학교법인이 학교용 부동산을 취득 후 2년 이내에 매각하여 그 매각대금을 학교신축비용에 충당한 경우 취득세 등이 비과세 되는지의 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.8.29. ○○시 교육감으로부터 학교법인설립허가(행정 81421-1028)를 받고 2002.8.31. 청구외 학교법인 ○○학원(이사장 정○○)으로부터 ○○공업고등학교가 소재하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지의 학교용지 10,144㎡와 동지상 교사용건축물 7,974.04㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 부담부증여(차입금 54억 부담) 조건으로 취득함에 따라 2002.9.2. 이 사건 부동산의 취득세 및 등록세 등을 비과세하였으나 이 사건 부동산 취득일로부터 2년 이내인 2004.8.24. 매각함에 따라 지방세법 제107조제1호 본문 및 같은법 제127조제1항의 규정에 의하여 이 사건 부동산의 과세시가표준액(5,006,215,840원)에 지방세법 제112조제1항 및 구 같은법(2005.1.5. 법률 7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 100,664,980원, 농어촌특별세 11,013,670원, 등록세 40,626,430원, 지방교육세 8,125,280원, 합계 160,430,360원(가산세 포함)을 2004.10.11 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구외 ○○학원(이사장 정○○)이 이 사건 부동산 내에서 운영하고 있던 ○○공업고등학교를 ○○시 ○○동 ○○-○○번지 일원으로 이전하기 위하여 1994.9.10. ○○시 교육감으로부터 학교이전계획승인(행정 81400-342)을 받고 학교신축공사를 진행하였으나 자금부족 등의 이유로 30% 정도의 공정에서 건축공사가 중단됨에 따라 실업계고등학교를 육성하고자 하는 취지에서 2002.5.22. 청구인의 설립자인 이○○이 청구외 ○○학원으로부터 이 사건 부동산을 포함한 교육용 기본재산과 함께 학교 경영권을 인수하되 ○○재단으로부터 차입한 54억원은 청구인이 부담하는 부담부증여계약을 체결하고, 2002.8.29. ○○시 교육감으로부터 학교법인 설립허가(조건: 현 ○○공업고등학교가 소재하고 있는 이 사건 부동산은 학교 이전 후 수익용재산으로 하고 동림학원이 ○○재단으로부터 차입한 차입금 54억원은 청구인이 부담, 행정81421-1028)를 받은 다음 2002.8.31. 이 사건 부동산을 부담부증여로 취득한 다음 중단되어 있던 학교신축공사를 계속하기 위하여 2002.10.7. 청구외 ○○건설주식회사(대표이사 김○○)와 학교신축공사 계약을 체결하고 2003.8.26. 신축학교용 건축물의 사용검사를 필한 다음 2003.9.1. 학교 이전을 완료하고 2004.8.24. 이 사건 부동산을 학교 신축 공사비 대가로 대물변제 한 것이므로 비록 이 사건 부동산 취득일로부터 2년 이내에 대물변제 조건으로 매각하였다고 하더라도 이는 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항의 단서에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 학교용 부동산을 취득한 후 취득일로부터 2년 이내에 매각하여 그 매각대금을 학교신축비용에 충당한 경우 매각한 부동산에 대한 취득세 등이 비과세 되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다라고 규정하고, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 대통령령이 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다라고 규정하고, 그 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육 단체라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 ○○공업고등학교가 소재하고 있었던 이 사건 부동산을 청구외 ○○학원(이사장 정○○)으로부터 부담부증여 조건(차입금 54억원 부담)으로 2002.8.31. 취득한 후 2003.9.1. ○○시 ○○동 ○○-○○번지 일원으로 학교를 이전하고 이 사건 부동산을 취득일로부터 2년 이내인 2004.8.24. 신축교사의 공사비 대가로 대물변제함에 따라 처분청에서는 지방세법 제107조 단서 및 같은법 제127조제1항의 규정에 의하여 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 2004.10.11. 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 청구외 ○○학원(이사장 정○○)이 이 사건 부동산 내에서 운영하고 있던 ○○공업고등학교를 ○○시 ○○동 ○○-○○번지 일원으로 이전하기 위하여 1994.9.10. ○○시 교육감으로부터 학교이전계획승인(행정 81400-342)을 받고 학교신축공사를 진행하였으나 자금부족 등의 이유로 건축공사가 중단(공기의 30% 정도 진행)됨에 따라 2002.5.22. 청구인의 설립자인 이○○이 청구외 ○○학원(이사장 정○○)으로부터 이 사건 부동산을 포함한 교육용 기본재산과 함께 학교 경영권을 인수(○○재단으로부터 차입한 54억원은 청구인이 부담)하는 부담부증여계약을 체결하고 2002.8.29. ○○시 교육감으로부터 학교법인 설립허가를 받은 다음 2002.8.31. 이 사건 부동산을 취득하고 2003.8.26. 중단되어 있던 학교신축공사를 완료한 다음 2003.9.1. 학교를 이전하고 2004.8.24. 이 사건 부동산을 학교신축공사비 대가로 대물변제한 것이므로 이 사건 부동산을 매각한 사유가 지방세법 제107조 및 같은법 제127조제1항의 단서에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있지만, 지방세법 제107조 및 제127조 단서규정에서 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 동 규정은 취득일로부터 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못하는 경우는 정당한 사유가 있는지 여부를 살펴서 추징여부를 판단하여야 하나, 단서 후단은 학교법인 등 비영리사업자가 취득한 토지를 사용하지 아니하고 매각하는 것을 방지하고 고유 목적 사업에 일정기간 이상 사용하는 것을 강제하기 위하여 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 정당한 사유 여부에 불문하고 추징한다는 규정이라고 볼 수 있으므로(행정자치부 심사결정 2004-127 2004.5.31.) 청구인의 경우 이 사건 부동산은 2002.8.31. 취득한 후 취득일로부터 2년 이내인 2004.8.24. 매각한 사실이 검인을 받은 증여계약서와 부동산 매매계약서 등에서 입증되고 있는 이상 비록 부산광역시 교육감으로부터 이 사건 부동산을 매각하여 신축교사의 공사비대가로 지불한다는 허가를 받고 매각하였다고 하더라도 조세법률주의의 원칙상 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로(같은 취지의 대법원 판례 2002두9537 2003.1.24.) 처분청에서 취득일로부터 2년 이내에 매각한 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 부과 고지한 것은 별다른 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 4. 6. 행 정 자 치 부 장 관