법인장부상 건설용지계정에 기장되어 있는 가액을 토지에 대한 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 처분의 적법여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2005.3.10. 부과 고지한 취득세 39,541,960원, 농어촌특별세 3,624,670원, 등록세 59,312,950원, 지방교육세 10,874,030원, 합계 113,353,610원(가산세 포함)을취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 13,309㎥(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 2003.10.31. 취득하고 취득세 등을 신고납부 하였으나, 그 후 처분청에서 청구인에 대한 세무조사 결과 이 사건 토지의 취득과표 중에서 일부 누락한 사실을 확인하고, 이 사건 토지의 취득가액 13,447,582,000원에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 39,541,960원, 농어촌특별세 3,624,670원, 등록세 59,312,950원, 지방교육세 10,874,030원, 합계 113,353,610원(가산세 포함)을 2005.3.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 사업시행권 양도대가를 법인장부의 건설용지계정에 기장한 것은 회사 경리담당자가 실수로 잘못 기장한 사항이며, 이를 미완성건물로 계정을 재분류하여 2005.3.31.에 법인세 수정신고를 하였고, 경리담당자의 착오로 인한 단순한 계정분류의 실수가 확인되는 경우에는 예외로 하여야 하는 것이 실질과세주의에 부합하는 것이라 판단되며, 사업양도대가는 (주)○○의 소유토지 확보에 대한 권리뿐 아니라 시공사와의 사업관련 약정에 대한 대가 등 사업전반에 대한 시행권 대가이기 때문에, 이를 토지 취득과 관련한 직접적인 부대비용으로 보는 것은 지방세법 제111조 및 제130조제3항, 동법시행령 제82조의2제1항 및 제82조의3제1항의 규정을확대해석한 것이라고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인장부상 건설용지계정에 기장되어 있는 가액을 토지에 대한 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 등을 부과한 처분이 정당한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제111조 및 제130조제3항, 동법시행령 제82조의2제1항 및 제82조의3제1항에서 취득세와 등록세의 과세표준은 취득·등기 당시의 취득·등기자가 신고한 가액으로 하되, 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고, 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 포함한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 2003.6.20. 청구외 (주)○○과 아파트를 신축하기 위한 사업양도 계약을 체결함과 동시에 같은 날 이 사건 토지는 소유자인 청구외 박○○과 매매계약(2003.12.30. 잔금지급)을 체결하였고, 과세표준액을 11,800,000,000원으로 하여 산출한 취득세 등을 2003.10.31. 처분청에 신고납부 하였으나 처분청에서는 2004.12.7. 청구인에 대한 세무조사 결과 청구인이 청구외 (주)○○으로부터아파트 신축사업을 양수하면서 사업수지상의 세전수익금의 20%인 1,647,582,000원을 지급하는 내용의 사업양도계약을2003.6.20.체결하고 토지잔금을 지급하기 전인 2003.6.20,2003.9.8.에 각각 지급한 사실을 대차대조표, 건설용지계정 등의 법인장부에서 확인하고, 이는 성격상 단순한 사업양수 비용이 아니라 이 사건 토지의 취득을 위하여 소요된 토지취득비용으로 보아 취득세 등을 추징한 사실을 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은사업시행권 양도대가를 법인장부의 건설용지계정에 기장한 것은 회사 경리담당자가 실수로 잘못 기장하였다가 나중에 미완성건물로 계정을 재분류하여 2005.3.31.에 법인세 수정신고를 하였고, 사업양도대가는 시공사와의 사업관련 약정에 대한 사업전반에 대한 시행권의 대가이기 때문에 토지취득 부대비용으로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 법인의 경우 법인장부 등에 의하여 취득가액이 입증되는 경우 그 장부상 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 과세하는 것은 법인이 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다는 이유라 할 것이고, 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말하는 것이므로, 이 사건의 경우 당초2003.4.18. 청구외 (주)○○이 청구외 ○○공영(주)와 ○○시 ○○동 아파트 사업약정체결시 이 사건 토지에 대한 매매계약금중 일부를 (주)○○에게 대여한 사실, 2003.6.20. 청구인이 청구외 (주)○○과 사업양도계약 체결시 이 사건 토지의 매수인의 권리 및 청구외 ○○공영(주)와의 사업약정서상의 권리의무를 아무런 변동없이 승계함과 동시에 같은 날 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결한 후 2003.12.18. 청구인의 명의로 사업승인을 받은 사실과 청구외 박○○과의이 사건 토지의 2003.6.20. 매매계약에 있어 매수대금이 11,800,000,000원으로 되어 있고,○○동○○ ○○ 주상복합신축사업 사업수지표에도 토지매입비용이 11,800,000,000원으로 표시되어 있으므로, 사업시행권의 양도대가는 매출액 58,637,800,000원에서 매출원가 50,399,910,000원을 공제한 사업수익 8,237,910,000원의 20%인 1,647,582,200원을 건설용지계정에 기장한 것으로 보아 앞으로 지상 건축물에 대한 공사가 완료되어 건물신축에 따른 일체의 비용에 해당되어 건물에 대한 취득세 과세표준에는 포함할지의 여부를 판단하는 것은 별론으로 하고, 청구인이 사업시행권 대가를 건설용지계정에 계상하였다는 이유만으로 토지의 취득가격에 포함되는 것으로 판단한 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관