창업벤처중소기업이 부동산 취득 후 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 취득세 등을 부과한 처분의 적법여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이○○도○○시○○동 산○○외 9필지 13,064.68㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 2002.8.16.과 2002.9.18. 취득한데 대하여 구 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업벤처중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로, 그 취득가액1,780,500,000원을 과세표준으로 해당 세율을 적용 산출한 취득세 42,732,000원, 농어촌특별세 3,917,100원, 등록세 64,098,000원, 지방교육세 11,751,300원, 합계 122,498,400원(가산세 포함)을 2005.2.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 보관 및 창고업을 목적사업으로 하여 2002.6.25. 설립된 창업중소기업으로서,○○지방중소기업청장으로부터 벤처기업확인서를2002.8.13. 교부받은 다음 이 사건 토지를 2002.8.16.과 2002.9.18.에 취득한 후 사업시행을 위하여 창고건축을 계획하고 있던 중 2002.11.8. 처분청이 이 사건 토지가 운동장편입부지로 계획되어 있음을 통보한 것으로 보면, 처분청에서는 취득 당시부터 이 사건 토지가 운동장편입부지로 계획되어 있음에도 아무런 안내를 하지 아니하여 이 사건 토지를 취득하게 되었고, 그 후 창고신축이 불가하다고 통보함에 따라 이 사건 토지를 창고신축 부지로 사용하지 못하고 있는 것은 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항 단서에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다 하겠으므로, 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업벤처중소기업이 부동산 취득 후 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 취득세 등을 부과한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항 본문 및 제1호에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하되, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제111조제5항 및 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.6.25. 보관 및 창고업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 2002.8.13.○○지방중소기업청으로부터 벤처기업확인서를 교부받은 다음 2002.8.16.과 2002.9.18. 두 차례에 걸쳐 이 사건 토지를 취득하였고, 그 후 2004.1.12. 처분청에 이 사건 토지상에 창고신축이 가능한 지 여부를 질의하였다가 2004.1.26. 처분청으로부터○○도○○시○○동○○번지외 9필지는 도시기본계획 및 관리계획상 운동장시설로 되어 있으며, 또한 1985.5.15. 건설부 고시 제222호에 의해 단독시설(청소년수련시설지구)로 결정고시 되어 있는 바, 청소년수련지구에 편입되어 있는 토지에 대하여는 체육시설용지활용계획에 의거 사업을 추진 중에 있으므로 건축허가가 불가능하다는 회신을 받은 사실과 처분청은 2004.7.12. 청구인이 제출한 건축신고신청서를○○도○○시○○동 972-25번지 외 6필지상 건축신고신청건은 본 지역은 자연환경보전지역내 청소년수련지구 및 금후 도시계획시설(체육시설)로 결정되어 일체의 개발행위가 제한되어 있으며,○○시 도시계획조례 제28조(별표21)의 규정에 의거 창고시설 건축이 불가하다는 사유로 반려한 사실 및 이 사건 토지는 1985.5.15. 건설부 고시 제222호에 의하여 단독시설(청소년 전용 운동공원)로 결정 고시된 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 취득 당시 처분청은 이 사건 토지가 운동장편입부지로 계획되어 있는 사실을 알 수 있었다 할 것임에도, 아무런 안내를 하지 아니하여 이 사건 토지를 취득하게 되었고, 그 후 창고신축이 불가하다고 통보함에 따라 이 사건 토지를 창고신축 부지로 사용하지 못하고 있는 것은 구 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항 단서에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 조세특례제한법 제119조제3항제1호 및 같은 법 제120조제3항에서 창업벤처중소기업이 벤처기업으로 확인받은 날부터 2년 이내에 취득·등기하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 그 단서에서 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 동 규정에서 말하는 “정당한 사유”에 해당하는지 여부는 법령에 의한 금지제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며, 토지를 취득할 당시 유예기간 내에 당해 사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 유예기간 내에 당해 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(같은 취지의 대법원 판례 2001두229, 2002.9.4)인바, 이 사건 토지는 1985.5.15. 건설부 고시 제222호에 의하여 단독시설(청소년 전용 운동공원)로 결정 고시되어 건축 등 개발행위가 제한된 지역으로서, 청구인이 이 사건 토지를 당해 사업에 사용하고자 하였다면 취득 이전에 그 사업에 직접 사용이 가능한 지 여부를 검토하였어야 함에도 이를 소홀히 하였고, 이러한 사정으로 인하여 유예기간 내에 이 사건 토지를 그 사업에 사용하지 못한 것은 청구인에게 귀책사유가 있다 하겠으므로, 이를 정당한 사유에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠고, 또한 구 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호에서 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 규정하고 있는 바, 청구인에게 장부가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 부과하는 행위와 축구장조성부지 편입에 따른 보상금을 감정평가에 의한 가액으로 지급하는 행위는 별개의 행정목적을 달성하기 위하여 개별법규에 근거한 행위 또는 처분이므로, 처분청이 지방세법령에 의하여 장부상 가액을 과세표준으로 하여 산출한 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관