학교법인이 취득한 부동산의 일부를 제3자가 운영토록 하고 있는 경우 교육사업용에 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 적법여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002.2.28. ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지외 16필지상에 건축물 7,511㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 증축 취득한데 대하여 비영리사업자가 교육사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하고, 과세기준일(6.1) 현재 교육사업용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2002년도와 2003년도 정기분 재산세 등도 비과세하였으나, 이 사건 건축물 중 644.3㎡(지하 1층, 이하 “제1건축물”이라 한다)를 청구외 ○○시스템주식회사와 부동산 및 동산 임대차 사용계약을 체결하고 사용·수익토록 하고 있으므로, 제1건축물에 대한 취득세 8,583,330원, 농어촌특별세 786,790원, 등록세 3,433,330원, 지방교육세 629,440원, 합계 13,432,890원(가산세 포함)을 2004.7.9.에, 2004년도 정기분 재산세 559,230원, 도시계획세 372,820원, 공동시설세 587,420원, 지방교육세 111,840원, 합계 1,631,310원은 2004.7.10.에, 2002년도분 재산세 478,390원, 도시계획세 318,920원, 공동시설세 464,280원, 지방교육세 95,670원, 합계 1,357,260원과 2003년도분 재산세 485,640원, 도시계획세 323,760원, 공동시설세 472,010원, 지방교육세 97,120원, 합계 1,378,530원은 2004.9.6.에 각각 부과 고지하였고, 청구인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지외 1필지상의 건축물 3,984.62㎡(이하 “제2건축물”이라 한다)에 대하여 2003년도 과세기준일(6.1) 현재 교육사업용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2003년도분 재산세를 비과세하였으나, 교육사업용에 직접 사용하고 있지 아니한 것을 확인하고 2003년도분 재산세 970,940원, 도시계획세 647,300원, 공동시설세 777,450원, 지방교육세 194,180원, 합계 2,589,870원은 2004.6.10.에, 2004년도 정기분 재산세 969,380원, 도시계획세 646,250원, 공동시설세 468,590원, 지방교육세 193,870원, 합계 2,278,090원은 2004.7.10.에 각각 부과 고지하였으며, 대전광역시 동구 자양동 17-2번지외 8필지상의 건축물 85,362.82㎡ 중 3,939.01㎡(이하 “제3건축물”이라 한다)에 대하여는 2004년도 과세기준일 현재 청구외 ○○시스템주식회사와 임대차 계약을 체결하고 사용·수익토록 하고 있으므로, 교육사업용에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 2004년도 정기분 재산세 2,790,400원, 도시계획세 1,860,260원, 공동시설세 2,633,450원, 지방교육세 558,060원, 합계 7,842,170원을 2004.7.10. 부과 고지하였고, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 5필지 토지 9,404㎡(이하 “제1토지”라 한다)와 ○○시 ○○구 ○○동 226-2번지외 79필지 197,679.9㎡ 중 8,922.5㎡(이하 “제2토지”라 하고, 제1·2·3건축물과 제1토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여는 과세기준일(6.1) 현재 교육사업용에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 2004년도 정기분 종합토지세 26,131,790원, 도시계획세 11,398,030원, 지방교육세 5,226,350원, 농어촌특별세 3,337,810원, 합계 46,093,980원을 2004.10.10. 부과 고지하였다. ※ 과세표준 및 세액(원) -------------------------------------------------------------- 과세표준(계)

• 취득세 등: 907,900,000원

• 재산세 등: 202,909,100원(2003년도), 207,975,480원(2004년도)

• 종합토지세 등: 155,213,292원(2003년도), 175,664,295원(2004년도) -------------------------------------------------------------- 부과세액(계): 65,477,340원

• 취득세 등: 62,463,520원

• 재산세 등: 730,640원(2003년도), 727,120원(2004년도)

• 종합토지세 등: 558,750원(2003년도), 997,490원(2004년도) -------------------------------------------------------------- 부과세액(취득세 계): 21,789,600원

• 취득세 등: 21,789,600원 부과세액(등록세 계): 21,789,600원

• 등록세 등: 32,684,400원 부과세액(재산세 계): 1,206,540원

• 재산세 등: 608,720원(2003년도), 597,820원(2004년도) 부과세액(종합토지세 계): 992,620원

• 종합토지세 등: 465,630원(2003년도), 526,990원(2004년도) 부과세액(도시계획세 계): 368,870원

• 재산세 등: 3,760원(2004년도)

• 종합토지세등: 365,110원(2004년도) 부과세액(공동시설세 계): 5,980원

• 재산세 등: 5,980원(2004년도) 부과세액(지방교육세 계): 6,431,950원

• 취득세 등: 5,992,140원

• 재산세 등: 121,740원(2003년도), 119,560원(2004년도)

• 종합토지세 등: 93,120원(2003년도), 105,390원(2004년도) 부과세액(농어촌특별세 계): 1,997,390원

• 취득세 등: 1,997,390원 --------------------------------------------------------------

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 제1건축물의 경우 교육을 목적으로 하는 학교법인이 정부시책에 따라 국고보조금의 지원을 받아 신축한 후 학생들의 급식을 위한 식당으로 사용하고 있는 것으로서, 학생들의 후생을 위한 복지사업의 일환이라 할 것임에도 단지 임대하였다고 하여 수익사업에 사용하고 있는 것으로 보아 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다 하겠고, 제2건축물과 제1토지의 경우 종전에 위치하고 있던 동중학교가 다른 장소로 이전된 후 평생사회교육원 등 노인복지시설을 설치하기 위한 절차를 진행하고 있었으므로, 이는 교육사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 하며, 제3건축물과 제2토지 또한 학생들에게 저렴하고 유익한 시설을 제공하기 위하여 제3자에게 위탁 운영토록 한 것일 뿐 임대목적의 시설이 아니라 할 것임에도 운영내용 등은 살펴보지도 아니한 채 직접 운영하고 있지 아니한다고 사유로 이를 수익사업으로 보아 재산세와 종합토지세 등을 부과한 처분 또한 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 취득한 부동산의 일부를 제3자가 위탁 운영토록 하고 있는 경우 교육사업용에 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부와 교육사업에 사용하기 위한 준비과정에 있는 경우 교육사업에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제107조 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제184조 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하거나 유료로 사용하게 하는 경우에는 그 사용부분에 대하여, 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분에 대하여 재산세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제234조의12 본문 및 제2호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조의2제1항에서 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고 있고, 제79조제1항 본문 및 제2호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.2.28. 이 사건 건축물을 증축 취득한 후 2002.3월 청구외 ○○시스템주식회사와 제1건축물에 대하여 계약기간은 2003.3월부터 2006.2월까지 3년간으로 하되, 계약보증금은 8억원에 대한 10% 상당액의 보증보험증권으로 하고, 순이익금이 발생하지 않더라도 2002년에 2백만원, 2003년에 350만원, 2004년에 5백만원의 장학금을 기탁받기로 하였고, 청구외 ○○시스템주식회사에게 급식업무와 매점의 운영업무 수행을 위한 장소를 제공하고 청구인의 비용으로 시설을 구비하여 제공한다는 것 등을 내용으로 하는 부동산 및 동산 임대차 사용계약을 체결한 사실과 2004.2.25. 청구외 ○○시스템주식회사와 제3건축물에 대하여 계약기간은 2004.3.1.부터 2006.2.28.까지 2년간으로 하되, 계약보증금은 12억원에 대한 10% 상당액의 보증보험증권으로 하고, 순이익금이 발생하지 않더라도 연간 3천 8백만원의 장학금을 기탁받기로 하였고, 청구외 ○○시스템주식회사에게 급식업무와 매점의 운영업무 수행을 위한 장소를 제공하고 청구인의 비용으로 시설을 구비하여 제공한다는 것 등을 내용으로 하는 임대차 사용계약을 체결한 사실 및 제2건축물에 2004.12.20. 시설명은 ○○웰빙센터 ○○회관으로 하고, 운영자는 청구인으로 하는 노인여가복지시설을 설치한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 학생들에게 저렴하고 유익한 시설을 제공하기 위하여 제3자에게 위탁 운영토록 한 것임에도 운영내용 등은 살펴보지도 아니한 채 직접 운영하고 있지 아니한다고 하여 이를 수익사업으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 지방세법에서 비영리사업자인 학교법인이 교육사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 과세기준일 현재 교육사업에 직접 사용하고 있는 부동산에 대하여는 취득세 등을 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우 또는 다른 용도로 사용하고 있는 경우에는 취득세 등을 부과하도록 규정하고 있는바, 제1건축물의 경우 청구인은 2002.3월 청구외 ○○시스템(주)와 부동산 및 동산 임대차 사용계약을 체결하면서 계약기간은 2003.3월부터 2006.2월까지 3년간으로 하고, 계약보증금은 8억원에 대한 10% 상당액의 보증보험증권으로 하였으며, 순이익금이 발생하지 않더라도 2002년에 2백만원, 2003년에 350만원, 2004년에 5백만원의 장학금을 기탁받기로 한 사실과 제3건축물과 제2토지 또한 2004.2.25. 청구외 ○○시스템(주)와 임대차 사용계약을 체결하면서 계약기간은 2004.3.1.부터 2006.2.28.까지 2년간으로 하고, 계약보증금은 12억원에 대한 10% 상당액의 보증보험증권으로 하였으며, 순이익금이 발생하지 않더라도 연간 3천 8백만원의 장학금을 기탁받기로 한 사실 등으로 미루어 볼 때, 청구외 ○○시스템(주)가 청구인에게 지급하는 금전이 명목상 장학금으로 되어 있지만 그 실질에 있어서는 제1·3건축물 및 제2토지에 대한 임대차 사용계약에 기인하여 지급하는 비용으로서의 성격을 지니고 있는 것으로서, 이는 부동산 임대차에 따른 임차료에 해당하는 것이라 하겠으므로, 청구인이 제1·3건축물 및 제2토지를 교육사업에 직접 사용하고 있다기 보다는 수익사업에 사용하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 제2건축물과 제1토지의 경우 재산세와 종합토지세는 보유하는 재산 또는 토지에 담세력을 인정하여 부과하는 조세로서, 과세대상 물건(토지)을 보유하는 동안 매년 독립적으로 과세기준일 현재의 사실상의 사용현황에 따라 구분 과세되는 것이라 하겠고, 지방세법 제184조제1호 및 같은 법 제234조의12제2호에서 말하는 교육사업에 직접 사용이라 함은 현실적으로 교육사업 자체에 직접 사용되고 있는 경우만을 지칭하는 것이라 하겠으므로, 교육사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다 할 것으로서, 재산세와 종합토지세 과세기준일 현재 청구인이 평생사회교육원의 설립을 추진하고 있었다 하더라도 이는 교육사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우에 해당할 뿐이고, 현실적으로 그 사업에 직접 사용하는 경우에 해당된다고 볼 수는 없다 하겠으므로, 이 사건 부동산이 비과세대상에 해당되지 아니한다고 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 4. 6. 행 정 자 치 부 장 관