병원을 휴업하고 있는 경우 의료사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세를 추징하고 재산세를 부과한 처분의 적법여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004.6.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 33,647,770원, 농어촌특별세 3,084,370원, 합계 36,732,140원(가산세 포함)에 대한 심사청구 및 2004.7.10. 청구인에게 부과 고지한 2004년도 정기분 재산세 2,416,810원, 도시계획세 1,611,200원, 공동시설세 1,265,960원, 지방교육세 483,360원, 합계 5,777,330원에 대한 심사청구는 기각하고, 나머지 심사청구는 각하한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.10.15. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 7,826.7㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한데 대하여 구 지방세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제287조제2항의 규정에 의하여 의료법인이 의료사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 면제하고, 같은 날 그 취득가액(3,166,274,660원)을 과세표준으로 구 지방세법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 94,988,230원, 지방교육세 18,997,640원, 합계 113,985,870원을 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였으나, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하였으므로, 이 사건 토지를 연부취득하면서 청구외 ○○공사가 수용한 ○○시 ○○구 ○○동 산○○-○○번지외 5필지 토지 6,285㎡ 및 건축물 1,053㎡(이하 “수용 부동산”이라 한다)에 대한 보상금(2,319,723,100원)에서 마지막 보상금 수령일부터 1년 이내에 지급한 연부금(1,764,283,940원)을 제외한 금액(1,401,990,720원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 33,647,770원, 농어촌특별세 3,084,370원, 합계 36,732,140원(가산세 포함)을 2004.6.10. 부과 고지하였고, 2004.6.11. 이 사건 토지 취득이 수용에 따른 대체취득이라는 사유로 2001.10.15. 신고납부한 등록세 등의 일부를 환부요청하자, 같은 날 마지막 보상금 수령일부터 1년 이내에 지급한 연부금(1,764,283,940원)에 대하여만 대체취득비용으로 인정하여 등록세 등을 비과세하고, 나머지 금액(1,401,990,720원)에 대하여는 등록세 등을 부과하는 것으로 하여 등록세 42,059,720원, 지방교육세 8,411,940원, 합계 50,471,660원으로 감액결정한 후 나머지는 환부하였으며, 이 사건 토지상의 건축물 5,556.99㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)에 대하여 재산세 과세기준일(6.1) 현재 의료사업에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 2004년도 정기분 재산세 2,416,810원, 도시계획세 1,611,200원, 공동시설세 1,265,960원, 지방교육세 483,360원, 합계 5,777,330원을 2004.7.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 이 사건 토지상의 병원건물의 노후화로 이를 대폭적으로 수선하기 위하여 휴업하였을 뿐, 의료사업 이외의 다른 용도로 사용하지 아니하였음에도, 단지 휴업하고 있다는 사유로 면제한 취득세를 추징한 처분은 부당하다 할 뿐만 아니라, 둘째 그 과세표준 산정에 있어서도 이 사건 토지의 취득가액 중에서 공급용지 매매계약 체결 당시 상계처리한 보상금(1,764,283,940원) 뿐만 아니라 보상금에서 상계처리한 청구인 부담의 존치부담금(509,691,560원)과 최종공탁금(45,747,600원)을 포함한 금액(2,319,723,100원)이 대체취득비에 해당된다 할 것임에도, 존치부담금과 최종공탁금을 비과세대상에서 제외한 것은 부당하다 하겠고, 셋째 2001.10.15. 이 사건 토지의 취득가액(3,166,274,660원)을 과세표준으로 하여 등록세 등을 신고납부하였으나, 이 사건 토지의 취득가액 중에서 공급용지 매매계약 체결 당시 상계처리한 보상금 뿐만 아니라 보상금에서 상계처리한 청구인 부담의 존치부담금과 최종공탁금을 포함한 금액(2,319,723,100원)이 대체취득비에 해당된다 하겠으므로, 존치부담금 및 최종공탁금에 대한 등록세도 환부하여야 할 것임에도, 이를 대체취득비용으로 인정하지 아니하고 환부하지 아니한 것은 부당하다 할 것이며, 넷째 청구인은 의료법에 의하여 설립된 의료법인으로서 1984.12.11. 이 사건 건축물 취득 이후 계속하여 병원(○○병원)으로 직접 사용하여 왔으나, 택지개발에 따라 병원 주변에 현대화된 건축물의 신축 등으로 종전 병원건물의 노후화된 시설로는 다시 개업할 수 없어 지역사회의 환경에 맞도록 수선 등 의료사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있음에도, 과세기준일 현재 의료사업에 직접 사용하지 아니하고 있는 것으로 보아 재산세 등을 부과한 처분 또한 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 의료법인이 병원을 휴업하고 있는 경우 의료사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세를 추징하고, 건축물에 대하여 재산세를 부과한 처분이 적법한 지 여부와 수용 보상금에서 청구인이 부담할 존치부담금을 제외한 나머지 금액만을 대체취득비용으로 지급한 경우 존치부담금이 대체취득비용에 포함되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제73조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세{도세중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다}에 있어서는 도지사에게, 시·군세{도세중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세중 도시계획세·공동시설세 및 구세(군세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다}에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제109조제1항에서 토지수용법·도시계획법·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 및 농어촌정비법에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게 부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제8조의 규정에 의한 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(관광진흥법에 의한 조성계획고시일 및 농어촌정비법에 의한 개발계획고시일을 포함한다)이후에 대체 취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 토지수용법 제45조제5항의 규정에 의하여 보상금을 채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산등을 취득한 때(건축중인 주거용부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니하되, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제127조의2제2항에서 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제287조제2항에서 의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제하되, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제73조제5항에서 연부로 취득하는 것으로서 그 취득가액의 총액이 법 제113조의 적용을 받지 아니하는 것에 있어서는 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 보아 그 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다)을 과세표준으로 하여 부과한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제79조의3제1항 본문에서 법 제109조제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다고 하면서, 그 제1호에서 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.9.29. 청구외 한국토지공사와 매매대금은 2,914,720,000원으로 하고, 잔금지급일은 2001.2.28.로 하는 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 그 후 2001.3.20. 매매대금은 3,787,124,950원(약정이자 750,964,950원 포함)으로 하고, 계약보증금은 2000.9.29. 납부하며, 중도금과 잔금은 2001.3.29.부터 2005.9.29.까지 6개월마다 10회에 걸쳐 분할 지급하고, 1회 분납시부터 약정이자를 함께 납부하는 것으로 하는 토지대금납부조건 변경계약을 체결하였으며, 이 사건 토지 취득과 관련하여 총 지급액 3,166,274,660원 중 1,764,283,940원은 2000.9.29.에, 나머지 1,401,990,720원은 2001.10.15.에 지급한 사실과 1999.3.25. 청구외 ○○공사와 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지외 3필지를 목적토지로 하는 환매특약부 존치대상토지 매매계약을 체결하면서 청구인이 청구외 ○○공사에게 지급할 존치부담금(509,691,560원)은 청구인의 소유로서 ○○공사가 취득할 부지 및 지장물보상액과 전액 상계하기로 하였고, ○○시 ○○구 ○○동 산○○-○○번지외 4필지 토지 5,883㎡ 및 건축물 1,053㎡에 대한 수용 보상금(2,273,975,500원)은 별도 지급없이 이 사건 토지 매매계약 체결시 상계처리하기로 하였으며, 2000.1.26. ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지 토지 402㎡에 대한 수용 보상금(45,747,600원)을 수령한 사실 및 2001.2.12. 병원건물의 수선 등을 이유로 휴업한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지 및 건축물을 다른 용도로 사용하지 아니하였음에도, 단지 휴업하고 있다는 사유로 취득세와 재산세 등을 부과한 처분은 부당할 뿐더러, 이 사건 토지의 취득가액 중에서 공급용지 매매계약 체결 당시 상계처리한 보상금 뿐만 아니라 보상금에서 상계처리한 청구인 부담의 존치부담금과 최종공탁금을 포함한 금액이 대체취득비에 해당된다 할 것임에도 이를 대체취득비용으로 인정하지 아니한 것 또한 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 첫째 구 지방세법 제287조제2항에서 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 광역시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등을 면제하되, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 동 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 95누18314, 1996.3.12)으로서, 청구인의 경우 이 사건 토지를 의료사업에 사용함에 있어서 법령에 의한 금지나 제한 등 외부적인 장애사유가 전혀 없었을 뿐더러, 노후화된 병원건물의 수선 등을 이유로 이 사건 토지 취득일(2001.10.15) 이전인 2001.2.12. 병원을 휴업하였음에도 이 사건 심사청구일 현재까지 공사를 진행하지 아니한 사실이 2005.3.21. ○○시 세무담당공무원(지방세무주사 김○○외 1인)의 출장확인서에서 확인되고 있는 이상, 청구인이 유예기간 내에 이 사건 토지를 의료사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보기는 어려울 뿐더러, 의료사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없다 하겠고, 둘째 구 지방세법 제109조제1항에서 토지 등의 수용으로 인하여 지급받은 보상금으로 대체취득할 부동산에 대하여 연부매매계약을 체결하여 취득하는 경우 마지막 보상금 수령일부터 1년 이내에 지급된 연부금에 대해서만 취득세 등이 비과세된다 할 것인 바, 청구인의 경우 2004.4.29. 청구외 ○○공사 ○○지사장이 발급한 ○○시 ○○구 ○○동 산 ○○-○○번지외 4필지 5,883㎡ 및 건축물 1,053㎡에 대한 토지수용(협의매수)확인서에 수용 보상금(2,273,975,500원)은 별도 지급없이 이 사건 토지 매매계약 체결시 상계처리하기로 되어 있다고는 하나, 1999.3.25. 청구인과 청구외 ○○공사가 체결한 환매특약부 존치대상토지 매매계약서를 보면 청구인이 청구외 ○○공사에게 지급할 존치부담금은 509,691,560원으로 하되, 청구외 ○○공사가 취득할 토지 및 지장물 보상액과 전액 상계하기로 되어 있고, 이 사건 토지 매각원부상 수납사항을 보면 2000.9.29. 지급한 금액은 1,764,283,940원으로, 이는 수용 보상금(2,273,975,500원)에서 청구인이 부담할 존치부담금(509,691,560원)을 먼저 상계처리하였다고 보아야 하겠으므로, 존치부담금을 이 사건 토지 취득비용으로 인정하기는 어렵다 할 것이며, 또한 2004.6.8. 청구외 ○○공사 ○○지사장이 발급한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지 토지 402㎡에 대한 토지수용(협의매수)확인서에서 수용 보상금 45,747,600원을 2000.1.26. 수령하였음은 확인되고 있으나, 수령일부터 1년 이내에 이 사건 토지 취득비용으로 지급되었음을 확인할 수 있는 아무런 증빙자료가 없는 이상, 이 또한 이 사건 토지 대체취득비용으로 인정하기는 어렵다 하겠고, 셋째 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이라 할 것이므로, 그 감액경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 불복청구 대상은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 감액경정한 처분이 불복청구 대상이 되는 것은 아니라 할 것이며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 부과처분을 기준으로 하여 판단하여야 한다는 대법원 판례(93누9989. 1993.11.9, 95누351. 1995.8.11)에 비추어 볼 때, 청구인의 경우 2001.10.15. 이 사건 토지 취득 등기에 따른 등록세 등을 납부한 후 2004.6.11. 대체취득에 따른 등록세 등의 비과세신청을 하였고, 같은 날 처분청의 감액경정결정으로 이미 납부한 세액의 일부를 환부받은 다음 2004.9.10.에 이의신청을 한 이상, 구 지방세법 제73조제1항의 규정에 의한 청구기간이 경과되었다 하겠으므로, 등록세에 관한 심사청구는 본안 심의대상이 아니라 하겠고, 넷째 2004년도 정기분 재산세의 경우 구 지방세법 제287조제2항에서 의료법인이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다고 규정하고 있고, 재산세는 보유하는 재산에 담세력을 인정하여 부과되는 조세로서 과세대상 물건을 보유하는 동안 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 사실상의 사용현황에 따라 구분 과세되는 것이라 할 것인 바, 청구인은 노후화된 병원건물의 수선 등을 이유로 이 사건 토지 취득일(2001.10.15) 이전인 2001.2.12. 병원을 휴업하였음에도 이 사건 심사청구일 현재까지 공사를 진행하지 아니한 사실이 2005.3.21. ○○시 세무담당공무원(지방세무주사 김○○외 1인)의 출장확인서에서 확인되고 있는 이상, 현실적으로 의료사업에 직접 사용하는 건축물에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠으므로, 처분청이 2004년도 정기분 재산세 등을 부과한 처분 또한 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 4. 6. 행 정 자 치 부 장 관