소프트웨어산업진흥법 제5조제4항의 간주규정을 지방세법 제276조제3항의 벤처기업집적시설 감면 규정에 적용여부(취소)

[주 문] 처분청에서 청구인에게 2005.3.15. 부과고지한 취득세 등 관련세액에 대한 추징대상면적 7,865.70㎡(벤처기업집적시설 중 1·9·18층 일부면적과 5·6·17층 전체면적)에서 그 18층 일부면적과 17층 전체면적 합계 2,915.05㎡를 제외하고 나머지 면적은 취소한다(층별 추징면적은 붙임 자료 참조).

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 비영리 특별법인인 청구인이○○시○○구○○동○○번지상 지하 6층 지상 18층 연면적 35,049.92㎡ 건축물(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다.) 중 3·4층을 제외한 면적(30,516.95㎡)을 2000.7.4. 벤처기업집적시설로, 그 13·14·17층 및 18층 일부를 제외한 면적(28,245.19㎡)을 소프트웨어진흥시설로 각각 지정받은 다음 2001.6.30. 이 사건 건축물 및 그 부속토지를 취득하고 벤처기업집적시설로 지정된 면적에 대하여 취득세 및 등록세를 감면받았으나, 2002.6.17. 위 벤처기업집적시설로 지정된 면적 중 그 1·9·18층 일부 및 5·6·17층 전체면적 총 7,865.70㎡(이하 “이 사건 쟁점건축물”이라 한다.)가 지정 취소되므로 취소된 면적과 그 부속토지에 대하여 그 취득가액(14,526,746,681원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 348,641,910원, 등록세 522,962,880원, 지방교육세 95,876,520원, 재산세관련세액 28,353,860원, 종합토지세관련세액 27,217,040원, 합계 1,049,360,840원(가산세 포함)을 2005.3.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2000.7.4. 이 사건 건축물중 3·4층을 제외한 면적(30,516.95㎡)을 벤처기업집적시설로 지정받았을 뿐만 아니라 2001.5.25. 이 사건 건축물 중 13·14·17층 및 18층 일부를 제외한 면적도 소프트웨어산업진흥법에 의한 소프트웨어진흥시설로 지정받았는데, 비록 양 시설이 그 지정권자나 지정요건 등에 차이가 있을 뿐만 아니라 소프트웨어진흥시설이 조세특례제한법령을 적용받지 않는다하더라도 이렇게 소프트웨어진흥시설과 벤처기업집적시설로 중첩지정된 경우로서 이중 벤처기업집적시설로 지정취소된 부분이 소프트웨어진흥시설의 지정이 취소되지 아니한 경우는 추징대상이 되지 않는다는 2002.5.23. 행정자치부 유권해석 세정제13407-481호(이 경우 서울시 유권해석에서는 추징대상으로 보고 있음)와 소프트웨어진흥시설도 벤처기업집적시설이라는 정보통신부 및 건설교통부의 유권해석, 그리고 소프트웨어산업진흥법에 의하여 지정된 소프트웨어진흥시설은 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조에 의한 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 본다고 하는 소프트웨어산업진흥법 제5조제4항의 입법취지 등에 비추어 이 사건 쟁점건축물에 대하여 벤처기업집적시설의 지정이 취소되었지만 소프트웨어진흥시설의 지정이 취소되지 아니한 이상 처분청의 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 소프트웨어산업진흥법 제5조제4항의 간주규정(소프트웨어진흥시설을 벤처기업집적시설로 본다)을 지방세법 제276조제3항의 벤처기업집적시설 감면 규정에 적용할 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 부칙(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정된 것) 제8조에서 제276조제3항의 개정규정은 이 법 시행당시 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년이 경과하지 아니한 것에 대하여도 적용한다고 하므로 청구인의 경우 현행법령에 적용된다할 수 있고, 지방세법 제276조제3항에서 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감하지만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세·종합토지세를 추징한다고 하고 있으며, 같은 법 제294조에서 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 하고 있고, 소프트웨어진흥법 제1조에서 이 법은 소프트웨어산업의 진흥에 필요한 사항을 정하여 소프트웨어산업 발전의 기반을 조성하고 소프트웨어산업의 경쟁력을 강화함으로써 국민생활의 향상과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 하고 있으며, 그 제2조제5호에서 "소프트웨어진흥시설"이라 함은 소프트웨어사업자와 그 지원시설 등을 집단적으로 유치함으로써 소프트웨어사업자의 영업활동을 지원하기 위하여 제5조의 규정에 의하여 지정된 시설물을 말한다고 하면서 그 제5조제1항에서 정보통신부장관은 소프트웨어산업의 진흥을 위하여 소프트웨어진흥시설(이하 "진흥시설"이라 한다)을 지정한다고 하고 있고, 그 제4항에서 제1항의 규정에 의하여 지정된 진흥시설은 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조의 규정에 의한 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 본다고 하고 있으며, 같은 법 제18조제2항에서 국가 또는 지방자치단체는 소프트웨어산업의 진흥을 위하여 조세특례제한법·지방세법 기타 관련 법률이 정하는 바에 의하여 소득세·법인세·취득세·재산세 및 등록세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제3조제2항에서 법 제5조제5항의 규정에 의한 진흥시설의 지정요건은 제1호의 정보통신부령이 정하는 수 이상의 소프트웨어사업자가 입주할 것과 제2호의 총입주 소프트웨어사업자중 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 100분의 50 이상일 것과 제3호의 소프트웨어사업자 및 그 지원시설이 차지하는 면적이 진흥시설 총면적의 100분의 50 이상일 것, 그리고 제4호의 공용회의실 및 공용장비실 등 소프트웨어사업에 필요한 공동이용시설을 설치할 것이라고 하고 있으며, 같은 법시행규칙 제2조제2항에서 영 제3조제2항제1호에서 "정보통신부령이 정하는 수"라 함은 10(서울특별시의경우에는 20)을 말한다고 하고 있고, 벤처기업육성에관한특별조치법 제1조에서 이 법은 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 제고하는데 기여함을 목적으로 한다고 하고 있으며, 그 제2조제4호에서 이 법에서 "벤처기업집적시설"이라 함은 벤처기업 및 대통령령이 정하는 지원시설을 집중적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동을 조장하기 위하여 제18조의 규정에 의하여 지정된 건축물을 말한다고 하고 있고, 그 제14조제1항에서 국가 또는 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 조세특례제한법·지방세법 기타 관계법률이 정하는 바에 의하여 소득세·법인세·취득세·재산세 및 등록세등을 감면할 수 있다고 하고 있고, 그 제18조제2항에서 제1항의 규정에 의하여 지정을 받은 벤처기업집적시설은 그 지정받은 날부터 1년 이내에 제1호의 4 이상의 벤처기업 등 대통령령이 정하는 기업이 입주하도록 할 것과 제2호의 연면적의 100분의 70 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것, 그리고 제3호의 제2호에 해당하지 아니하는 지정면적은 제2조제3항 및 제4항의 규정에 의한 지원시설 등 대통령령이 정하는 시설이 사용하게 할 것이라는 요건을 갖추어야 한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제11조의4 제1항에서 법 제18조제1항 전단에서 "대통령령이 정하는 연면적"이라 함은 건축물의 연면적이 1천200제곱미터 이상인 경우를 말한다고 하면서 다만, 건축물의 일부를 지정받고자 하는 경우에는 각층 연면적의 100분의 50 이상을 지정대상에 포함하여야 한다고 하고 있고, 그 제2항에서 법 제18조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 기업"이라 함은 제1호의 법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업 및 제2호의 조세특례제한법시행령 제6조제4항의 규정에 의하여 지식기반산업을 영위하는 중소기업에 해당하는 기업을 말한다고 하고 있으며, 그 제3항에서 법 제18조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 기업"이라 함은 제2항 각호에 해당하는 기업을 말한다고 하고 있고, 그 제4항에서 법 제18조제2항제3호에서 "대통령령이 정하는 시설"이라 함은 제1호의 제2조의 규정에 의한 지원시설과 제2호의 공용회의실·공동이용장비실 및 전시장 등 제2항의 규정에 의한 기업의 업무활동과 관련있는 시설, 그리고 제3호의 휴게실·구내식당 및 체력단련실 등 제2항의 규정에 의한 기업의 종업원을 위한 후생복지시설을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1990.8.1. 청구인은 전파법 제66조에 따라 비영리 특별법인으로서 설립되었고, 2000.6.23. 이 사건 건축물과 그 부속토지를○○개발(주)와 분양계약을 체결하였으며, 2000.7.4. 이 사건 건축물을 신축중인 상태에서 그 일부 30,516.95㎡(3,4층 제외)를 서울특별시장으로부터 벤처기업집적시설로 지정(세부내역 붙임 참조)받았고, 2001.5.25. 이 사건 건축물의 일부 28,245.19㎡(13·14·17층 전부 및 18층 일부 970.21㎡ 제외)를 정보통신부장관으로부터 소프트웨어진흥시설로 지정(세부내역 붙임 참조)받은 다음 2001.6.30. 이 사건 건축물과 그 부속토지를 취득하였으며, 2001.7.30. 이 사건 건축물중 3,4층에 해당하는 면적과 그 부속토지에 대하여 취득세 및 등록세 등을 신고납부하였고, 그런데 이 부분에 대하여 서울시를 피고로 자진신고납부행위의 당연무효 및 부당이득반환청구의 소(2004가합97000)를 제기하였으나 소프트웨어진흥시설도 벤처기업집적시설이라고 보고 있으나, 자진신고행위는 당연무효가 아니므로 기각한다고 하여서 현재 항소심에 계류되어 있으며, 2002.6.17. 처분청에서 지정취소로 벤처기업집적시설이 22,651.25㎡로 축소지정(세부내역 붙임 참조)되었는데, 이 당시 벤처기업확인서가 있는 업체 22개소, 소프트웨어사업자신고확인서가 있는 업체 25개소, 양 확인서를 모두 가지고 있는 업체 19개소, 그리고 지원 및 관련시설 5개소, 총 31개 업체가 입주하고 있었고, 추징부분에 입주하고 있는 업체의 대부분도 변경지정 전후가 동일한 업체로 보여 지고 있으며, 그 후 2002.7.6. 이 사건 건축물 전체면적 35,049.92㎡에 대하여 관할관청으로부터 소프트웨어진흥시설로 변경지정(세부내역 붙임 제1호 참조)되었고, 2005.3.15. 벤처기업집적시설의 지정취소된 이 사건 쟁점건축물(7,865.70㎡) 및 그 부속토지에 대하여 취득세 및 등록세, 재산세 및 종합토지세관련 세액을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 행정자치부 유권해석과 소프트웨어진흥시설도 벤처기업집적시설이라는 정보통신부 및 건설교통부의 유권해석, 그리고 소프트웨어산업진흥법 제5조제4항의 입법취지 등에 비추어 이 사건 쟁점건축물에 대하여 벤처기업집적시설의 지정이 취소되었지만 소프트웨어진흥시설의 지정이 취소되지 아니한 이상 처분청의 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제276조제3항에서 벤처기업육성에관한특별조치법(이하 “벤처기업법”이라 한다.)에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감하지만, 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세·종합토지세를 추징한다고 하고 있고, 소프트웨어진흥법 제5조제4항에서 제1항의 규정에 의하여 지정된 소프트웨어진흥시설은 벤처기업법 제18조의 규정에 의한 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 본다고 하고 있으며, 같은 법 제18조제1항에서 정부는 소프트웨어산업의 진흥을 위하여 세제·금융 기타 행정상의 필요한 조치를 강구하여야 한다고 하고 있고, 그 제2항에서 국가 또는 지방자치단체는 소프트웨어산업의 진흥을 위하여 조세특례제한법·지방세법 기타 관련 법률이 정하는 바에 의하여 소득세·법인세·취득세·재산세 및 등록세 등을 감면할 수 있다고 하고 있으며, 벤처기업법 제14조제1항에서 국가 또는 지방자치단체는 벤처기업을 육성하기 위하여 조세특례제한법·지방세법 기타 관계 법률이 정하는 바에 의하여 소득세·법인세·취득세·재산세 및 등록세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있는 바, 소프트웨어진흥시설을 벤처기업집적시설로 지정된 것으로 본다고 하는 소프트웨어진흥법 제5조제4항의 간주규정이 지방세법 제276조제3항에서 취득세 등을 감면받을 수 있는 지를 살펴보면, 법에서 정의한 소프트웨어진흥시설이 벤처기업집적시설의 범주에 포함되는지가 관련 규정상이나 개념적으로 분명하지 않지만벤처기업법과 소프트웨어산업진흥법은 모두 궁극적으로 국가산업의 진흥 및 발전을 위한 국가적 지원에 그 주안점을 두고 제정된 법으로서 그 제정목적이나 각 시설의 지정요건 및 승인절차 등 제반사항들의 법적체계가 유사할 뿐더러, 특히 시기상 차이가 있지만 세제혜택과 관련된 사항들이 동일하게 하여 규정되어 있는 점, 조세특례제한법 제3조에서 양 법은 그 조세특례를 규정할 수 있는 법령에 포함되어 있지 않으나 각자의 법령에서 조세혜택을 받을 수 있는 조항을 신설하여 규정하고 있는 사실, 단지 입법기술상 간주규정으로 한 것뿐이지 실제적으로 지방세법령에서 벤처집적시설에 대한 감면규정이 벤처기업법상 세제혜택규정을 신설한 다음 이루어 진 것과 동일한 과정을 밟고 있는 상황, 이러한 간주규정을 통하여 소프트웨어진흥시설에 대하여 지방세면제조항이 적용되도록 한 것이 적절하지 않다고 볼 수 있더라도 이는 입법자의 입법기술에 해당한다고 보여 지고, 위와 같이 해석하는 것을 가리켜 합리적 이유없는 유추해석 내지 확장해석으로 보기는 어렵다할 것이라는 법원의 견해(서울중앙법원판결, 2005.3.25. 2004가합9700),그리고소프트웨어진흥시설과 벤처기업집적시설로 중첩 지정된 경우로서 이중 벤처기업집적시설로 지정 취소된 부분이 소프트웨어진흥시설의 지정이 취소되지 아니한 경우는 추징대상이 되지 않는다는 행정자치부 유권해석(세정 제13407-481호, 2002.5.23.)과 관련 법령에 따라 소프트웨어진흥시설은 벤처기업집적시설이라는 정보통신부 유권해석(진흥 제93121-167호, 2001.7.28.) 및 관련 법령에서 소프트웨어진흥시설은 벤처기업집적시설이라고 하므로 과밀부담금 납부대상인 수도권정비계획법시행령 제3조제4호의 업무용 건축물 등에서 제외한다는 건설교통부의 유권해석(수도권 제58207-250호, 2001.8.16.)등 관련 규정의 제정, 신설 및 그 개정 경위, 법규정의 내용 및 형식, 입법목적, 그리고 유권해석 등에 비추어 볼 때, 소프트웨어진흥시설의 사업시행자가 위 진흥시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 부동산의 경우에도소프트웨어진흥법 제5조제4항의 간주규정을 통하여 지방세법 제276조제3항에 따라 그 취득세 등이 면제된다고 보는 것이 합리적이라고 하겠고, 이렇게 소프트웨어진흥시설이 벤처기업집적시설로서 감면대상이 되는 이상 감면신청에 관한 규정은 납세의무자에게 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하다고 하는 대법원판례(2003.5.16. 선고 2001두3006 판결)에 비추어 벤처기업집적시설로만 감면신청을 하였다하여 달리 볼 것이 아니라 할 것이며, 청구인의 경우 2000.7월 이 사건 건축물 중 3·4층을 제외한 면적(30,516.95㎡)에 대하여 벤처기업집적시설로 지정받고 이어서 2001.5월 그 건축물중 13·14·17층 전체 및 18층 일부를 제외한 면적(28,245.19㎡)에 대하여 소프트웨어진흥시설로 지정받은 다음 2001.6월 이 사건 건축물과 그 부속토지를 취득하였으나, 그 후 2002.6월 벤처기업집적시설의 일부가 지정요건에 맞지 않아서 그 일부면적을 지정취소되자 2002.7월 그 건축물 전체면적에 대하여 소프트웨어진흥시설로 지정받았으며, 이러한 과정에서 감면 신청할 당시 3·4·13·14·17층 전체 및 18층 일부를 제외한 면적(23,712.22㎡)은 양 시설이 중첩되게 지정받은 후 이 사건 쟁점건축물(1·9·18층 일부 및 5·6·17층 전체면적 총 7,865.70㎡)이 지정 취소되어 추징요건에 해당된 당시에도 1·9층 일부 및 5·6층 전체면적(4,950.65㎡)은 중첩되게 지정되어 있었으므로 지방세법 제276조제3항 및 소프트웨어진흥법 제5조제4항에 따라 벤처기업집적시설이므로 감면대상인데도 처분청에서 그 부분에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠으나, 쟁점건축물 중 17층 전체 및 18층 일부면적(2,915.05㎡)은 감면 신청할 당시 벤처기업집적시설로 지정받았지만 소프트웨어진흥시설로는 지정받지 아니하였으므로 그 부분에 대하여는 어느모로 보더라도 추징요건에 해당한다 하겠으므로 이부분에 대한 취득세 등 부과 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 7. 25. 행 정 자 치 부 장 관 [붙임] 벤처집적 및 소프트웨어시설 지정면적 변경현황 (단위:㎡) 층별 분양면적 벤처시설 최초지정 (2000.7.14.) 소프트시설 최초지정 (2001.5.25.) 벤처시설 1차변경 (2002.6.17.) 소프트웨어1차변경 (2002.7.6.) 벤처시설 2차변경 (2003.8.29.) 추징면적 계 35,049.92 30,516.95 (4,532.97 제외) 28,245.19 (6,804.79 제외) 22,651.25 (12,398.67 제외) 35,049.92 22,651.25 (12,398.67 제외) 7,865.70 1층 1,743.00 1,743.00 1,743.00 937.12 1,743.00 937.12 805.88 2 1,722.96 1,722.96 1,722.96 1,722.96 1,722.96 1,722.96 3 2,347.74 제외 2,347.74 제외 2,347.74 제외 4 2,185.23 제외 2,185.23 제외 2,185.23 제외 5 1,872.94 1,872.94 1,872.94 제외 1,872.94 제외 1,872.94 6 1,944.84 1,944.84 1,944.84 제외 1,944.84 제외 1,944.84 7 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 8 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 9 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,617.85 1,944.84 1,617.85 326.99 10 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 11 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 12 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 13 1,944.84 1,944.84 제외 1,944.84 1,944.84 1,944.84 14 1,944.84 1,944.84 제외 1,944.84 1,944.84 1,944.84 15 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 16 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 1,944.84 17 1,944.84 1,944.84 제외 제외 1,944.84 제외 1,944.84 18 1,839.97 1,839.97 869.76 869.76 1,839.97 869.76 970.21