벤처기업집적시설 지정이 취소된 경우 개정된 법률에 따라 재산세 등을 추징한 처분의 적법여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004.12.15. 청구인에게 부과 고지한 종합토지세 9,993,070원, 지방교육세 1,998,600원, 농어촌특별세 1,475,450원, 합계 13,467,120원은 기각하고, 나머지 심사청구는 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지 대지 970.4㎡ 및 동 지상건축물 5,098.19㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다) 중 2001.3.8. 벤처기업집적시설로 지정받은 건축물 4,100.46㎡(부속토지 780.49㎡를 포함하여 이하 “벤처집적시설”이라 한다)에 대하여 구 지방세법(2000.12.29. 법률 6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조제4항의 규정에 의하여 2001년도부터 2003년도까지 재산세와 종합토지세 등의 100분의 50을 경감하였으나, 2004.3.9. 그 지정이 취소되었으므로 개정 지방세법(법률 7013호, 2003.12.30) 제276조제3항의 규정에 의하여 기 경감한 2001년도분부터 2003년도분까지의 재산세 4,770,040원, 지방교육세 953,990원, 합계 5,724,030은 2004.9.9.에, 2001년도분부터 2003년도분까지의 종합토지세 9,993,070원, 지방교육세 1,998,600원, 농어촌특별세1,475,450원, 합계 13,467,120원은 2004.12.15.에 각각 부과 고지하였다. ※ 연도별 추징세액(원) [재산세] 구 분 과세표준 세 액 계 재 산 세 지방교육세 계 5,724,030 4,770,040 953,990 2001년도분 1,378,971,143 1,734,220 1,445,190 289,030 2002년도분 1,377,839,137 1,980,790 1,650,660 330,130 2003년도분 1,397,955,721 2,009,020 1,674,190 334,830 [종합토지세] 구 분 과세표준 세 액 계 종합토지세 지방교육세 농어촌특별세 계 13,467,120 9,993,070 1,998,600 1,475,450 2001년도분 2,383,600,800 3,921,990 2,913,760 582,750 425,480 2002년도분 2,490,119,168 4,586,370 3,401,990 680,390 503,990 2003년도분 2,689,770,090 4,958,760 3,677,320 735,460 545,980

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 지방세법 제276조제3항 단서 규정은 같은 법 부칙 제10조에 의하여 2001.1.1. 이후 취득한 부동산부터 적용되어야 할 것으로, 2000.1.28. 벤처기업집적시설로 지정받은 이 사건 부동산 일부가 그 지정이 2004.3.9. 취소되었다 하더라도 2001.1.1. 이전부터 소유하고 있었으므로 경감한 재산세 등을 추징할 수는 없다 할 것임에도, 개정 지방세법의 규정을 적용하여 이 사건 재산세와 종합토지세 등을 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 비추어 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 벤처기업집적시설 지정이 취소된 경우 개정된법률에 따라 재산세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제276조제4항에서 산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 산업기술단지지원에관한특례법에 의한 사업시행자 및 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(공업배치및공장설립에관한법률 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의하여 설립된 한국산업단지공단의 경우는 공업배치및공장설립에관한법률 제45조의7제1항제3호 및 제5호의 사업용부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감하되, 다만 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있고, 개정 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정된 것, 이하 같다) 제276조제3항에서 산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 산업기술단지지원에관한특례법에 의한 사업시행자 및 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화및공장설립에관한법률 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제45조의7제1항제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)하되, 다만 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있으며, 개정 지방세법 부칙 제1조에서 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 그 제8조에서 제276조제3항의 개정규정은 이 법 시행 당시 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년이 경과하지 아니한 것에 대하여도 적용한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.1.28. 이 사건 부동산일부(면적 3,585.0㎡)에 대하여 벤처기업집적시설로 지정받은 후 2001.3.8.당초 면적보다 515.46㎡가 증가된 4,100.46㎡에 대하여 벤처기업집적시설로 지정받았다가 2004.3.9. 그 지정이 취소된 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 벤처기업집적시설 지정이 취소되었다고 하여 개정 지방세법에 따라 이 사건 재산세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 매년 납세의무가 성립되는 재산세 등의 경우 면제대상이 되는지 여부는 면제요건 성립 당시의 법률에 따라 판단되어져야 할 것이나, 그 후 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 사유의 발생 당시 법률에 따라 판단하여야 할 것으로, 구 지방세법 제276조제4항 본문에서 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다고 하면서, 그 단서에서 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있었으나, 개정 지방세법 제276조제3항 단서에서 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 재산세 및 종합토지세를 추징한다고 하면서, 그 부칙 제1조 및 제8조에서 그 시행일을 2004.1.1.로 하고 벤처기업집적시설의 감면에 관한 적용례에 의해 제276조제3항의 개정규정은 이 법 시행 당시 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년이 경과하지 아니한 것에 대하여도 적용한다고 규정하고 있으므로, 청구인의 경우와 같이 2000.1.28. 이 사건 부동산중 일부 건축물 면적(3,585.0㎡)을 벤처기업집적시설로 지정받았고, 그 후 2001.3.8. 당초 면적보다 515.46㎡ 증가된 4,100.46㎡를 벤처기업집적시설로 지정받았다가 2004.3.9. 벤처기업집적시설 지정이 취소된 경우는 그 지정이 취소된 당시의 법률인 개정 지방세법이 적용하여야 할 것으로서, 취소 당시의 지방세법 제276조제3항 단서에서 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 재산세와 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 개정 지방세법의 규정을 적용하여 이 사건 종합토지세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 그러나 이 사건 재산세의 경우처분청이 2004.9.9. 등기우편(서울 강남우체국 등기번호 1900045438733)으로 발송한 납세고지서를 청구인은2004.9.11. 수령(수취인 박○○)한 후 97일이 경과한 2004.12.17. 이의신청을 하였으므로 본안 심의대상에 해당되지 아니한다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 7. 25. 행 정 자 치 부 장 관