공동주택 신축 당시 조례에 의하여 취득세 및 등록세가 경감되었으나 취득 당시에는 동 조례가 폐지된 경우에 경감되는지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이○○시○○구○○동○○번지의 대지 42,573㎡ 상에 1가구 당 전용면적 84.7886㎡(31평형)의 아파트 780세대(이하 “이 사건 아파트”라 한다)를 신축하여 2005.1.26. 사용검사필증을 교부받은 다음 총공사비 41,692,783,466원에 지방세법 제131조제1항제4호 및 같은법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 333,542,260원, 지방교육세 66,708,450원을 2005.1.28. 신고 납부하고 취득세 833,855,660원은 2005.2.25. 신고 납부함으로서 이를 같은 날 각각 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 부동산 임대·분양업 등을 목적사업으로 하여 1983.3.16. 설립한 법인으로서 이 사건 아파트를 신축하기 위하여 2002.11.20. 주택건설사업계획승인(건주58511-21339)을 받고 2003.5.28. 착공 신고를 필한 다음 2005.1.26. 이 사건 아파트를 신축하였으나 이 사건 아파트 신축 당시 구 광주광역시세 감면조례(조례 제3188호 2003.2.1. 개정된 것) 제13조제1항제2호에서 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다라고 규정하고 있었지만 이 사건 아파트 취득 당시 개정된 광주광역시세 감면조례(조례 제3238호 2004.1.1. 개정된 것) 제3조제1항에서 전용면적 68㎡ 초과 85㎡ 이하의 공동주택을 취득하는 경우 취득세와 등록세의 경감규정을 폐지하고 동 조례 부칙 제3조에서 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다라고 규정하고 있으므로 개정 전 조례와 개정된 조례에서 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 개정 전 조례를 적용하는 것이 세법해석의 기본 원칙이므로 이 사건 아파트에 대한 취득세 및 등록세 등은 아파트 착공 당시 시행되었던 구 광역시세 감면조례 제13조제1항제2호의 규정에 의하여 100분의 50이 경감되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 공동주택(전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하) 신축 당시 조례에 의하여 취득세 및 등록세가 경감(100분의 50)되었으나 취득 당시에는 동 조례가 폐지된 경우에 취득세 및 등록세가 경감되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 광주광역시세 감면조례(2001.8.1. 조례 제3065호로 개정된 것) 제13조제1항에서 임대주택법 제2조제4호의 규정에 의한 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하거나 건축주로부터 최초로 분양받은 경우 당해 공동주택에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다라고 규정하고 그 제2호에서 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다라고 규정하고 있으며 동 조례 부칙 제2항에서 이 조례는 2003.12.31.까지 적용한다라고 규정하고 동 조례부칙 제3항에서 제13조제1항제2호 규정에 의한 감면규정은 2001.3.13. 이후에 착공(건설임대사업자의 경우) 또는 분양계약(매입 임대사업자의 경우)이 체결된 경우로서 2003.12.31.까지 취득하는 경우에 한하여 적용한다라고 규정하고 있고 2004.1.1.부터 시행된 광주광역시세 감면조례(2004.1.1. 조례 제3238호)에서는 구 광주광역시세 감면조례 제13조제1항제2호를 삭제하고 부칙 제3항에서 일반적 경과조치인 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 이 사건 아파트를 신축하기 위하여 2002.11.20. 주택건설사업계획승인(건주58511-21339)을 받고 2003.5.28. 착공신고를 필한 후 2005.1.26. 사용승인서필 증을 교부 받은 다음 이 사건 아파트에 대한 등록세 등을 신고 납부(2005.1.28.: 등록세 등, 2005.2.25.: 취득세 등)한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 아파트 신축 당시 구 광주광역시세 감면조례에서 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하도록 규정되어 있었으나 이 사건 아파트 사용검사필증 교부 당시에는 동 경감규정을 폐지하면서 개정된 조례 부칙에서 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다라고 규정하고 있으므로 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 개정 전 조례를 적용하여 이 사건 취득세 등은 감면되어야 한다고 주장하고 있으나 조례의 개정이 있을 경우에는 개정 전·후의 조례 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙 상 당연하다 할 것이나 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례가 적용되어야 할 것이지만, 구 광주광역시세 감면조례(2001.8.1. 조례 제3065호로 개정된 것) 제13조제1항제2호에서 임대사업자가 임대할 목적으로 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하의 공동주택을 건축하는 경우에는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 부칙 제2조에서 이 조례는 2003.12.31.까지 적용한다라고 규정하고 있고 동 부칙 제3조에서 임대사업자가 임대할 목적으로 신축한 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 이하의 공동주택에 대한 취득세 및 등록세 경감규정은 2001.3.13. 이후에 착공(건설임대사업자의 경우)된 경우로서 2003.12.31.까지 취득하는 경우에 한하여 적용한다라고 규정하고 있는 바, 동 감면조례는 2003.12.31.까지 한시적으로 적용되고 건설임대사업자로서 임대할 목적으로 신축한 공동주택은 2001.3.13. 이후 착공되어 2003.12.31.까지 사용검사필증이나 가사용승인 등을 받은 경우에 한하여 취득세 및 등록세 등을 경감한다는 것이므로 청구인은 건설임대사업자로서 2001.3.13. 이후인 2003.5.28. 임대할 목적으로 이 사건 아파트를 착공하였지만, 이 사건 아파트의 취득세 등의 납세의무 성립일인 2005.1.26. 시행되고 있는 조례에서는 동 감면규정이 폐지되고 그 부칙에서 종전 조례 시행 당시 이미 착공한 공동주택에 대한 취득세 등을 감면하도록 특별히 경과 규정을 두고 있지 아니하고 있는 이상, 청구인이 종전 조례를 적용하지 아니하고 납세의무 성립 당시의 현행 조례를 적용하여 산출한 이 사건 취득세 등을 신고 납부한 것은 적법한 신고 납부라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 7. 25. 행 정 자 치 부 장 관