30. 관할세무서장이 처분청에게 청구인에 대한 부가가치세(공장임대료) 및 원천세납부실적(없음)을 통보하였고, 2004.12.12. 처분청은 2차 세무조사시 1차 세무조사시 추징한 부분을 제외한 나머지 전체부분(공장용지 34,519㎡ 및 건물 2,656.59㎡)도 당해목적에 직접사용하지 않은 것으로 확인하였으며, 2005.5.2. 전희중외 1인은 이 공장에서 재생기를 운전하였다는 사실확인서를 작성하였고, 2000.5월분 전력요금에는 기본요금이 20만원에서 30만원으로, 사용요금은 90만원에서 100만원으로 납부된 사실과 2000.8월 이후 전력요금은 기본요금이 100만원 이상으로 사용요금은 200만원에서 600만원으로 납부한 사실이 확인되고 있으며, 또한 청구인은 이 사건 부동산에 대하여 (주)○○자원에게는 토지 1,533㎡ 및 건물 1,043.1㎡ 및작업장 138㎡을 2001.2.20.부터 2003.2.19.까지 보증금 2천만원에 월 2,000,000원을 지급받는 계약내용으로, 김병태에게는 공장용지 6,611㎡ 및 건물 1,487㎡를 2001.2.14.부터 2003.2.13.까지 보증금 4천만원에 월 3,700,000원을 받는 계약내용으로, 이해용에게는 건물 483.84㎡을 2001.1.1.부터 2002.12.30.까지 보증금 일천만원에 월 1,000,000원을 받는 내용으로, (주)○○엔텍에게는 2002.3.9.부터 2003.3.9.까지 보증금 일천만원에 월 1,000,000원을 받는 내용으로, (주)라씨드에게는 2002.9.1.부터 2004.8.31.까지 보증금 일천만원에 월 1,000,000원을 지급받는 계약내용으로 임대한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 2000.4월 이 사건 부동산을 취득후 2000.8월부터 2002.12월까지 임대추징한 부분을 제외한 나머지 전체부분을 당해사업에 직접사용하였다고 주장하므로 이를 살펴보면,구 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에서창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 취득(등기)일부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 하고 있는 바, 여기서 위 조항단서 규정에 현행법과 같이 사용유예기간을 두고 있지 아니하므로 취득후 유예기간(2년)내 당해사업에 직접사용한 사실만 있으면 유예기간이 경과 후에는 직접사용여부를 불문하고 추징할 수 없다고 해석할 수 있는 것으로서, 청구인의 경우 처분청 공무원이 1차 사실조사시 임대한 부분만 추징한 것으로 보아 나머지는 공장으로 사용하였음이 확인된 사실과 중고 재생기를 2000.8월에 취득한 사실과 2000.5월 취득당시와 비교하여 2000.8월이후 전력사용량이 크게 증가한 사실과 재생기를 운전하였던 인부 전희중외 1인의 사실확인서와 2001.12월 범용플라스틱 시연회를 청구인이 공동으로 개최한 사진자료와 2001.11월 폐유로 인한 토양오염에 따른 행정처분을 받고 고발된 사실 및 제조공정이 청구인의 대표이사가 운영하고 있는 (주)○○자원은 포리에치렌 및 포리폴린 등의 원료를 수집하여 분쇄하면 청구인은 이를 재생기를 통해 칲을 생산하여 다시 그 칲을 (주)○○자원이 판매하는 과정을 거치므로 청구인에 대한 제조 및 영업실적이 회계장부상에 나타나지 않는다는 사실 등을 직접사용하였다는 증거자료로 제시하고 있으나, 이러한 자료들은 2001.12월 범용플라스틱 시연회에서 청구인이 무슨 역할을 하였는지가 시설장비 등 투입상황을 구체적으로 확인될 수 있는 자료가 없는 점, 2001.11월 폐유로 인한 토양오염에 따른 행정처분을 받은 사실도 청구인이 대표이사로 되어 있는 또 다른 회사인 (주)○○자원이 임차된 장소에서 위반사항이 발생되었을 가능성을 배제할 수 없는 사정, 임차회사와 전력사용관계가 구분되는 않는 정황 및 처분청이 1차 세무조사시 임대한 부분을 제외한 나머지 전체면적을 당해 사업에 직접사용하였다는 것도 처분청에서는 미사용하였으나 그때는 아직 유예기간이 도래되지 아니하여서 추징하지 않았다고 하는 진술, (주)○○자원이 청구인의 법인장부를 일괄하여 회계처리하므로 청구인의 회계상황을 볼 수 없다는 점 등에 미루어 그 사실관계를 구체적으로 확인하기가 어렵기 때문에 증거자료로 채택하기에 곤란하다 할 것이고, 비록 세무조사시점이 취득후 4년이 경과하였으므로 직접적이고 구체적인 사실입증자료를 채증하기가 곤란한 사정은 있다하더라도 청구인이 법인인 점에 비추어 직접사용하였다는 기간 중에 법인 결산서나 회계장부상에서 재생기를 구입한 사실이나 인건비를 지급한 사실이나 차량운반구외는 공장으로서의 제반 기계장치목록 등이 확인되지 않고, 국세와 관련된 세금은 임대수입에 대한 부가가치세만 납부한 실적은 있지만, 제품의 생산 등과 관련한 법인세나 원천소득세 등의 세금은 납부한 실적이 없는 것이 관할세무서에서 확인된 사실, 2000.5월 공장설립승인신청서만 제출하고 그 외의 진행사항을 2005.1월 그 신청서를 취하할 때까지 확인되지 않는 점, 그리고 2002년도 사업소세를 2003년도 이의신청시 공장으로 사용하지 않았으므로 환급받은 사실 등의 처분청에서 제시한 자료들은 청구인이 제시한 자료보다 어느 정도 객관적으로 인정될 만한 간접적인 증빙자료로서 볼 수 있다고 할 것이므로 이러한 처분청의 증빙자료들에 비추어 볼 때, 청구인은 이 사건 부동산의 2차 추징면적도 당해사업에 직접사용하였다고 보기는 다소 무리가 있다 할 것이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 9. 26. 행 정 자 치 부 장 관