산업단지 내의 공장용지에 대한 종합토지세 등을 추징하면서 나대지라는 사유로 종합합산 과세대상으로 보아 종합토지세 등을 부과 고지한 처분의 적법여부(기각)

[주 문] 처분청이 2004.10.4. 청구인에게 부과 고지한 종합토지세 246,647,921원, 도시계획세 12,781,183원, 지방교육세 49,329,584원 농어촌특별세 36,861,099원 합계 345,619,787원의 100분의 50에 해당하는 과세표준으로 산출한 추징세액을 감액한 세액으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ○○첨단과학산업단지 내에 위치하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 153,406㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 2002.4.1. 취득한 후 2004년도 종합토지세 과세기준일인 2004.6.1. 현재 나대지 상태로 방치하고 있으므로 이 사건 토지를 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제234조의15제2항에서 규정하고있는 종합합산과세대상토지로 보아 2004년도 정기분 종합토지세 246,647,921원, 도시계획세 12,781,183원, 지방교육세 49,329,584원, 농어촌특별세 36,861,099원, 합계 345,619,787원을 2004.10.4. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지를 (구)○○전자(주)가 2000.5.31. 취득하였으나 2002.4.1. (구)○○전자(주)가 청구인과 (주)○○EI로 순수비례적인적분할 됨에 따라 이 사건 토지를 취득하였지만, ○○시 ○○구세감면조례 제24조에서 ○○첨단과학산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 최초로 취득한 토지와 최초로 취득한 공장용 건축물 등에 대하여는 납세의무가 성립되는 날부터 5년간 재산세와 종합토지세를 면제하도록 규정하면서 공장용 건축물을 신축하지 아니하는 경우에는 추징한다는 규정이 없을 뿐만 아니라, 구 지방세법 제276조제1항에서도 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득한 부동산에 대하여는 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 5년간 100분의 50을 경감한다라고만 규정하면서 공장용 건축물을 신축하지 아니할 경우에는 추징한다는 규정을 이 또한 두고 있지 아니하므로 2004.10.27. 추징규정이 없음에도 종합토지세 등을 부과 고지한 것은 조세법률주의에 위배된다고 결정한 행정자치부 심사결정(2004-311호)에 따라 이 사건 종합토지세 등은 과세 면제되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 산업단지 내의 공장용지에 대한 종합토지세 등을 추징하면서 나대지라는 사유로 종합합산 과세대상으로 보아 종합토지세 등을 부과 고지한 처분이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구○○시○○구세감면조례 제24조에서 산업입지 및 개발에 관한 법률과 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의하여 지정된 ○○첨단과학산업단지 안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 토지에 대하여는 최초로 납세의무가 성립하는 날부터 5년간 재산세와 종합토지세를 면제하고, 그 후 3년간 재산세와 종합토지세의 100분의 50(종합토지세는 과세표준액의 100분의 50)을 경감한다라고 규정하고 있고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대하여 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 이 사건 토지를 (구)○○전자(주)가 2000.5.31. 취득하였으나 2002.4.1. (구)○○전자(주)가 청구인과 (주)○○EI로 순수비례적인적분할 됨에 따라 이 사건 토지를 취득한 후 2004년도 종합토지세 과세기준일인 2004.6.1. 현재 나대지 상태로 방치하고 있으므로 이 사건 토지를 종합합산 과세대상 토지로 보아 2004.10.4. 이 사건 종합토지세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 구○○시○○구세감면조례 제24조에서 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신·증축 하기위하여 취득한 부동산은 5년간 종합토지세를 과세 면제한다라고 규정하고 있고 구 지방세법 제276조제1항에서는 5년간 종합토지세를 100분의 50을 경감하도록 규정하면서 모두 추징규정이 없음에도 처분청에서 이 사건 종합토지세 등을 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면 구 ○○광역시○○구세감면조례 제24조에서 ○○첨단과학산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자가 최초로 취득하는 토지에 대하여는 최초로 납세의무가 성립하는 날부터 5년간 종합토지세를 면제한다라고 규정하고 있으므로 청구인의 경우 (구)○○전자(주)가 ○○첨단과학산업단지 조성자인 청구외 ○○공사로부터 2000.5.31. 최초로 취득한 것을 2002.4.1. (구)○○전자(주)가 인적분할 됨에 따라 같은날 청구인이 (구)○○전자(주)로부터 승계 취득한 토지이기 때문에 구 ○○광역시○○구세감면조례 제24조 적용대상에서 제외되므로 이는 청구인의 주장을 받아들일 수 없지만, 구 지방세법 제276조제1항에서 산업단지 안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득한 토지에 대하여 종합토지세는 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 5년간 100분의 50을 경감한다라고만 규정하고 감면요건이 성립되어 감면한 이후에는 감면목적대로 사용하지 아니하는 경우에 이를 추징할 수 있는 규정을 두고 있지 아니하므로 청구인의 경우는 (구)○○전자(주)로부터 승계 취득한 후 이 사건 심사청구일인 2005.5.3.까지 공장용 건축물을 신축하기 위한 아무런 조치를 아니하고 있는 것은 사실이지만, 이 사건 토지가 산업단지내의 토지로서 공장용으로만 사용할 수 있도록 그 사용용도가 특정되어 있는 토지이고, 처분청에서 이 사건 토지를 공장을 신축할 목적으로 취득한 토지라고 보아 종합토지세를 감면한 사실을 미루어보면, 이 사건 토지는 공장 신축을 목적으로 취득한 토지에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이러한 토지에 대하여 법률적인 근거 없이 공장용으로 사용하고 있지 않는다는 사유로 감면한 종합토지세 등을 추징한 처분은 조세법률주의 원칙에 위배된다 하겠으므로, 이 부분에 대한 청구인이 주장은 상당한 이유가 있다 하겠으나 이 사건 토지는 나대지 상태의 토지로서 지방세법시행령 제194조의15제1항제1호에서 규정하고 있는 공장용지에는 해당되지 않는다 하겠으므로, 이 사건 토지는 종합합산과세대상에 해당되고 다만 구 지방세법 제276조제1항이 규정에 의하여 100분의 50을 경감한 종합토지세를 부과 고지하는 것이 타당하다고 하겠다.(행심 2004-311, 2004.10.27.) 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관