피합병법인이 산업단지내의 토지를 취득하여 취득세 감면받은 후 유예기간내에 합병법인이 이를 취득하였다가 매각한 경우 취득세 등을 추징한 처분의 적법여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004.8.11. 청구인에게 부과고지한 취득세 11,503,560원, 농어촌특별세 1,149,410원, 등록세 8,627,670원, 지방교육세 1,725,520원, 합계 23,006,160원(가산세 포함)을 취득세 8,551,000원, 등록세 8,627,670원, 지방교육세 1,725,520원, 합계 18,904,190원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 피합병법인인 청구외 (주)○○공업은 1997.9.20. 산업단지내의 토지인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지 1필지 토지 330,295.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조제1항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 감면받았고, 청구인이 1999.6.30. (주)○○공업(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병하면서 이 사건 토지를 승계취득하고, 취득세 및 등록세를 비과세 및 감면받았으나, 청구인이 2004.7.7. 이 사건 토지에서 지번분할된 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지 6,610.1.㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)를 매각함에 따라 취득일로부터 3년 이내에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우로서 지방세법 제276조제1항 단서 규정에 의한 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액 522,462,303원에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 11,503,560원, 농어촌특별세 1,149,410원, 등록세 8,627,670원, 지방교육세 1,725,520원, 합계 23,006,160원(가산세 포함)을 2004.8.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 첫째, 피합병법인이 이 사건 토지를 취득한 후에 당초 산업단지에 대한 감면대상으로 보아 감면을 받았으나, 그 후 피합병법인이 수용된 토지에 대한 보상금 부분에 대하여는 납부한 농어촌특별세를 환부받은 사실이 있으므로, 이 사건 토지에 대하여 일부는 대체취득에 따른 비과세를 받고, 일부는 산업단지에 따른 감면대상으로 하여 취득세 등을 감면받은 것이므로, 이 사건 쟁점토지에 대하여도 대체취득 부분에 해당하는 세액은 추징대상에 해당되지 아니하며, 둘째, 청구인이 합병 당시 피합병법인이 납부할 지방세로서 청구인이 승계하여야 할 지방세가 전혀 없었던 상태이었으므로, 그 후 피합병법인의 납세의무를 승계한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 할 수는 없는 것이라 하겠고, 셋째, 청구인의 경우에는 합병을 원인으로 이 사건 토지를 취득하여 취득세를 비과세받고, 등록세는 면제받았는 바, 합병으로 인한 취득 등기에 대하여는 그 후 이를 매각한다고 하여 추징할 수 있는 아무런 근거가 없다 할 것이므로, 유예기간 3년내에 이 사건 쟁점토지를 직접 공장용으로 사용하지 아니하였다 하여 처분청이 취득세 등을 추징한 처분은 취소 또는 경정되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은피합병법인이 산업단지내의 토지를 취득하여 취득세 감면받은 후유예기간 이내에 합병으로 인하여 합병법인이 이를 취득하였다가 매각한 경우 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 것이라하겠다. 먼저 관계법령을 살펴보면, 지방세법 제110조 본문에서 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정한 다음, 그 제4호에서 법인의 합병 또는 공유권의 분할로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병후에 제112조의2 및 제112조의3의 규정에 의한 과세물건에 해당하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 같은 법 제276조 제1항에서 산업입지및개발에 관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 납세의무가 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다) 또는 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 되는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제281조 제2항에서 대통령령이 정하는 법인의 합병으로 인한 법인등기와 합병으로 인하여 양수받은 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정한 다음,지방세법시행령제227조 본문에서 법 제281조제2항에서 "대통령령이 정하는 법인의 합병"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 합병을 말한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 행정자치부장관이 산업자원부장관과 협의하여 고시한 업종간의 합병이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1997.9.20. 피합병법인이 취득가액을 31,467,149,470원으로 하여 이 사건 토지 취득한 후 감면신청을 하자, 처분청은 1997.10.20. 산업단지내의 토지로 보아 취득세 등을 감면하였고, 피합병법인이 소유하고 있던 부동산 수용에 따른 보상금 13,663,813,000원에 해당하는 취득세를 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특별세액에 대하여 환부신청을 하자 처분청은 1998.5.28. 농어촌특별세 81,982,480원을 환부하였으며, 1999.6.30. 청구인이 피합병법인을 흡수합병하고 합병 등기를 하였고, 2004.6.24. 이 사건 토지를 15필지로 지분분할한 후 2004.6.17. 나대지인 이 사건 쟁점토지(○○-○○번지)에 대하여 (주)○○케미칼과 매매계약을 체결하고, 2004.7.7. 이 사건 쟁점토지를 매각하였음을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 합병 당시 피합병법인이 납부한 지방자치단체의 징수금이 없었으며, 청구인은 합병을 원인으로 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 비과세 및 감면받았으므로 추징대상에 해당되지 아니할 뿐만 아니라, 피합병법인이 대체취득에 따른 비과세를 받은 부분에 대하여까지 취득세 등을 추징한 처분은 부당하므로 이 사건 부과처분은 취소 또는 경정되어야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면,피합병법인은 산업단지내의 이 사건 토지에 대하여 지방세법 제276조의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 감면받고, 그 후 다시 농어총특별세중 일부는 대체취득에 대한 비과세에 해당된다고 보아 환부를 받았으며, 토지 취득일로부터 1년 9개월이 경과할 무렵 청구인은 합병을 원인으로 이 사건 토지를 승계취득하였는 바, 합병의 경우 피합병법인의 권리의무를 포함한 일체의 포괄승계하는 것으로서, 산업단지내의 토지에 대하여 취득세 등을 감면하면서 3년 간의 유예기간내에 이를 취득목적대로 공장용으로 사용할 의무를 부여하고 있으므로, 이러한 사용의무도 합병법인이 이를 승계한다고 보아야 할 것으로서, 청구인은 잔존 의무기간내에 이를 공장용으로 사용하여야 할 것인데도, 피합병법인이 토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 공장용으로 사용하지 아니하고 있다가 이를 나대지 상태로 매각하였으며, 유예기간내에 이를 사용하지 못한 정당한 사유가 없는 이상 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당된다 할 것으로서 이에 대한 청구인의 주장은 이유가 없다 하겠다. 그러나, 피합병법인은 이 사건 토지중 일부에 대하여 기존에 소유하고 있던 부동산에 대한 대체취득으로 인하여 취득세 비과세분에 해당하는 농어촌특별세를 환부받은 사실이 확인되고 있으며, 비록 피합병법인이 당초 이 사건 토지를 취득시 지방세법 제276조를 근거로 취득세 등을 감면받았지만, 그 후 농어촌특별세를 환부받으면서 대체취득에 대한 비과세부분이 있음을 표시하고 처분청도 이를 인정한 사실을 보면, 이 사건 토지중 일부는 대체취득에 따른 비과세요건을 갖추고 있다고 보아야 할 것이고, 이와 같이 대체취득 부분에 대하여는 취득세 등을 추징할 수 없다고 보아야 할 것으로서, 처분청이 대체취득부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 4. 6. 행 정 자 치 부 장 관