주식등변동상황명세서상 주식양수·도일을 기준으로 과점주주 여부를 판단하여 취득세 등을 부과한 처분의 적법여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인과 그 특수관계에 있는 청구외 최○○, 최○○, 최○○ 등 3인이 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 ○○산업 주식회사(이하 “이 사건 법인”이라 한다)의 주식 10,000주(100%)를 2001.4.10. 취득하여 과점주주가 되었음에도 취득세 등을 신고납부하지 아니하였으므로, 2001.4.10. 현재 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액(600,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,400,000원, 농어촌특별세 1,302,000원, 합계 15,720,000원(가산세 포함)을 2005.4.4. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.2.22. 이 사건 법인의 전 대표이사인 청구외 김계심과 이 사건 법인의 총 발행주식 10,000주를 100,000,000원에 양수하되, 그중 50,000,000원은 계약일에 지급하고, 나머지 50,000,000원은 계약일부터1개월 이내에 지급하기로 하는 사업양도양수계약을 체결한 후 2001.3.21.에 잔금 중 40,000,000원을 지급하고 대표이사 및 주주 등을 변경한 다음 2001.3.28.에 나머지 10,000,000원을 지급하였고, 그 후 2001.5월초 세무사에게 장부기장을 의뢰하였으나, 이 사건 법인의 주식 취득일이 2001.3.21.로2001.4.10.까지는 증권거래세를 신고납부하였어야 함에도 이를 이행하지 아니하여 가산세를 납부하여야 한다고 하여 부득이 주식 변동일을 2001.4.10.로 신고하였는 바, 주식매매대금의 90%를 2001.3.21.까지 지급하고 2001.3.23. 금융기관과 부동산 취득과 관련한 대출금 융자에 대하여 사전협의한 다음 2001.3.30. 부동산(공장용지 5,593.8㎡ 및 공장용 건축물 4,000.04㎡)을 취득한 사실 등으로 볼 때, 청구인과 그 특수관계에 있는 청구외 최태호 등 3인은 2001.3.21. 사실상 이 사건 법인의 주식을 취득하여 과점주주가 되었다 하겠고, 사실상 과점주주 성립 당시에는 취득세 과세대상 물건이 존재하지 아니하여 과점주주에 따른 취득세 납세의무가 없다 할 것임에도 처분청이 관할 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서를 근거로 2001.4.10.을 주식 취득일로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 세무서에 제출한주식등변동상황명세서상 주식양수·도일을 기준으로 과점주주 여부를 판단하여 취득세 등을 부과한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제105조제6항 본문에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제78조제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 법인세법 제119조제1항에서 사업연도중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제161조제5항제1호 내지 제3호에서 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호, 주주등별 주식 등의 보유현황, 사업연도중의 주식 등의 변동사항을 기재하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제6항에서 제5항제3호에서 주식 등의 변동은 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등에 의하여 주주 등·지분비율·보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인과 그 특수관계에 있는 청구외 최태호 등 3인이 이 사건 법인의 주식 10,000주(100%)를 2001.4.10. 취득함으로써 과점주주가 되었음에도 취득세 등을 신고납부하지 아니함에 따라 과점주주가 된 날인 2001.4.10. 이 사건 법인의 장부상 가액 중 주식소유비율에 해당하는 금액에 대한 취득세 등을 부과한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 2001.3.21.까지 주식매매대금의 90%를 지급하였으므로 이때 사실상 과점주주가 되었다 하겠고, 이때에는 취득세 과세대상 물건이 존재하지 아니하였으므로 과점주주에 따른 취득세 납세의무가 없다 할 것임에도 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 기명주식의 이전은 당사자의 의사표시와 주권의 교부에 의하여 회사와는 관계없이 행하여지는 것이고, 이에 의하여 양수인은 주식에 대한 소유권을 취득하게 됨으로써 제3자에 대하여 명의개서의 유무에 불구하고 주주임을 주장할 수도 있다 할 것이나, 주주와 회사와의 관계에 있어서는 주주명부에 명의개서하기 이전에는 회사에 대하여 주주임을 주장할 수 없을 뿐만 아니라 주권을 행사할 수 없다는 점 등으로 미루어 보면, 주식 취득일을 주식대금을 완불하였는지의 여부에 관계없이 주주명부에 명의개서한 날로 봄이 타당하다(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2003-28호, 2003.2.24 ; 제99-23호, 1999.1.27) 할 것으로, 청구인의 경우 청구인과 그 특수관계에 있는 청구외 최○○ 등 3인이 이 사건 법인의 주식을 2001.4.10. 청구외 김○○ 등 3인으로부터 취득한 사실이 청구인이 대표이사로 있는 이 사건 법인의 관할세무서인 목포세무서장에게 제출한 2001년도 주식등변동상황명세서에서 확인되고 있고, 법인세법 제119조제1항 및 같은법시행령 제161조제5항의 규정에 의하여 관할 세무서장에게 제출하는 주식등변동상황명세서는 주주명부에 개서된 사항을 기준으로 작성된다는 점에 비추어 볼 때, 청구인과 그 특수관계에 있는 청구외 최○○ 등 3인은 주식등변동상황명세서상 주식양수·도일인 2001.4.10.에 이 사건 법인의 과점주주가 되었다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관