지방세법 제288조제2항에서 규정하고 있는 학술연구단체에 해당되는지의 여부(취소)

[주 문] 처분청에서 2004.11.10. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 등록세 146,355,000원, 지방교육세 29,271,000원, 합계 175,626,000원과 2004.12.10. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 취득세 97,570,000원, 농어촌특별세 9,757,000원, 합계 107,327,000원은 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2004.11.10. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○호의 토지 666.1㎡와 동 지상 건축물 2,433.1㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 지방세법 제288조제2항에서 규정하고 있는 정부(전 동력자원부 장관)로부터 허가(제92-1호 1992.3.23.)를 받은 학술연구단체가 고유목적 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라고 하여 2004.11.15.취득세 등을 감면 신청하였으나 처분청에서는 2004.11.23. 최근 3년(2002년～2004년)간의 전체사업비 중 학술연구사업비가 적다는 사유로 감면신청을 반려(세무1과8534)함에 따라 이 사건 부동산의 취득가액 4,878,500,000원에 지방세법 제112조제1항 및 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 146,355,000원, 지방교육세 29,271,000원은 2004.11.10. 신고 납부하고 취득세 97,570,000원, 농어촌특별세 9,757,000원은 2004.12.10. 신고 납부함으로서 이를 각각 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 민법 제32조와 공익법인 설립운영에 관한 법률 제4조 및 산업자원부 소관 비영리법인의 설립 및 감독규칙 제4조의 규정에 의하여 1992.3.23. 산업자원부 장관(전 동력자원부 장관)으로부터 허가(제92-1호)를 받아 설립된 비영리법인으로서 법인등기부 등본 상 목적사업인 원자력의 평화적 이용에 관한 객관적이고 과학적인 지식보급과 자료의 제작 배포 및 원자력에 관한 과학 기술의 조사연구 및 초, 중등 과학교육에 있어서의 원자력 관련 교육의 협력 사업 등을 수행하고자 예산은 발전소 주변지역 지원에 관한 법률에 의하여 조성된 전력사업 기반기금인 공적자금에서 조달하여 원자력에 대한 과학적인 조사연구 등을 위한 학술연구부분과 원자력의 올바른 이해를 돕기 위한 체험전시관 운영 등의 기술진흥부문 및 원자력 현안관련 심포지엄 개최 등의 문화진흥부문의 사업을 동시에 수행하고 있을뿐만 아니라 정부산하기관 관리 기본법에 의하여 국정 감사를 받고 있는 공익법인으로서 법인해산 시의 잔여재산은 국가, 지방자치단체 또는 공익사업을 목적으로 하는 비영리법인에 기부토록 되어 있고 청구인의 학술 연구 등 모든 사업은 주무부장관인 산업자원부 장관으로부터 철저한 감독을 받고 있는 학술연구 단체이므로 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등은 지방세법 제288조제2항의 규정에 의하여 당연히 과세면제 되어야 한다고 주장하면서 기 신고 납부한 이 사건 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 지방세법 제288조제2항에서 규정하고 있는 학술연구단체에 해당되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제288조제2항에서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유 목적에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 상요하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.”라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 원자력의 평화적 이용에 관한 객관적이고 과학적인 지식의 개발 보급을 통하여 국민의 원자력에 대한 올바른 이해증진 등을 목적 사업으로 하여 1992.3.23. 산업자원부 장관(전 동력자원부장관)으로부터 허가(제92-1호)를 받은 법인으로서 2004.11.10.이 사건 부동산을 취득한 후 등록세 등 175,626,000원은 2004.11.10. 신고 납부하고, 취득세 등 107,327,000원은 2004.12.10. 신고 납부한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 민법 제32조와 공익법인 설립운영에 관한 법률 제4조 및 산업자원부 소관 비영리법인의 설립 및 감독 규칙 제4조의 규정에 의하여 산업자원부 장관으로부터 법인설립허가를 받고 원자력에 관한 과학기술의 조사연구 등의 사업을 수행하는 학술연구단체라고 주장하고, 처분청에서는 원자력의 이용에 관한 지식의 개발 보급 및 원자력 문화 증진을 목적으로 하는 비영리법인이지만, 청구인의 최근 3년간 전체 사업비 중 학술연구 사업비의 비율(2002년도: 없음, 2003년도: 6.8%, 2004년도: 7.1%)이 적다는 사유로 학술연구단체로는 볼 수 없다고 판단하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인의 주요사업은 학술연구부문과 기술진흥부문, 문화진흥부문으로 나누고 학술연구부문을 조사연구사업(원자력에 대한 과학적인 조사연구 등), 교육문화사업(원자력에 관한 교육, 교원 직무 연수 세미나 등), 국제 및 국민 이해사업(국제적인 원자력 정보 분석 및 원자력에 대한 국민인식 개선홍보 논리개발 등), 출판편집(홍보자료 발행 및 배포) 사업으로 분류하고 이를 근거로 한 학술연구부분 사업비 집행내역도 2002년도는 총사업비 8,823백만원 중 55.9%인 4,936백만원이고 2003년도는 총사업비 7,320백만원 중 46.7%인 3,420백만원이며 2004년도는 총사업비 7,288백만원 중 44.7%인 3,261백만원을 집행한 사실이 산업자원부 장관이 우리부에 통보(대외협력과-228, 2005.8.10.)한 청구인의 사업비 집행내역서에서 입증되고 있고 청구인의 연도별 예산 중 97% 이상이 (2003년도 총예산 10,037백만원 중 9,814백만원, 2004년도 총예산 9,989백만원 중 9,780백만원) 발전소 주변지역 지원에 관한 법률에 의하여 조성된 전력사업기반기금에서 출연 받고 있을 뿐만 아니라 법인 해산 시에도 잔여재산은 국가, 지방자치단체 또는 공익사업을 목적으로 하는 비영리법인에 기부토록 되어 있는 점과 청구인이 지정기부금 해당여부 질의(총무 제118호 1992.10.1.)에 대한 국세청장의 통보(법인 22601-2125 1992.10.10.)에서 청구인은 학술연구단체에 해당되고 청구인에게 연구비로 지출하는 기부금은 지정기부금에 해당된다는 해석 등을 종합하여보면 청구인은 학술연구단체에 해당되는 것으로 보여지므로 처분청에서 청구인의 사업 중 원자력에 대한 조사연구, 교육문화, 출판, 국제 및 국민이해사업 등 모두를 학술연구분야로 보지 아니하고 단지 원자력에 대한 조사연구분야만 학술연구분야로 보아 그 사업비가 미미하다는 사유로 학술연구단체로 보지 아니한 것은 법리 해석 상 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관