시·군 사업장별 법인세할 주민세의 안분계산이 적정여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004.11.17. 청구인에게 부과 고지한 주민세(법인세할) 33,913,040원(가산세 포함)을 주민세(법인세할) 26,363,460원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003년도 귀속분 법인세할 주민세를 각 사업장 소재지 시·군별로 안분 계산하여 신고납부하였어야 함에도, 본점 소재지인 ○○시 ○○구청에 2003년도 귀속분 법인세 총액 826,908,620원을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조제2항의 세율을 적용하여 산출한 법인세할 주민세82,690,860원 전액을 2004.4.30. 신고납부한 사실을 확인하고, 세무조사 당시 제출한 청구인의 총 종업원 수와 총 건축물 연면적에서 ○○광역시 소재 종업원 수와 건축물 연면적으로 안분계산한 비율(35.37%)에 따른 법인세할 주민세 33,913,040원(가산세 포함)을 2004.11.17. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2004.9월 ○○시 세무조사 당시 총 건축물 연면적은 4,713.42㎡(○○시 ○○구 모델하우스 825.0㎡, ○○시 ○○구 모델하우스 3,334.90㎡, ○○시 본사 사무실 553.52㎡)로, 종업원 수는 91명(○○시 ○○구 모델하우스 1명, 본사 90명)으로 제출한 다음 ○○시 소재 사업장별 종업원 수와 건축물 연면적에 따라 안분된 법인세할 주민세를 고지 받았으나, 이는 2003사업연도 종료일 현재 청구인이 사업장으로 직접 사용하고 있는 총 건축물 연면적과 종업원 수가 잘못 산출된 것으로, 2003사업연도 종료일 현재 종업원 수는 변동이 없으나, 사업장으로 사용하고 있는 총 건축물 연면적은 9,238.75㎡이고, 이 중 ○○시 소재 건축물 연면적은 3,939.92㎡(○○시 소재 사업장에 근무하고 있는 종업원은 없음)이므로, 이 사건 법인세할 주민세는 경정되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 시·군 사업장별 법인세할 주민세의 안분계산이 적정한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 살펴보면, 구 지방세법 제175조제3항에서 소득할은 소득세·법인세 또는 농업소득세의 각 납세지를 관할하는 시·군에서 수시부과하되, 다만 법인세할에 있어서 법인의 사업장이 2 이상의 시(특별시·광역시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군에 소재할 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 소재지를 관할하는 시·군에서 각각 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제177조의2제1항에서 법인세할의 납세의무자는 제178조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업장 소재지 시·군별로 안분계산하여 당해 사업연도 종료일부터 4월(법인세법 또는 국세기본법에 의하여 세액이 결정 또는 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1월) 내에 관할시장·군수에게 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 구지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제130조의5제1항에서 법 제175조제3항 단서의 규정에 의하여 법인의 사업장이 2 이상의 시·군에 소재할 경우 각 시·군에 납부할 법인세할의 계산은 다음의 계산방법[사업장 소재지 시·군 납부세액=법인세 총액×(당해 시·군 내 종업원 수/법인의 총 종업원 수+당해 시·군내 건축물 연면적/법인의 총 건축물 연면적)÷2×당해 시·군의 세율]에 의한다고 하면서, 이 경우 특별시·광역시 내에서 2 이상의 구에 사업장이 있는 경우에는 본점 또는 주사무소(본점 또는 주사무소가 없는 경우에는 행정자치부령이 정하는 주된 사업장) 소재지의 구에 일괄납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항의 종업원 수는 당해 법인의 사업연도 종료일 현재의 종업원(법 제243조제6호의 규정에 의한 종업원을 말한다)의 수로 하고, 제1항의 건축물 연면적은 당해 법인의 사업연도 종료일 현재 사업장으로 직접 사용하는 건축물 연면적(구조적 특성상 그 연면적을 정하기 곤란한 기계장치 또는 시설물 등에 대하여는 그 수평투영면적을 말한다)으로 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 처분청은 청구인이 2003년도 귀속분 법인세할 주민세를 각 사업장 소재지 시·군별로 안분 계산하여 신고납부하였어야 함에도, 본점 소재지인 ○○시 ○○구청에 2003년도 귀속분 법인세 총액을 과세표준으로 하여 산출한 법인세할 주민세 전액을 2004.4.30. 신고납부한 사실을 확인하고, 세무조사 당시 제출한 청구인의 총 종업원 수와 총 건축물 연면적에서 ○○시 소재 종업원 수와 건축물 연면적으로 안분계산한 비율(35.37%)에 따른 법인세할 주민세를 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 2003년도 귀속분 법인세할 주민세를 사업장 소재지 시군별로 안분하여 신고납부하지 아니하고 본점 소재지 관할 구청에 일괄 신고납부 하였으므로 이를 안분 계산하여 당해 시군별로 적법한 세액을 다시 납부 하여야 할 것이나 ○○시 공무원의 세무조사 당시 제출한 자료가 잘못된 자료이므로 실제 2003사업연도 종료일 현재 사업장으로 사용하는 총 건축물 연면적이 9,238.75㎡라고 주장하면서 이 사건 법인세할 주민세의 경정을 요구하고 있으므로 이에 관하여 보면, 청구인이 주장하는 사업장 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지상의 사업장(건축물 연면적 132.23㎡), ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 1필지상의 사업장(건축물 연면적 589.58㎡), ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 14필지상의 사업장(건축물 연면적 1,592.40㎡), ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지상의 사업장(10층·11층 건축물 연면적 553.52㎡), ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지상의 사업장(건축물 연면적 225.876㎡), ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지상의 사업장(직접 사용한 부분의 건축물 연면적 3,507.72㎡)은 청구인이 사업장으로 직접 사용하였음이 가설건축물 축조신고필증, ○○시 ○○구청장에게 제출한 각서, 부동산 임대차계약서, 임차료지급명세서, 부동산등기부등본, 공과금 납부영수증 등에서 확인되고 있는 반면 나머지 부분은 이를 입증할 수 있는 자료를 제출하지 못하고 있으므로, 청구인이 2003사업연도 종료일 현재 사업장으로 직접 사용한 총 건축물 연면적은 6,601.326㎡이고, ○○시 소재 건축물 연면적은 3,507.72㎡(○○시 소재 사업장에는 종업원 없음)라 할 것으로, 총 건축물 연면적을 4,713.42㎡로 하고 처분청 소재 건축물 연면적을3,334.90㎡로 하여 안분계산한 이 사건 법인세할 주민세는 잘못이라 하겠다. ※ 처분청에 납부할 세액: 26,363,460원(가산세 포함) =법인세 총액 826,908,620원×(0명/91명+3,507.72㎡/6,601.326㎡) ÷2×0.1(세율)×1.2(가산세) 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관