법인이 소유하는 부동산중 취득세를 면제받은 부동산이있는 경우 그 부동산에 대해서는 과점주주에 대한 취득세도 면제하여야 하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○주식회사(이하 “이 사건 법인”이라 한다)의 주식 70.0%를 소유하고 있어 과점주주에해당하는 청구인이 2004.12.30. 주식 3.21% 추가로 취득한 후 이에 대한 취득세를 신고납부함에 있어서 취득세 과세대상 물건에 대한 법인장부상 가액 중 주식소유비율 증가분(3.21%)에 해당하는 금액(4,758,665,563원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 95,173,300원, 농어촌특별세 9,503,620원, 합계 104,676,920원을 2004.12.28. 납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 지방세법 제105조제6항 단서조항의 입법취지상 과점주주에 대한 취득세의 납세의무가 성립될 당시 당해 법인이 보유하고 있는 부동산중 취득세 감면기간 내에 있는 부동산에 대해서는 과점주주 취득세도 감면함이 타당하다 할 것으로, 이 사건 법인은 2000.5.15. 조세특례제한법 제121조의2제4항에 근거하여 외국인투자기업으로 조세감면을 받았고, 당해 법인이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 모든 사업용 재산에 대하여는 현재도 취득세 감면기간 내에 있으므로 청구인에 대한 과점주주 취득세 과세시에도 감면규정이 적용되어야 하겠고, 따라서 재정경제부장관이 감면결정(2000.5.15)한 투자금액 1,800억원(당시 총자본금 3,000억원)에 해당하는 60.38%는 감면대상이라 하겠으므로 이에 해당하는 세액은 환부되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 과점주주에 대한 취득세를 과세함에 있어서 당해 법인이 소유하는 부동산중 취득세를 면제받은 부동산이있는 경우 그 부동산에 대해서는 과점주주에 대한 취득세도 면제하여야 하는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제29조제1항 본문 및 제1호에서 취득세 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 성립한다고 규정하고 있고, 같은 법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 보되, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조제2항 본문에서 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이절에서 “주식 또는 지분의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의2제4항 본문에서 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세에 대하여는 다음 각호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다고 하면서, 그 제1호에서 취득세·등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항제2호의2·제2호의3·제2호의4 및 제3호의 규정에 의한 감면대상이 되는 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 이내에 있어서는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 법인의 외국인 투자가로서 주식 70.0%를 소유하고 있는 상태에서 2004.12.3. 주식 3.21%를 추가로 취득한 사실과 이 사건 법인은 초고속 방사섬유 및 Melt Blown공법에 의한 고기능성 부직포 제조사업과 관련하여 2000.5.15. 재정경제부장관으로부터 구 조세특례제한법 제121조의2의 규정 및 같은법시행령 제116조의2의 규정에 의하여 조세감면 결정통보(경총 41500-302)를 받은 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 과점주주에 대한 취득세의 납세의무가 성립될 당시 당해 법인이 보유하고 있는 부동산 중 취득세 감면기간 내에 있는 부동산에 대해서는 과점주주 취득세도 감면하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제29조제1항제1호에서 취득세 납세의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때 성립한다고 규정하고 있고, 같은 법 제105조제6항 본문에서 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 때 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보도록 규정되어 있으므로, 과점주주는 과점주주가 되는 때 법인의 부동산을 취득한 것으로 간주하여 취득세 납세의무가 성립한다 하겠고, 그 단서에서 “과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정한 것은 “과점주주가 부동산 등을 간주취득하여 납세의무가 성립한 때에는 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우에 그 과점주주에게 취득세 등을 비과세 또는 감면한다”는 취지로 보아야 할 것(같은 취지의 감사원 심사결정례 감심 제139호, 2003.10.14)인바, 청구인의 경우 비록 이 사건 법인이 취득세 과세대상 물건을 취득하면서 조세특례제한법 제121조의2제4항의 규정에 의하여 취득세 등을 면제받았다고는 하나, 이는 외국인투자기업인 이 사건 법인이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 취득세 등을 면제받은 것이라 할 것이고, 관련 세법규정을 적용함에 있어서 외국인 투자기업인 이 사건 법인과 인격이 다른 주주인 청구인이 2004.12.3. 이 사건 법인의 주식 3.21%를 추가로 취득함으로써 당해법인이 소유하고 있는 재산 중에서 그 증가비율만큼 취득한 것으로 간주하는 것으로서, 이는 당해 법인이 신고한 사업을 직접 영위하기 위하여 취득한 것은 아니라 하겠으므로 지방세법 또는 조세특례제한법 등 다른 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당되지 아니한다 할 것으로, 과점주주인 청구인이 2004.12.3. 증가된 주식소유비율(3.21%)만큼 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건을 취득(간주)하고 2004.12.28. 이 사건 취득세 등을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 7. 25. 행 정 자 치 부 장 관