대도시내 등록세 중과제외업종을 영위하는 법인이 종업원의 사택용 아파트를 취득한 경우 등록세가 중과세여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.4.30. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지를 본점소재지로 하여 법인을 설립하고 2003.12.5. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호(전용면적 84.57㎡, 대지권 52,309.7분의 41.345㎡, 이하 “이 사건 아파트”라 한다)를 취득함에 따라 이 사건 아파트를 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 규정하고 있는 대도시내 법인설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기로 보아 이 사건 아파트의 취득가액(250,000,000원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 25,164,000원, 지방교육세 4,613,400원, 합계 29,777,400원(가산세 포함)을 2004.10.11. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 농산물의 도·소매 및 중개업 등을 목적사업으로 하여 1999.4.30. 법인을 설립하고 ○○도 ○○시 소재 ○○시장 ○○호에서 대도시내 등록세 중과 제외업종인 경매 등의 농산물유통업을 영위하고 있으나 영업상 특수성 때문에 영업시간이 오후 7시부터 개시하여 다음날 10시경에 종료됨에 따라 이 사건 아파트를 취득한 후 청구인의 대표이사인 김○○ 등의 종업원 사택으로 사용하고 있으므로 이 사건 아파트에 대한 등록세는 중과에서 제외되어야 하고 또한 지방세법시행령 제101조제2항에서 대도시내 등록세 중과 제외업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 등기일로부터 1년이 경과할 때까지 당해업종에 직접 사용하지 아니하거나다른 업종에 사용하는 경우 중과세하도록 규정하고 있음에도 이 사건 아파트등기일로부터 1년이 경과하기도 전에 가산세를 포함하여 등록세를 중과세 하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 등록세 중과제외업종을 영위하는 법인이 종업원의 사택용 아파트를 취득한 경우 등록세가 중과세 되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다라고 규정하고 지방세법시행령 제101조제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다라고 규정하고 그 제8호에서 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 의한 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터라고 규정하고 있으며 같은조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다라고 규정하고 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제151조에서 등록세 납세의무자가 신고납부를 하지 아니하거나 신고 납부한 세액이 제130조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표주에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 1999.4.30. 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지를 본점소재지로 하여 법인을 설립한 후 5년 이내인 2003.12.5. 이 사건 아파트를 취득·등기함으로서 처분청에서는 지방세법 제138조제1항 및 같은법시행령 제102조제2항의 규정에 의하여 중과세율을 적용하여 산출한 이사건 등록세 등을 부과 고지한 사실을 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 등록세 중과제외업종인 농수산물도매업을 목적사업으로 하는 법인의 종업원 사택으로 사용하고 있는 이 사건 아파트에 대한 등록세는 중과세에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제138조제1항 및 같은법시행령 제101조제1항제8호와 같은조 제2항에서 농수산물도매시장의 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산에 한하여 등록세의 중과세를 제외하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 이 사건 아파트를 취득하기 전인 2000.2.16.부터 이 사건 심사청구일 현재(2004.3.7.)까지 청구인의 대표이사인 김○○과 그 가족(처: 안○○, 자: 김○○, 김○○)이 주택으로 사용하고 있는 사실이 주민등록등본에서 확인되고 있는 이상 이 사건 아파트는 ○○시장업종에 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산이라고는 볼 수 없을 뿐만 아니라 또한 청구인은 이 사건 아파트의 소유권 이전 등기일(2003.12.15.)로부터 1년이 경과하지 아니한 2004.10.11. 가산세를 포함하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만, 지방세법시행령 제101조제2항에서 등록세중과제외업종을 영위하는 자가 당해업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때가지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 추징하도록 규정하고 있고 구지방세법 제151조에서 등록세 납세의무자가 등록세를 과소 신고 납부한 경우에는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다라고 규정하고 있으므로 청구인의 경우는 등록세중과제외업종인 농수산물도매업을 영위하고 있으나 이 사건 아파트는 농수산물 도매업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산이 아니라 취득 당시부터 청구인의 대표이사인 김○○과 그 가족이 주택으로 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산에 해당되기 때문에 법인설립일로부터 5년 이내에 취득·등기한 이 사건 아파트는 소유권이전등기 당시부터 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하여야 함에도 이를 신고납부를 하지 아니함에 따라 구지방세법 제151조의 규정에 의하여 가산세를 포함한 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 것은 별다른 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 2. 행 정 자 치 부 장 관