도시및주거환경정비법령상 환지로 인하여 본점용 사무소를 대체취득한 경우 지방세법 제109조제3항의 대체취득 비과세에 해당하는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은청구인이 ○○구역 제15지구 도시환경정비사업지구(구도시재개발구역)인○○시○○구○○2가○○번지외 35필지 토지 7,678.10㎡(이하 “이 사건종전토지”라고 한다)를 2000.10월부터 2001.4월 사이에 취득하여 취득세 등을 일반세율로 신고납부한 다음 위 지상에 업무용 건축물(연면적 91,829.74㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 신축하여 2004.12.6.준공인가를 받아2004.12.13.이 사건 건축물 중 72,792.28㎡를 본점사무소로 사용하자 본점사무소용 면적의 그 부속토지(4,688.27㎡)에 대하여 그 취득가액(75,605,621,654원)을 과세표준으로 지방세법 제112조의2제1항의 중과세율(6%)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세3,024,224,860원, 농어촌특별세 302,422,480원, 합계 3,326,647,340원을 2005.1.5.신고납부하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은○○구역 제15지구 도시환경정비사업지구내시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에 해당되어 구 도시재개발법 제34조제1항에서 관리처분계획의 인가를 받지 않아도 사업을 시행할 수 있기 때문에 부득이 이러한 인가절차 없이 위도시환경정비사업을 완료하여 관할관청으로부터 준공고시까지 받아서 준공인가된 건축물과 토지는 도시및주거환경정비법제55조에 의한 환지에 해당되어 지방세법 제109조제3항에 의하여 비과세대상이 되므로 본점 사무소용으로 중과세대상 부동산이라 하더라도 취득세가 비과세대상에 해당하는 한 중과세율에 의하여 중과할 수 없다고 하는 대법원 판례(92누8019판결) 및 구내무부심사결정사례(제88-450호)를 들면서 이 사건 건축물의 일부를 청구인의 본점사무소로 사용한 부분의 그 부속토지도 비과세하여야 하는데도 처분청은 환지처분의 개념과 대체취득에 관련된 법령을 잘못 해석하여 이를 대체취득으로 소멸된 이 사건 구토지에 5년내 본점사무소를 신축으로 취득한 경우의 그 부속토지로 보아 이 사건 취득세를 중과세율로 신고납부한 것을 받아들이는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 도시및주거환경정비법령상 환지로 인하여 본점용 사무소를 대체취득한 경우 지방세법 제109조제3항의 대체취득 비과세에 해당하는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제109조제3항에서 도시개발법에 의한 도시개발사업과 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 그 제1호에서 환지계획 등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 도시및주거환경정비법등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산과 그 제2호에서 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산(사업시행인가 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다)대하여는 취득세를 부과한다고 하고 있고, 같은 법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있으며, 같은 법 제112조의2제1항에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 당해 토지나 건축물이 그 제2호의 제112조제3항 본문의 규정에 의한 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다.)에 해당하게 된 경우에는 당해 각호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 하고 있고, 도시및주거환경정비법 제2조라목에서 도시환경정비사업이란 상업지역·공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업이라고 하고 있으며, 같은 법 제55조제2항에서 제1항의 규정에 의하여 취득하는 대지 또는 건축물중 토지등소유자에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제39조의 규정에 의하여 행하여진 환지로 보고, 제48조제3항의 규정에 의한 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제33조의 규정에 의한 보류지 또는 체비지로 본다고 규정하고 있으며, 도시재개발법(2002.2.4. 법률 제6655호로 개정전의 것) 제2조제2호에서 "재개발사업"이라 함은 재개발구역안에서 토지의 합리적이고 효율적인 고도이용과 도시기능을 회복하기 위하여 이 법이 정하는 바에 의하여 시행하는 건축물 및 그 부지의 정비와 대지의 조성 및 공공시설의 정비에 관한 사업과 이에 부대되는 사업을 말하고, 그 가목에서 도심재개발사업이란 도심지 또는 부도심지와 간선도로변의 기능이 쇠퇴해진 시가지를 대상으로 그 기능을 회복 또는 전환하기 위하여 시행하는 재개발사업이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1977.6.29. 이 사건 종전토지는 건설부고시 제123호로 구도시재개발법에 의한 도심재개발구역으로 지정되었고, 1984.3.29. 청구인은 정보통신사업 등을 목적으로 법인을 설립한 다음 상호를 1997.3.21.○○텔레콤(주)으로 변경하였으며, 2004.12.13. 본점을 같은 구○○2가○○번지로 변경하였고, 1989.6.28.○○상사(주)는 서울시고시 제313호로 사업명칭○○구역 제15지구재개발사업(이하 현행법 명칭인 “도시환경정비사업”으로 한다)로 시행인가를 받았으며, 1992.12.10.○○상사(주)는 위 사업지구내 토지 33필지 7109.5㎡(5915,6㎡)를 35필지 7678.1㎡(5914.4㎡)로 도시환경정비사업시행 변경인가를 받았고, 1997.12.31.○○상사(주)는○○시○○구청허가 제97-6호로 건축허가를 받았으며,2000.10월부터 2001.4월 사이 청구인은 위 도시환경정비사업구역내의 토지(7,678.1㎡)를 포함한 토지 8,365.9㎡(941.9㎡는 구역외 토지임)를○○상사(주) 등으로부터 141,292,000,000원에 취득하고, 지방세법 제112조제1항의 규정에 의한 세율(1,000분의 20)을 적용하여 산출한 취득세를 신고납부하였으며,2001.2.27. 사업시행자 및 주된 사무소의 소재지를○○도○○시○○구○○동○○번지○○상사(주)를○○시○○구○○동○○번지 청구인으로 위 도시환경정비사업시행 변경인가를 득하고, 2004.12.10. 관할관청은○○시○○구고시 제2004-81호로○○구역제15지구 도시환경정비사업에 대하여 토지(대지 5,914.4㎡, 정비기반시설 1,763.7㎡) 및 건축물(업무시설, 지상33층·지하6층, 연면적 91,829.74㎡)로 공사완료 고시하였으며, 2004.12.13. 청구인은 이 사건 건축물을 청구인의 기업부설연구소(8,177.07㎡) 및 본점사무소(72,792.28㎡), 기타(10,860.39㎡)로 사용하였고, 2004.12.30. 공부상 이 사건 종전토지와 동일한 면적(5,914.4㎡)으로 환지되어 이 사건 건축물의 부속토지로, 나머지 1,763.7㎡는 정비기반시설용 토지로 처분청에 귀속된 사실을제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 대체취득한 토지에 대한 취득세 등은 종전토지가 환지처분으로 새로운 토지로 대체된 것이기 때문에 지방세법 제109조제3항에 의하여 종전토지의 가액만큼은 비과세되므로 같은 법 제112조제3항 및 같은 법 제112조의2제1항제2호의 중과세율을 적용할 수 없다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제109조제3항에서 도시및주거환경정비법에 의한 도시환경정비사업의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 환지계획에 의하여 취득하는 토지나 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 종전취득가액을 초과하는 부분이 없는 경우를 제외하고 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 지방세법 제112조제3항에서 과밀억제권역안에서 본점 사업용 건축물을 신·증축으로 취득할 때 그 부속토지와 함께 취득세율은 표준세율의 100분의 300으로 한다고 하며, 지방세법 제112조의2제1항제2호에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 법 제112조제3항의 경우에 해당할 때도 중과세율을 적용한다고 규정하고 있는 바, 여기서 대체취득의 성질이 법적으로 종전의 대지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급된다는 점(대법원 1994.4.26. 선고 93누9170 판결) 및 도시및주거환경정비법 제55조제1항에 비추어 비과세됨으로서 종전 토지에 내재되어 있는 제반 권리의무까지도 모두 소멸되는 것이 아니라 할 것이어서 종전 부동산에 있던 비과세 및 감면에 따르는 추징규정에 대한 납세의무자의 사용의무나 상태지속의무, 혹은 과세관청의 추징사유조사권리 등은 당연히 새로운 토지에 승계되는 것이므로 새로운 토지에 추징사유가 발생하였는지에 따라 중과세여부를 판단하여야 하는 것이 합목적적이라 할 수 있고, 또한, 대체취득은 그 자체로 새로운 취득으로 간주되고 있으므로 지방세법 제104조제8호에서 규정된 취득의 정의나 국가정책적인 관점에서 특정한 과세요건에 대하여는 일반세율보다 중한 세율로 과세하겠다는 같은 법 제112조제3항 및 같은 법 제112조의2제1항제2호의 취지 등에 비추어 대체취득당시 새롭게 발생한 과세요건이 중과세되는지 여부는 그것대로 판단하여 세율을 적용하여야 하는 것이므로 종전토지를 취득할 때와 달리 새로운 취득(대체취득)시 다른 과세요건이 발생함으로서 그에 따라 관련세율을 적용하는 것으로도 볼 수 있는 것을 종합하여 보면, 지방세법 제107조 등이나 청구인이 제시한 대법원판례(92누8019판결) 및 구내무부심사결정사례(제88-450호)와 같은 비과세 및 감면요건과 달리 같은 법 제109조와 같은 대체취득 비과세의 경우는 세제혜택적인 의미보다는 중복과세를 방지하는 의미가 더 큰 것이므로 종전 토지를 취득할 당시의 과세요건에 따라 납부한 세액에 대하여 비과세하는 것뿐이며, 대체취득된 토지는 단지 권리변환으로 종전 토지는 소멸하고 새로운 토지로 간주하는 것이지만 본질적으로는 동일한 토지임에 비추어 볼 때, 대체취득된 토지에 새로운 과세요건이 발생하면 그 요건을 적용하여 산출한 세액에서 종전 토지를 취득시 납부한 세액을 차감한 세액으로 과세되는 것으로 봄이 상당하다 할 것으로서 청구인의 경우2000.10월부터 2001.4월 사이에 위 도시환경정비사업구역내 이 사건 종전토지(7,678.1㎡)를 취득한 후 2004.12.10. 위 사업의 준공인가를 받고, 즉시 관할관청은 사업완료고시하자 환지처분으로 토지(5,914.4㎡)와 건축물(91,829.74㎡)을 대체취득하였으며, 3일후 이 사건 건축물의 일부(72,792.28㎡)를 본점 사무소용도로 사용하고 있는 것을 보면, 청구인은 이 사건 종전토지를 취득후 5년내 본점 사무소용 건축물을 신축하는 경우에 해당될 뿐만 아니라 대체취득시 토지와 건축물을 동시에 취득하였으므로 본점 사무소용 건축물을 신축으로 취득하는 경우에도 해당된다 할 것으로서 지방세법 제112조제3항의 규정(본점 사업용재산 취득시 중과세)이나 같은 법 제112조의2제1항제2호의 규정(5년내 본점 사업용재산 취득시 중과세), 어느 규정을 취하든지 취득세 중과세대상이 되는 것이 분명하다 할 것이므로 청구인이 이 사건 대체취득한 토지에 대하여 본점 사업용 건축물의 부속토지의 일부로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이 사건 종전 토지를 취득할 당시 부과하였던 세액을 공제한 세액으로 신고납부한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 8. 29. 행 정 자 치 부 장 관