대도시이외의 지역으로 본점이전등기를 경료하였으나 장부상 부동산 취득일자가 이전등기일 전일인 경우 등록세 중과세대상에 해당여부(취소)

[주 문] 처분청이 청구인에게 2005.1.7. 부과고지한 등록세 576,000,000원, 지방교육세 105,600,000원, 합계 681,600,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 법인인 청구인이 ○○시 ○○구 ○○6가 ○○번지 토지및 건물(대지: 3,448.6㎡, 건물: 3,817.21㎡, 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다.)을 매매를 원인으로 2002.12.23. 취득하고 그 취득가격(8,000,000,000원)을 과세표준으로 등록세를 지방세법 제130조제1항의 일반세율로 신고납부 하였으나, 법인이 대도시 내로 본점을 전입한 이후 5년이내에 취득등기하는 부동산에 해당하는 것임을 확인하고, 같은 법 제138조제1항제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 576,000,000원, 지방교육세 105,600,000원, 합계 681,600,000원(가산세 포함)을 2005.1.7. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2002.11.28. ○○도 ○○시에서 ○○시로 본점을 전입하였으나 회사사정으로 인하여 본점을 2002.12.23. 사실상 ○○도 ○○시로 이전하고, 다음 날인 2002.12.24. 본점이전등기를 경료한 다음 이 사건 부동산을 같은 날인 2002.12.24. 취득등기하였으므로 대도시내로 본점을 전입한 이후 5년이내 취득등기한 부동산에 해당되지 않는다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시이외의 지역으로 본점이전등기를 경료하였으나 장부상 부동산 취득일자가 이전등기일 전일인 경우 등록세 중과세대상에 해당되는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제138조제1항제3호에서 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(…이하 ‘대도시’라 한다) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 100분의 300으로 중과세 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조제2항에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 ○○시 외의 지역에서 ○○시 내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(…)를 말하며, ‘그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1988.11.12. 청구인은 건설업 및 주택상가 신축매매업 등을 목적사업으로 ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○○번지를 본점소재지로 하여 법인을 설립하여 2002.2.5.나 2002.12.23. 등의 임차계약서 등 관련서류에서 현재까지 임차하여 사용하고 있는 것으로 확인되고 있고, 2002.10.29. 오피스텔 건축목적으로 이 사건 부동산에 대하여 계약금 800,000,000원은 계약일에, 잔금 7,200,000,000원은 2003.1.31.에 지급하는 조건으로 매매계약을 체결하였으며, 2002.11.1. 이 사건 부동산에 건축예정인 오피스텔에 대한 모델하우스를 축조사용할 목적으로 같은 구 ○○2가 45-5번지외 1필지 661.5㎡를 2002.11.21.부터 2003.5.20.까지 임차하는 것으로 하는 임대차계약을 체결한 다음 2002.11.15. (주)○○와 이 사건 부동산에 신축하는 “○○동○○오피스텔” 1개동 194세대에 대한 사전판촉 및 분양대행용역을 수행하는 분양대행용역계약(체결일로부터 6월간)을 체결(용역비 513,000,000원)하였고, 2002.11.26. 처분청으로부터 오피스텔 모델하우스용 가설건물(540㎡)에 대하여 2003.5.20.기한의 가설건물축조신고필증을 교부받자 2002.11.28. 본점을 모델하우스가 건축된 같은 구 ○○2가 ○○-○○번지로 이전하였으며, 그 후 법인을 이전하기 위하여 2002.12.23. 법인 이사회에서 본점을 구 본점소재지인 ○○도 ○○시 ○○동 1136-1번지로 이전하는 것을 의결(의사록을 같은 날 ○○종합법무법인으로부터 등부2002년 제8886호로 인증)하였고, 2002.12.23. 주식회사 본점 이전등기신청서상 ○○지방법원○○등기소의 접수인은 14시경에, 같은 신청서상 ○○지방법원○○등기소의 접수인은 다음날 24일 9시경에 접수된 것으로 되어 있으며, 2002.12.24. 본점을 ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○○번지로 다시 이전한 다음 2002.12.24. 이 사건 부동산에 대한 취득신고와 아울러 소유권이전등기를 같은 동 ○○-○○번지로 주소지로 하여 경료하였고, 한편 부동산 잔금(72억원)을 같은 날 ○○은행 ○○지점장이 발행한 거래내역 명세서에서 매도인 통장으로 2002.12.24.16:39:57에 입금된 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 ○○도 ○○시에서 ○○시로 본점을 전입하였다가 전입전 본점소재지로 2002.12.24. 본점이전등기를 경료한 다음 이 사건 부동산을 같은 날인 2002.12.24. 취득등기하였으므로 대도시내로 본점을 전입한 이후 5년이내 취득등기한 부동산에 해당되지 않는다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법 제138조 등에서 대도시내로의 본점전입이후 5년이내에 취득하는 일체의 부동산등기에 대하여는 중과세한다고 규정하고 있지만 대도시외의 지역으로 본점을 이전하여 부동산을 취득할 경우는 중과세대상이 아닌 것으로서, 이 때 전입일이나 이전일의 판단은 사실상 이전일 등이 공적자료에 의하여 명확히 입증될 경우는 제외하고는 등록세가 등기나 등록의 형식을 기본으로 과세하기 때문에 원칙적으로 이전 및 전입등기일로 보아야 할 것인바, 청구인의 경우 처분청에게 제출한 법인장부 및 입금표에서 이 사건 부동산에 대한 잔금지급일이 2002.12.23.로 되어 있으나 그 후 불복청구시 제출한 ○○은행 ○○지점장이 발행한 기업자유예금(계좌번호:○○-○○-○○-○○) 거래내역 명세서에서 매도인 계좌로 2002.12.24.16:39:57에 잔금이 입금된 사실, 2002년도 결산서상의 계정별 원장 및 보유토지명세서에서 이 사건 부동산에 대한 취득일자가 2002.12.24.로 기장되어 있고, 매도인이 발행한 세금계산서에도 잔금지급일자가 2002.12.24.로 되어 있는 사실, 공증된 이사회 의사록에도 본점이전일이 2002.12.23.로 결의한 사실, 법인본점이전등기신청서의 ○○지방법원 접수일이 2002.12.23.로, 등기부상 본점등기이전일이 2004.12.24.로 각각 되어 있는 사실, 이 사건 부동산 등기부상에 접수일이 2004.12.24.로, 청구인의 주소는 ○○도 ○○로 되어 있는 사실들을 종합하여 보면, 청구인이 본점을 ○○도 ○○에서 ○○로 이전하였다가 다시 ○○로 이전한 날과 이 사건 부동산을 취득등기일은 관련 공부상 2004.12.24.로 되어 있다 하더라도 양자간의 시간상 선후관계는 본점을 이전한 것이 우선되어서 본점을 대도시외로 다시 이전한 후 부동산을 취득하였다 하겠으므로 중과세대상으로서의 요건을 갖추지 못한 것으로 봄이 타당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 2. 행 정 자 치 부 장 관