기업부설연구소로 감면받은 부동산이 유예 기간 내 기업분할로 분할신설법인으로 이전되었을 경우, 그 이전된 시점에 분할존속법인에게 추징할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 흡수합병전의 기존법인인○○정보통신이○○시○○구○○동○○번지상 건축물 및 그 부속토지를 1999.3.31.취득하면서 그 일부(건축물 8,516.66㎡ 및 그 부속토지 10,840㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 지방세법 제282조에 의한 기업부설연구소로 사용하는 것으로 하여 취득세 등을 감면신청하자 같은 해 4.2. 이를 감면하였으나, 그 후○○정보통신은 이 사건 부동산에 기업부설연구소를 설치하지 않고, 2000.9.4. 구○○전자(주)에게 흡수 합병된 다음 이를 기업부설연구소로서의 감면요건을 갖추지 못한 상태에서 다시 분할신설법인인 신○○전자(주)에게로 2002.4.2. 소유권 이전됨에 따라 이 사건 부동산을 기업부설연구소설치 유예기간 내 양도되어 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 구○○전자(주) 중 분할로 신설된 법인을 제외한 존속법인을 흡수 합병한 청구인에게 이 사건 부동산의 취득가액 16,926,308,690원을 과세표준으로 관련세율을 적용 산출한 취득세 406,308,690원, 농어촌특별세 37,244,950원, 등록세 609,463,040원, 지방교육세 111,734,880원, 합계 1,164,751,560원을 2004.12.13. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 조세특례제한법상 과세특례요건을 충족하는 분할의 경우 분할존속법인이 이 사건 부동산을 분할신설법인에게 승계하였다면 기업부설연구소용으로 사용할 가능성이 없어 사용의무도 소멸되므로 납세의무도 없다고 하고 있으며, 조세특례제한법에서 회사분할을 세제상 지원하겠다는 조세정책이나 지방세법시행령 제228조는 지방세법 제282조의 위임범위를 벗어난 위법성에 비추어 보면, 감면유예기간 중에 분할한 경우 분할존속법인이 분할 전 최초 취득 시 감면받은 취득세 등의 유예기간은 중단되고 분할 시부터 다시 기산되는 것이라고 하고 있고, 위와 같이 그 유예기간이 분할 시부터 새로이 기산된다면, 분할신설법인과 분할존속법인은 당초부터 동일한 법인이기 때문에 그 경제적 동일성이 연장된 것으로 보아야 하므로, 분할신설법인이 유예기간 내에 기업부설연구소로 인정받은 경우는 분할존속법인이 한 것과 동일한 것으로서 감면요건을 충족하였다고 하면서 이 사건 취득세 등을 취소할 것을 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소로 감면받은 부동산이 유예 기간 내 기업분할로 분할신설법인으로 이전되었을 경우, 그 이전된 시점에 분할존속법인에게 추징할 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제15조에서 법인이 합병한 때에 합병 후 존속하는 법인과 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부 또는 납입할 의무를 진다고 하고 있고, 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하지만, 연구소설치 후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있으며, 구지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제15982호로 개정되기 전의 것) 제228조에서 법 제282조에서 ‘대통령령이 정하는 기업부설연구소’라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술처장관(이후 과학기술부 장관으로 개정)의 인정을 받은 것을 말한다고 하고 있고, 구기술개발촉진법시행령(2001.3.27. 대통령령 제17175호로 개정 전의 것) 제14조제1항에서 법 제8조의3제1항제2호에서 ‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소’라 함은 다음 구분에 의한 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서 총리령으로 정하는 사항을 신고하여 과학기술처장관의 인정을 받은 기관을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1999.3.31.○○정보통신은 이 사건 부동산을 기업부설연구소용으로 취득과 동시 취득세 등을 감면받았는데, 먼저 2000.9.4.○○정보통신을 흡수 합병한 구○○전자(주)에 대한 구조조정사항을 살펴보면, 구○○전자(주)는 2002.4.1. 사업과 출자의 분리를 통해 기업지배구조의 투명성을 확립하기 위하여 사업부문은 인적분할방식으로 설립된 신○○전자(주)에게, 출자부문은 존속법인이 상호 변경된 (주)○○로 분할한 다음 2003.3.4. (주)○○는 (주)○○를 흡수합병과 동시 (주)○○로 상호 변경한 사실을 볼 수 있으며, 2002.4.2. 구○○전자(주)는 이 사건 부동산을 분할신설법인인 신○○전자(주)에게 이전하였고, 2003.3.21. 신○○전자(주)는 이 사건 부동산의 건축물을 멸실하고 지번 분할한 다음 교육연구 및 복지시설(연구소)용도로 건축허가를 받은 다음 건축공사를 완공하자 2004.10.14. 관할관청으로부터 교육연구 및 복지시설(연구소)에 대한 사용승인을 받았으며, 2004.11.17. 관할관청으로부터 이 사건 부동산에 대하여 소재지변경으로 기업부설연구소로 인정받은 사실(1999.11.29.○○보통신명의로 최초 인정됨)을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 구지방세법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 하면서, 같은 법시행령 제228조에서 “기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것이라고 하는 규정들을 미루어 보면, 위와 같은 용도의 부동산을 취득 후 4년 내에 매각 등의 사유로 기업부설연구소를 인정받지 못할 경우는 감면한 세액을 추징한다고 할 수 있는데, 청구인의 경우, 최초 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 감면받아 취득한 기존회사(○○정보통신)를 흡수 합병한 신규회사(구○○전자)가 이 사건 부동산을 유예 기간 내에 감면요건을 충족하지 않은 채 분할신설법인(신○○전자)에게 이전하였으므로 분할존속법인(○○)이 추징대상에 해당되는 것으로 보아 처분청은 분할존속법인을 합병한 청구인에게 지방세법 제15조에 의거 납세의무를 부과한 것인바, 지방세법에서는 조세특례제한법에서와 같이 회사분할에 대하여는 관련 세액을 감면하는 등의 특혜규정을 마련하고 있지 않는 취지나 법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계 규정, 그리고 법인의 분할시 분할 전 납세의무에 대한 연대납세의무 규정 등을 비추어 볼 때, 기존법인이 분할 후에도 존속하는 흡수분할합병의 형태에 있어서 분할하여 신설되는 법인에게 부동산 등 재산권을 이전할 때 발생하는 납세의무는 분할존속법인에게 있다 할 것이므로, 이 사건 부동산을 기업부설연구소로 인정받지 않은 채로 분할신설법인에게 이전된 것이 확인되는 이상 처분청이 청구인에게 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠으나, 청구인은 조세특례제한법상 과세특례요건을 충족하는 분할의 경우 분할존속법인이 이 사건 부동산을 분할신설법인에게 승계하였다면 기업부설연구소용으로 사용할 의무가 소멸하여 납세의무도 없다고 주장하므로 이를 보면, 우선 지방세법령에서는 법인분할에 대하여는 감면 등의 특혜규정이 없고, 또 조세특례제한법에서 이를 감면하는 것은 지방세법에서는 과세대상임에도 불구하고 기업구조조정이나 기업합리화 등을 위하여 특별히 과세하지 않겠다는 조세정책적인 취지에 인정하고 있는 것이므로, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합된다고(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조)하는 엄격해석의 원칙상 청구인의 주장은 법령을 확대해석하는 것이라고 할 수 있으며, 또한, 위와 같이 감면유예기간 중에 분할한 경우 분할 시부터 새로이 기산되는 것으로 분할신설법인과 분할존속법인은 당초부터 동일한 법인이기 때문에 분할신설법인은 유예 기간 내에 기업부설연구소로 인정받았으므로 감면요건을 충족하였다고 주장하나, 흡수분할합병의 형태에 있어서 양자가 동일한 인격을 가지고 있는 지는 따로 보아야 하는 것은 별론으로 하고, 설령, 양자가 동일한 법인으로 그 경제적인 동일성이 연장되었다고 하면 그 동일성만큼은 합병의 경우와 같이 피합병법인의 권리의무를 포함한 일체의 포괄 승계하는 것으로 보는 것이 합목적적이라 할 수 있는 것으로서, 이러한 경우 산업단지내의 토지에 대하여 취득세 등을 감면하면서 3년간의 유예 기간 내에 이를 취득목적대로 공장용으로 사용할 의무를 부여하고 있으므로, 이러한 사용의무도 합병법인이 이를 승계한다고 보아야 할 것이라는 행정자치부 심사결정사례(제2005-79호,2005.4.6.)나 감면유예기간의 기산점을 분할 시로 한다면 유예기간이 무한하게 길어지는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 부동산의 감면유예기간의 기산점은 이를○○정보통신이 최초로 취득한 시점이라고 볼 수 있으므로, 위 분할신설법인의 경우 기업부설연구소를 관할관청으로부터 소재지 변경으로인정받은 시점(2004.11.17.)은 이 사건 부동산을 최초 취득한 시점(1999.3.31.)으로부터 감면유예기간(4년)을 경과하였다 할 것으로서 이미 면제된 이 사건 취득세 등의 추징대상이 틀림없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 30. 행 정 자 치 부 장 관