현물출자로 취득한 시설물을 구축물계정으로 회계처리하고 있다고 하여 취득세 등의 과세대상으로 보아 취득세 등을 면제하면서 이에 따른 농어촌특별세를 부과한 처분의 적법여부(경정)

[주 문] 처분청은 2005.2.11. 청구인에게 부과 고지한 농어촌특별세 149,347,120원(가산세 포함)은 농어촌특별세 49,049,670원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 현물출자에 의하여 청구외 ○○산업(주)으로부터 타이어 사업부문에 공여되고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지, 건물, 기계장치 및 구축물 등을 2003.7.1. 취득한 후 조세특례제한법 제119조제1항제7호 및 같은 법 제120조제1항제6호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제받고, 농어촌특별세법 제5조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세와 등록세 감면세액의 20%인 농어촌특별세 1,816,607,410원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 2004.10.18. 광주광역시 세무조사 결과 취득세 등의 과세면제 대상인 일부 시설물(별표 쟁점 시설물 목록 참조)에 대한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고 누락된 농어촌특별세 149,347,120원(가산세 포함)을 2005.2.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 지방세법에 열거된 시설물만이 취득세 과세대상이라 하겠으므로 이에 열거되지 아니한 시설물은 과세대상이 아니라 하겠고, 또한 과세대상을 판단함에 있어서도 시설물의 명칭보다는 기능과 실질에 따라 판단하여야 할 것으로, 청구인의 목적사업인 타이어 제조시설에 공여되고 있는 시설물과 지방세법 제104조, 같은법시행령 제75조의2 및 제76조에서 규정하고 있는 취득세 과세대상이 아닌 전압 20만볼트 미만을 송전하는 송전철탑과 생산설비를 가동하기 위한 변전·배전설비 등은 당연히 과세대상에서 제외하여야 하겠고, 둘째, 등록세의 과세표준은 등기·등록대상이 되어 그에 대한 등기·등록의 효력이 발생하는 경우에 한하여 그 범위로 산출하여야 하겠으므로, 부동산의 경우 민법상 지상정착물의 일종인 건축물은 등기의 능력을 구비하는 건축물에 한하여 그 가액을 과세표준으로 하는 것이고 그에 부수되는 시설물 또한 개별적으로 판단하여야 할 것으로, 처분청이 등록세 등의 과세대상이라고 판단한 시설물 등은 부동산에 필수적으로 부착된 부수시설이나 종물에 해당하지 아니하는 독립된 시설물로서 등록세 과세대상이 아니라 할 것임에도, 기계장치를 구축물계정으로 잘못 분류하여 회계처리하였다고 하여 취득세와 등록세의 과세대상으로 보아 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 현물출자로 취득한 시설물을 법인장부상 구축물계정으로 회계처리하고 있다고 하여 취득세 등의 과세대상으로 보아 취득세 등을 면제하면서 이에 따른 농어촌특별세를 부과한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조제1호에서 부동산이라 함은 토지 및 건축물을 말한다고 규정하고 있고, 그 제2호의3에서 입목이라 함은 지상의 과수, 임목과 죽목을 말한다고 규정하고 있으며, 제3호에서 토지라 함은 지적법의 규정에 의한 토지를 말한다고 규정하고 있고, 제4호에서 건축물이라 함은 건축법 제2조제1항제2호의 규정에 의한 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급·배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다)로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제124조에서 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제130조제1항에서 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조의2 본문에서 법 제104조제4호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설물을 말한다고 규정하면서, 그 제2호에서 저장시설은 수조, 저유조, 싸이로, 저장조 등의 옥외저장시설(다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다)을, 제4호에서 도관시설(연결시설을 포함한다)은 송유관, 가스관, 열수송관을, 제5호에서 급·배수시설은 송수관(연결시설을 포함한다), 급·배수시설, 복개설비를, 제6호에서 에너지 공급시설은 주유시설, 가스충전시설, 송전철탑(전압 20만볼트 미만을 송전하는 것과 주민들의 요구로 전기사업법 제72조의 규정에 의하여 이전·설치하는 것을 제외한다)을 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제76조 본문 및 제1호 내지 제8호에서 법 제104조제10호에서 “대통령령이 정하는 시설물”이라 함은 승강기(엘리베이터·에스컬레이터 그 밖의 승강시설), 20킬로와트 이상의 발전시설, 난방용보일러·욕탕용보일러, 7천560킬로칼로리급 이상의 에어컨(중앙조절식에 한한다), 부착된 금고, 교환시설, 건물의 냉·난방, 급·배수, 방화, 방범 등의 자동관리를 위하여 설치하는 인텔리젼트 빌딩시스템 시설을 말한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제77조에서 부동산(광업권·어업권을 제외한다)·차량·기계장비 또는 항공기에 있어서는 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제89조제3항에서 법 제2장제5절 등록세의 규정에서 “부동산”이라 함은 법 제104조제3호 및 제4호의 규정에 의한 토지와 건축물을 말한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 제119조제1항 본문 및 제7호에서 제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제102조제1항 본문 및 제6호에서 제38조의 규정에 의한 현물출자에 따라 취득하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며, 농어촌특별세법 제5조제1항에서 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하면서, 그 제1호에서 조세특례제한법·관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면세액의 100분의 20으로 규정하고 있고, 민법 제100조제1항 및 제2호에서 물건의 소유자가 그 물건의 상용에 공하기 위하여 자기소유인 다른 물건을 이에 부속하게 한 때에는 그 부속물은 종물이고, 종물은 주물의 처분에 따른다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2003.5.30. 청구외 ○○산업(주)과 2003.5.30. 현물출자계약을 체결한 후 2003.7.1. 타이어 사업부문에 공여되고 있는 토지·건물 및 기계장치와 구축물을 취득한 후 조세특례제한법의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제받고, 과세면제받은 취득세와 등록세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세를 신고납부하였으나, 처분청은 취득세 등의 과세면제 대상인 일부 시설물에 대한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니한 사실을 확인하고 누락된 농어촌특별세를 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 별표 쟁점 시설물은 취득세 등의 과세대상에 해당되지 아니하므로 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 취득세 과세대상 시설물은 구 지방세법시행령 제75조의2 및 같은법시행령 제76조에서 열거하고 있으므로 시설물의 구조·형태·용도·기능 등을 전체적으로 고려하여 과세대상 여부를 판단하여야 하겠고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 것이므로, 종류가 다른 과세대상 물건을 동시에 일괄 취득하는 경우에는 개별 과세대상 물건별로 취득가액이 구분되는 때에는 각각 구분하여 과세표준을 산정하여야 하며, 그 중에서 등기대상인 것과 등기대상이 아닌 것이 있으면 등록세 과세표준도 구분하여야 하겠고, 토지나 건물의 부합물에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 등기도 아니하였다면 등록세 과세표준에 산입되지 아니할 것이나, 건물의 부합물에 해당되는 경우에는 별도 등기를 하지 아니하였다 하더라도 등록세 과세표준에 포함된다 할 것인바, 첫째, 별표 쟁점 시설물 중 화물용 승강기, 포장도로, 울타리, 타이어노면 야적장, 담장(외곽담장), 경비소, 간이화장실, 생고무 전천후노면하역장, 예비군훈련장시설물, 노면주차장, 운동장트랙노면주차장, 노면야적장, 테스트노면(연번 1, 12～15, 22～24, 58～61, 64～67, 73, 83, 86, 87, 92, 95) 등은 토지나 건물과 일체가 되어 그 경제적 효용을 증가시키는 부합물에 해당된다 하겠으므로, 법인장부상 구축물로 분류하였다고 하더라도 취득세 과세대상에 포함된다 할 것이고, 별도로 등기를 하지 아니하였다 하더라도 토지나 건물의 부합물에 해당되므로 등록세 과세대상에 포함된다 하겠고, 둘째, 조경수(연번 2～11, 16, 71, 72, 74, 93)의 경우 취득세 과세대상이 되는 입목 중 지상의 임목이라 함은 일정한 장소에 집단적으로 생립하고 있는 수목의 집단을 말하는 것으로서, 조경용에 사용하기 위하여 취득하는 수목이라 하더라도 일정한 장소에 집단적으로 생립하고 있는 경우는 이식을 전제로 일시적으로 가식중인 묘목과는 달리 취득세의 과세대상이 되는 지상의 임목에 해당한다 할 것이므로, 계획적인 조림에 의하여 재목으로 사용이 가능한 산림목만이 취득세 과세대상이 되는 것이 아님은 물론 산발적으로 자생하고 있는 수목이라 하여 임목이 아니라 할 수는 없으며, 또한 이 사건 조경수가 토지상에 계속적으로 생육하고 있었으므로 취득세 과세대상에 해당한다고 보아야 하겠으나(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2000-10호, 2000.1.26)이나, 입목에관한법률에 의한 입목등기를 하지 아니한 이상 등록세 과세대상은 아니라 할 것이며, 셋째, 구 지방세법시행령 제75조의2제2호에서 저장시설을 다른 시설과 유기적인 관련을 가지고 일시적으로 저장기능을 하는 시설을 포함한다고 규정하고 있으므로, 생산시설과 유기적인 관련을 가지고 있다 하더라도 저장기능을 가지고 있는 것은 취득세 과세대상인 저장시설로 보아야 할 것으로, 공업용회수지, 용수탱크, 압력탱크, HYDRO THERM 탱크, 열교환탱크, 가열탈기탱크, 솔벤트저장탱크, 오일가공탱크, BC유탱크, 온수실탱크, 경수연화탱크, 순수처리설비(연번 18, 25, 26, 30～47, 80, 81) 등은 취득세 과세대상인 저장시설에 해당되는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 이를 별도로 등기하지 아니하였으므로 등록세 과세표준에는 포함되지 아니한다 하겠고, 넷째, 구 지방세법시행령 제75조의2제5호에서 과세대상으로 규정한 급, 배수시설이란 구조, 형태, 용도, 기능 등을 전체적으로 고려하여 급수와 배수기능을 발휘하는 시설(대법원 판례 2001두10592, 2002.6.28)을 말하고, 복개설비란 하천 등에 지하의 공간을 유지한 채 덮개를 덮은 설비를 말한다 할 것이므로, 지하수, 지하수라인, 냉각탑, 상수도, 배수로, 황룡강인입용, 수해방지시설, 초기우수처리조(연번 17, 27～29, 48～54, 75～78, 84, 85, 88～90) 등과 하천복개설비(연번 70)는 취득세 과세대상인 급·배수시설이라 하겠으나, 이 또한 별도로 등기하지 아니하였으므로 등록세 과세표준에는 포함되지 아니한다 할 것이며, 다섯째, 타이어 제조를 위한 타이어 가류 및 기계 등의 예열에 필요한 스팀을 생산하는 시설인 보일러에 부수되어 있는 연돌(연번 19～21, 66)과 타이어 자동제조설비인 APU 가동을 위한 전기 공급설비를 보관하는 APU 전기룸(연번 91)은 타이어 제조시설과 유기적인 관련을 가지고 생산과정의 일부로서 기능을 하고 있다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로 취득세 과세대상으로 볼 수 없다 할 뿐만 아니라 건물의 부합물에 해당되지 아니하므로 등록세 과세표준에도 포함되지 아니한다 하겠고, 여섯째, 구 지방세법시행령 제75조의2제6호에서 에너지공급시설인 송전철탑의 경우 20만볼트 미만을 송전하는 것은 제외하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제76조제8호에서 건축물 등에 부수되는 시설물로 규정하고 있는 구내 변전·배전시설이라 함은 건물구내에서 시설의 유지관리를 위하여 사용되는 전력의 전압변경을 위한 시설과 배전을 위한 시설을 말하며, 이러한 변전·배전시설이 생산설비를 가동하기 위한 것이라면 건축물에 부수되는 시설물이라 보기는 어렵다 할 것으로, 154㎸수배전(연번 55)은 타이어 제조설비의 가동을 위한 것이고 배전실 온습도측정장치(연번 56)는 배전설비의 부수시설물이라 하겠으며, 송전철탑 또한 20만볼트 미만의 송전철탑이므로 취득세와 등록세의 과세표준 산정에 포함되지 아니한다 할 것이며, 일곱째, 타이어 제조기술 연구 및 실험시 발생하는 가스, 악취, 분진, 대기오염물질 등을 방지하고 집진하여 정화시키는 자동제어시설인 오염방지장치(연번 68)와 세차공구보관소(이동식), 외곽도로신호등, 정문자동문(N형 자바라), 옥외보안등, 고가초소, 넝쿨장미아치, 사원아파트놀이터의 철봉(연번 57, 62, 63, 69, 79, 82, 94) 등은 구 지방세법시행령 제75조의2 및 같은법시행령 제76조에서 규정하고 있는 시설물에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 건물 자체의 효용을 증가시키는 부합물로 보기도 어렵다 하겠으므로 취득세와 등록세의 과세대상으로 볼 수는 없다 하겠으므로, 처분청은 청구인이 별표 쟁점 시설물을 법인장부상 구축물계정으로 회계처리하고 있다는 이유만으로 그 구체적인 현황 등을 분석 판단하지 아니하고 지방세법상 취득세와 등록세 등의 과세대상으로 보아 조세특례제한법 제119조제1항제7호 및 같은 법 제120조제1항제6호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하고 이에 따른 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 일부 잘못이 있다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관 [별표] 쟁점 시설물 목록 연번 계정과목 자 산 명 연번 계정과목 자 산 명 1 기계장치 화물용승강기 26 구 축 물 탱크(용수탱크) 2 구 축 물 정원(조경수 등) 27 구 축 물 지하수라인(압출) 3 구 축 물 휴게소(파고라, 조경수) 28 구 축 물 지하수라인(1공장압출) 4 구 축 물 제2중앙정원(파고라, 조경수) 29 구 축 물 지하수라인(2공장압출) 5 구 축 물 정원(조경수) 30 구 축 물 탱크(압력탱크) 6 구 축 물 신설후문정원(조경수) 31 구 축 물 탱크(압력탱크) 7 구 축 물 정원(조경수) 32 구 축 물 탱크(HYDRO THERM) 8 구 축 물 사원아파트정원(조경수) 33 구 축 물 탱크(열교환) 9 구 축 물 묘목장정원(조경수) 34 구 축 물 탱크(열교환) 10 구 축 물 본관동정원(조경수) 35 구 축 물 탱크(열교환) 11 구 축 물 운동장(조경수 및 테니스장 외) 36 구 축 물 탱크(가열탈기) 12 구 축 물 아스팔트(포장) 37 구 축 물 탱크(솔벤트저장) 13 구 축 물 도로(아스팔트포장) 38 구 축 물 탱크(솔벤트저장) 14 구 축 물 도로(아스팔트포장) 39 구 축 물 탱크(오일가공) 15 구 축 물 울타리(담장위 철조망) 40 구 축 물 탱크(오일가공) 16 구 축 물 축산묘목장(조경수) 41 구 축 물 탱크(오일가공) 17 구 축 물 지하수(선암) 42 구 축 물 탱크(BC유) 18 구 축 물 공업용회수지 43 구 축 물 탱크(온수실) 19 구 축 물 연돌 44 구 축 물 탱크(BC유) 20 구 축 물 연돌 45 구 축 물 탱크(경수연화) 21 구 축 물 연돌 46 구 축 물 탱크(용수공급) 22 구 축 물 도로(콘크리트, 아스팔트 포장) 47 구 축 물 탱크(용수공급) 23 구 축 물 타이어야적장(콘크리트 포장) 48 구 축 물 냉각탑 24 구 축 물 외곽담장(담장위가시철조망) 49 구 축 물 냉각탑(3 POND) 25 구 축 물 탱크(1P 물탱크) 50 구 축 물 냉각탑(2 POND) 연번 계정과목 자 산 명 연번 계정과목 자 산 명 51 구 축 물 냉각탑 76 구 축 물 냉각탑 52 구 축 물 상수도 77 구 축 물 냉각탑 53 구 축 물 배수로 78 구 축 물 수해방지시설 54 구 축 물 황룡강인입용 79 구 축 물 고가초소 55 구 축 물 154KV수배전(철탑 77기외) 80 구 축 물 탱크(용수공급) 56 구 축 물 배전실온습도측정장치 81 구 축 물 순수처리설비 57 구 축 물 세차공구보관소(이동식) 82 구 축 물 넝클장미아치 58 구 축 물 경비소(판넬조립식) 83 구 축 물 2공장 후편도로(아스팔트포장) 59 구 축 물 간이화장실 84 구 축 물 냉각탑 60 구 축 물 생고무전천후하역장(콘크리트) 85 구 축 물 냉각탑 61 구 축 물 예비군훈련장시설물 86 구 축 물 간이화장실 62 구 축 물 외곽도로신호등(황색점멸등) 87 구 축 물 운동장트랙주차장(콘크리트포장) 63 구 축 물 정문자동문(N형 자바라) 88 구 축 물 초기우수처리조 64 구 축 물 주차장(포장도로) 89 구 축 물 냉각탑 65 구 축 물 포장도로(연구소) 90 구 축 물 냉각탑 66 구 축 물 연돌(연구소) 91 구 축 물 APU전기룸 67 구 축 물 담장(연구소) 92 구 축 물 야적장 바닥(콘크리트 포장) 68 구 축 물 오염방지장치(연구소) 93 구 축 물 별관앞휴게실(파고라, 조경수) 69 구 축 물 옥외보안등(연구소) 94 구 축 물 사원아파트놀이터(철봉 등) 70 구 축 물 하천복개도로(연구소) 95 구 축 물 TEST 노면(CORNERING) 71 구 축 물 연구소휴게소(파고라, 조경수) 72 구 축 물 연구소조경공사(조경수) 73 구 축 물 주차장(노면콘크리트포장) 74 구 축 물 별관옆휴게실(파고라, 조경수) 75 구 축 물 냉각탑