학교용 건축물의 일부를 부대편익시설로 임대한 경우 재산세 등을 부과한 처분 여부(기각)

[주 문] 처분청이 2004.10.8. 청구인에게 부과고지한 종합토지세 1,613,150원, 도시계획세 850,370원, 지방교육세 322,630원, 농어촌특별세 94,020원, 합계 2,880,170원을 종합토지세 1,456,550원, 도시계획세 776,430원, 지방교육세 219,310원, 농어촌특별세 82,950원, 합계 2,607,240원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 학교법인인 청구인이 소유하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 10필지상 학교건축물 62,282.41㎡중 1,876㎡(이하 “이 사건 제1부동산”이라 한다)와 같은 구 ○○동 ○○-○○번지외 1필지 다세대주택 2동 838.92㎡(이하 “이 사건 제2부동산”이라 한다)를 과세기준일(6월1일)현재 구내식당·복지시설 등으로 임대하여 수익사업용으로 사용하고 있으므로 재산세 1,348,370원, 도시계획세 898,910원 공동시설세 1,107,430원, 지방교육세 269,670원, 합계 3,624,380원을 2004.7.10.에 부과하고, 같은 구 장동 48번지외 10필지의 학교용지 231,032.5㎡를 학교용 건축물 중 수익사업에 제공된 면적을 안분하여 계산한 면적 6,958.9㎡, 학교용지로 사용하고 있지 않는 같은 구 원내동 산25-1외 4필지 59,662.9㎡, 그리고 복지시설로 임대한 신성동 124-8번지외 1필지 대지 467.7㎡, 합계 67,089.5㎡에 대하여 종합토지세 1,613,150원, 도시계획세 850,370원, 지방교육세 322,630원, 농어촌특별세 94,020원, 합계 2,880,170원을 2004.10.8. 각각 부과고지하였다. ※ 부과현황(원문참조)

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 제1부동산에 있는 식당·매점·서점 등의 시설은 학교에 필수적으로 부수되는 편익시설로서 청구인이 직접 위 시설들을 학생에게 위생적이고 저렴하게 운영하기에는 운영능력과 운영방법에 한계가 있어 제3자에게 위탁하고 학교의 운영방침에 따라 운영하여 왔는데도 단순히 임대용 부동산이라 하여 과세한 처분은 부당하며, 2004.4.29. 교외생활관(기숙사)으로 취득한 이 사건 제2부동산은 유성구청장이 독거노인용 시설로 사용하고 있으므로 비영리사업에 제공하고 있을 뿐만 아니라 취득세 등의 유예기간(3년)이 경과되지 않았는데도 추징하는 것은 부당하다고 하면서 관련 세액을 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은학교용 건축물의 일부를 부대편익시설로 임대한 경우 재산세 등을 부과한 처분과 교외생활관용으로 취득한 주택에 대하여 유예기간이 경과하기 전에 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제184조 및 제234조의12(용도에 의한 비과세)에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하거나 유료로 사용하게 하는 경우에는 그 사용부분에 대하여, 당해 부동산을 그 목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분에 대하여 재산세 및 종합토지세를 부과한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제135조제1항에서 법 제184조 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법 제78조의2의 규정의 수익사업으로 법인세법 제3조제2항 규정의 제조업, 건설업, 도·소매업 및 소비자용품수리업, 부동산임대사업의 수익을 말한다고 하고, 같은 법시행령 제136조에서 법 제184조제1호에서 규정한 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 같은 법시행령 제79조제1항제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2003.7.30. 청구인은 이 사건 제1부동산의 일부에 대하여 ○○푸드시스템(주)와 계약보증금으로 7억원에 순 매출액의 3.5%의 발전기금을 지급받기로 하는 구내식당 및 매점용도의 위탁임대차사용계약을 체결하였고(계약기간: 2003.8.1. ～ 2004.7.31.), 2004.3.1. 이 사건 제1부동산의 나머지 면적에 대하여는 이경숙과 임대료 13,900,000원을 지급받기로 하는 서점용도의 임대계약을 체결하였으며, 2004.4.29. 이 사건 제2부동산은 교외생활관으로 사용하기위해 취득하였으나 매도인이 유성구청장과 1999.7.31.부터 현재까지 전세보증금 6억원에 독거노인용 시설로 임대하여 왔고, 최종계약서상 임차기간이 2004.12월까지로 되어 있어 관련세액을 부과당시는 독거노인용 시설로 사용하고 있었고, 종합토지세과세면적 중 같은 구 장동 23-9번지 22,278㎡ 및 15-2번지 85㎡, 그리고 19-3번지 2,738㎡는 공부상 국가소유로 되어 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인의 주장을 차례로 살펴보면, 지방세법 제184조제1호 및 제234조의12제2호 등에서 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세를 비과세 하지만 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우와 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우에는 비과세한 재산세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 법인세법 제3조제2항제1호 등에서 부동산 임대사업을 한국표준산업분류에 의한 각 사업수익이 발생하는 사업을 수익사업으로 규정하고 있는 바, 청구인은 이 사건 제1부동산에 있는 식당·매점·서점 등의 시설은 학교에 필수적으로 부수되는 편익시설일 뿐만 아니라 이를 직접 운영하기에는 운영능력과 운영방법에 한계가 있어 제3자에게 위탁하였으므로 단순히 임대용 부동산이라고 보는 것은 부당하다고 주장하나, 이 사건 제1부동산은 학교용에 직접사용하지 않고 제3자를 통하여 간접적으로 사용하고 있고, 7억원의 임대보증금과 순매출액의 3.5%를 학교발전기금으로 받고 있는 것 등을 볼 때, 처분청이 이를 수익사업으로 보아 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠으며, 2004.4.29. 교외생활관(기숙사)으로 취득한 이 사건 제2부동산은 유성구청장이 독거노인용 시설로 사용하고 있으므로 비영리사업에 제공하고 있을 뿐만 아니라 취득세 등의 유예기간(3년)이 경과되지 않았는데도 추징하는 것은 부당하다고 주장하므로 이를 보면, 이 사건 제2부동산은 청구인이 유료로 임대하고 있는 이상 임차인이 비영리사업에 제공하고 있다하더라도 재산세 및 종합토지세의 비과세대상이라고 볼 수 없다 할 것이고, 또한 취득세 등의 추징유예기간(3년)이 경과되지 않았는데도 부과하는 것은 부당하다는 주장은 청구인은 이 사건 취득세 등의 부과처분에 대한 심사청구를 하려면 통지받은 날(2005.1.13.)부터 90일내에 이의신청을 거쳐서 심사청구를 제기하여야 하나 이러한 이의신청절차를 거치지 않은 것이 분명하므로 본안심의대상이 아니며, 한편, 처분청이 같은 구 장동 48번지외 10필지의 학교용지 231,032.5㎡ 전체를 가지고 학교용 건축물 중 수익사업에 제공된 면적을 안분하여 계산하였으나 이 중에는 같은 구 ○○동 ○○-○번지외 2필지 25,101㎡가 국가소유로 되어 있으므로 이 부분은 제외하고 나머지 면적 205,93151㎡를 가지고 안분계산하여야 하는데도 그렇지 못한 잘못도 있다고 할 수 있으므로 종합토지세 과세대상면적을 재조사하여 과세하여야 할 것이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 2. 행 정 자 치 부 장 관