[요지] 본점 사무실 귀속면적에 대하여는 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과하여야 하겠으며 그 이외에 일부를 임대한 부분 및 그 부속토지에 대하여 등록세를 중과세율로 부과한 처분이나 취득세를 감면하지 않고 일반세율로 부과한 처분은 타당함
[요지] 본점 사무실 귀속면적에 대하여는 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과하여야 하겠으며 그 이외에 일부를 임대한 부분 및 그 부속토지에 대하여 등록세를 중과세율로 부과한 처분이나 취득세를 감면하지 않고 일반세율로 부과한 처분은 타당함
[주 문] 처분청에서 2004.9.14. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 취득세 36,149,010원, 농어촌특별세 5,064,850원, 등록세 55,579,880원, 지방교육세 11,115,960원, 합계 107,909,700원을 취득세 21,251,030원, 농어촌특별세 3,928,400원, 등록세 36,983,910원, 지방교육세 7,396,790원, 합계 69,560,130원으로 경정한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 인쇄목적법인인 청구인이○○시○○구○○동 2가○○번지 토지 925.6㎡ 및 건축물 1,647㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)를 도시형공장을 신축할 목적으로 2004.1.16. 취득하고 감면신청을 하자○○시세감면조례 제26조의 규정에 의하여 취득세와 등록세의 50%를 감면하였고, 그 후, 위 지상 공장용 건축물을 철거하고 공장 및 근린생활시설용 건축물(총면적 1,938.89㎡중 근생면적 270.34㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다.)을 신축취득하자, 이 사건 건축물에 대하여 도시형공장으로 사용하고 있는 부분(1,500.97㎡)은 취득세 및 등록세 감면율 50%를, 본점사무실(167.58㎡)로 사용하는 부분은 취득세 3배 중과세율 6% 및 등록세 3배 중과세율 2.4%를, 임대용 건축물(270.34㎡)로 사용하는 부분은 취득세 일반세율 및 등록세 3배 중과세율 2.4%를 각각 적용하여 산출한 취득세 21,287,820원, 농어촌특별세 5,064,850원, 등록세 11,536,950원, 지방교육세 2,307,380원, 합계 40,197,000원을2004.9.13.에, 또한, 본점 및 임대용 사무실로 사용하는 부분(437.92㎡)에 대한 그 부속토지를 추징대상으로 보아 본점사무실 부분의 부속토지(79.97㎡)에 대한 취득세는 그 중과세율(6%)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 취득세액을 차감한 세액으로, 임대용 사무실 부분의 부속토지(129.03㎡)에 대한 취득세는 이미 감면한 취득세액으로, 본점 및 임대용 사무실 부분의 부속토지(209㎡)에 대한 등록세는 그 중과세율(9%)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 등록세액을 차감한 세액으로 계산하여 합계한 취득세 14,861,190원, 등록세 44,042,930원, 지방교육세 8,808,580원, 합계 67,712,700원을 2004.9.13.에 각각 신고하고 2004.9.14. 이를 납부하자 수납하였다(아래 과세내역 참조). 취득세 등 과세내역(단위: 원) 구 분 과 표 취득세 농특세 등록세 지방 교육세 비 고 당초분 2,600,000,000 26,000,000 7,800,000 7,800,000 39,000,000 7,800,000 50% 감면 토 지 본점용 224,720,330 11,236,010 16,854,030 3,370,800 취득세중과 5% 등록세중과 7.5% 임대용 362,518,760 3,625,180 27,188,900 5,437,780 취득세감면취소 1% 등록세중과 7.5% 건 물 도시형 공장 1,048,606,208 10,486,060 3,145,810 838,880 4,194,420 838,880 50%감면 본점용 117,074,577 7,024,470 702,440 2,809,780 561,950 취득세중과 6% 등록세중과 2.4% 임대용 188,864,669 3,777,290 377,720 4,532,750 906,550 취득세일반 2% 등록세중과 2.4%
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 건축물을 도시형공장을 영위하기 위하여 신축취득한 다음 그 일부에 본점을 전입하여 사무실로 사용하고 있는 데, 이는 대법원 판례 및 행정자치부 심사결정사례 등에 비추어 도시형 공장을 영위하기 위한 부대시설인 사무실에 해당하므로○○시세감면조례 제26조에 의하여 취득세 및 등록세를 50% 감면받아야 한다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 조례에 의하여 취·등록세 50% 감면대상인 도시형 공장내 일부를 본점사무실로 사용하는 경우, 그 부분에 대하여 등록세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제112조제3항에서 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 그 제4항에서 제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 한 다음 같은 법시행규칙 제47조제1항에서 법 제112조제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적이 500제곱미터이상인 것이라고 하면서, 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당·휴게실·목욕실·세탁장·의료실·옥외체육시설 및기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소·무기고·탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다고 하고 있으며, 같은 법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립 등에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 있고, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하면서, 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함한다고 하고 있으며, 서울특별시세감면조례 제26조 국토의계획및이용에관한법률시행령 제30조의 규정에 의한 준공업지역 내에서 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하지만, 그 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 공장이외의 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2000.6.29. 청구인은○○시○○구○○동○○번지를 본점사무소로 하여 인쇄업으로 법인설립등기(설립목적: 광고대행업, 인쇄 및 출판업 등)를 경료하였고, 2004.1.16. 준공업지역내 있는 이 사건 부동산을 26억원에 (주)○○하우징으로부터 취득하고 취득세 등 자진신고한 다음 이 사건 부동산중 건축물을 철거한 후 건축공사를 완료하자 2004.8.19. 관할관청으로부터 이 사건 건축물(연면적 1,938.89㎡)에 대하여 사용승인을 받았으며, 2004.8.28. 이 사건 건축물의 소재지로 본점을 이전하였고, 2004.9.13. 이 사건 건축물에 대하여○○시세 감면신청과 아울러 취득세 등을 자진신고하였으며, 2004.10.13. 관할관청으로부터 이 사건 건축물에 대하여 제조시설 1,601.94㎡ 및 부대시설 260.72㎡, 기타인쇄업(22219)으로 공장등록을 승인(신설)받은 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물을 도시형공장을 영위하기 위하여 신축취득한 다음 그 일부에 본점을 전입하여 사무실로 사용하고 있는 데, 이는 대법원 판례 및 행정자치부 심사결정사례 등에 비추어 도시형 공장을 영위하기 위한 부대시설인 사무실에 해당하므로 취득세 등을 50% 감면받아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제112조제3항에서 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축으로 취득하는 경우의 취득세율은 표준세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 같은 법 제138조제1항에서 대도시내에서의 법인의 설립·전입 이후 5년내에 취득하는 부동산을 등기하는 때에는 그 세율을 표준세율의 100분의 300으로 한다고 하며, 서울특별시세감면조례 제26조에서 준공업지역내에서 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하도록 되어 있지만, 공장이외의 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 경감된 취득세 등을 추징한다고 규정되어 있는 데, 위와 같이 비과세 등의 감면규정과 중과세 규정이 충돌할 때는 일반적으로 비과세 등의 감면규정을 먼저 적용한 다음 그 후 추징사유에 해당될 경우에 비로소 중과세 규정을 적용하여야 할 것으로서, 위에서 도시형 공장은 같은 법시행령 제84조의2제3항 및 행정자치부 유권해석(지방세정담당관-2199, 2003.12.6.)에서 공장시설은 물론 사무실도 공장의 범위에 포함된다고 하므로 그 사무실이 도시형 공장을 영위하는 데 필수적인 기능을 수행하고 있다면 도시형 공장의 일부라고 할 수 있고, 또한, 산업단지내의 동일한 공장구내에 있는 사무실은 그 용도가 본점 사무실이던지 당해 공장의 부속 사무실이던지 간에 특별한 구분 없이 공장용으로 인정하는 것이 과세관행이라고 하는 것(행정자치부 심사결정 제2003-149호, 2003.7.28.)에 비추어 볼 때, 그 사무실이 본점사무실이라고 하여도 그것이 도시형 공장의 일부인 이상 이를 처분청에서 도시형 공장시설에 대하여 감면하는 것과 달리 볼 것이 아니라 할 것인 바, 청구인의 경우 2004년 및 2005년도 법인장부상 매출액에 이 사건 건축물 일부에 대하여 임대한 부분에 대한 매출과 인쇄물 매출로 구성된 사실과 본점의 기구표상 도시형 공장을 영위하기 위한 기능들로 구성되어 있는 사실 및 청구인 회의록에서 이 사건 부동산을 도시형 공장을 신축하기 위하여 취득한다는 결정이 기재된 점, 본점사무실이 이 사건 건축물의 전체면적에서 차지하는 면적(8%)이 미미한 사실 등을 종합하여 보면, 이 사건 건축물의 본점 사무실은 도시형 공장을 영위하는 데 필수적인 기능을 하고 있다고 볼 수 있다고 하겠으므로 처분청에서 이 부분 전체를 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 하겠으나, 이 사건 건축물 중 일부를 임대한 부분에 대한 본점 사무실 귀속면적(25.58㎡)에 대하여는 중과세 대상으로 보아 취득세 등을 부과하여야 하겠으며, 그이외에 이 사건 건축물 중 일부를 임대한 부분 및 그 부속토지에 대하여 등록세를 중과세율로 부과한 처분이나 취득세를 감면하지 않고 일반세율로 부과한 처분은 타당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2005. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관