청구인이 취득 등기한 부동산 내에서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 임대업을 영위하고 있는 지점에 해당하는 지의 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2004.11.9. 청구인에게 부과 고지한 등록세 1,116,000,000원 지방교육세 204,600,000원 합계 1,320,600,000원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인(본점소재지: ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○층)이 2003.4.30. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 3,221㎡와 동 지상건축물 11,204.8㎡(지하 3층, 지상 7층, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득하고 같은 날 소유권이전등기를 필하고 등록세 등을 신고납부 하였으나, 2004.6.30. 처분청 세무담당공무원(○○행정주사 김○○외 1인)의 세무조사에서 2003.5.7. 이 사건 부동산을 사업장 소재지로 하여 사업자등록(사업개시일: 2003.4.30.)을 필하고 직원 2명(안○○ 과장외 1인)이 상주하면서 부동산 임대업을 계속 수행하고 있으므로 이 사건 부동산을 지방세법 제131조제1항제3호에서 규정하고 있는 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산등기로 보아 이 사건 부동산의 취득가액(15,500,000,000원)에 같은 법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 1,116,000,000원, 지방교육세 204,600,000원, 합계 1,320,600,000원(가산세 포함)을 2004.11.9. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 부동산임대업 등을 목적사업으로 하여 1991.3.21. 법인을 설립하고 2003.4.30. 이 사건 부동산을 취득하여 소유권 이전등기를 필한 다음 같은 날 부동산 관리전문회사인 (주)○○(대표이사 최○○)와 자산관리위탁계약(기간: 2003.5.1.～2004.4.30.)을 체결하고 연 위탁관리비(청구인:120,417,300원 구분소유자:28,795,900원 합계:149,213,200원)를 지불하면서 건물운영에 관련된 업무(임대계약 등 제반계약의 준수, 임차료와 기타수금업무, 시설관리, 미화관리, 주차관리 등) 일체를 관리 수행토록 하고 2003.5.7. ○○세무서장에게 사업자등록을 필한 후 청구인의 본사에 근무하는 직원 2명(안○○ 과장외 1인)이 수시로 출장을 가서 위탁관리업체의 성실한 업무수행 여부확인 등을 하고 있지만, 청구인들의 직원들이 근무할 수 있도록 별도의 사무실을 설치한 사실도 없을 뿐만 아니라 부동산임대료 징수도 위탁관리업체나 입주자들이 직접 본사가 개설한 은행(○○은행 ○○지점)구좌에 입금하고 있는 등 이 사건 부동산의 모든 임대업무의 영업활동은 모두 본사와 위탁관리업체인 (주)○○가 직접 처리하고 있음에도 이 사건 부동산을 대도시내 지점 설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 취득 등기한 부동산 내에서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 임대업을 영위하고 있는 지점에 해당하는 지의 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다라고 규정하고 있고, 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하며 “지점 등” 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다라고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면 청구인은 2003.4.30. 이 사건 부동산을 취득하고 같은 날 소유권이전등기를 필하고 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하였으나 2004.6.30. 처분청 세무담당공무원(○○행정주사 김○○외 1인)의 세무조사에서 2003.5.7. 이 사건 부동산을 사업장 소재지로 하여 사업자 등록을 필하고 직원 2명(안○○ 과장외 1인)이 상주하면서 부동산 임대업을 수행하고 있으므로 이 사건 부동산을 지방세법 제131조제1항제3호에서 규정하고 있는 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 이 사건 등록세 등을 2004.11.9. 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 처분청에서는 인적·물적 시설을 갖추고 사업자등록을 필한 다음 부동산 임대업을 영위하고 있다고 주장하고 있는 반면, 청구인은 부가가치세법상 사업자 등록은 필하였으나 인적·물적 시설을 갖추지 아니하였으므로 이 사건 부동산은 지점 설치에 따른 부동산에 해당되지 아니하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제138조제1항제3호와 같은법시행령 제102조제2항 전단 및 같은법시행규칙 제55조의2의 각 규정에 의한 등록세 중과세 요건인 지점으로 보기 위하여는 각 세법 규정에 의하여 사업장으로 등록된 사실 및 실질적으로 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사무 또는 사업을 행하여야 할 것이며, 여기서 “인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소”라 함은 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당(대법원판결: 92누10029 1993.6.11.)하다고 할 것인데, 청구인의 경우 2003.5.7. 이 사건 부동산을 사업장 소재지로 하여 ○○도 ○○세무서장에게 사업자 등록을 필하고, 2003.4.30. ○○(주)와 이 사건 부동산 관리에 관한 자산관리 위탁계약을 체결하였으며, 그 계약서를 보면 제1조(계약의 목적)에서는 자산관리자가 건물운영에 관련된 각 부분(임대계약 등 제반계약의 준수, 임차료와 기타수금업무, 시설관리, 미화관리, 보안관리, 주차관리 등)의 관리업무를 수행하기 위한 계약이다라고 하고, 제3조(8)에서는 자산관리자는 위탁자가 요청하는 경우 건물의 임대를 위하여 임차인과 신규임대차 또는 재임대차계약을 체결하여야 한다라고 하였으며, 제13조에서는 위탁자는 자산관리자의 관리요원이 업무를 수행하기 위해 필요한 관리사무실 등을 제공한다라고 하였고, 이에 따라 자산관리자인 ○○(주)는 이 사건 부동산의 건축물 5층 복도 28.36㎡를 사무실로 사용하면서 이 사건 부동산의 임대차 계약서상 계약자는 청구인 명의로 되어 있지만, 이 사건 부동산에 대한 임대차 계약업무는 ○○(주)가 수행한 사실이 임차인인 (주)○○점(이○○외 1명), ○○웨딩홀(원○○), 식당가○○(강○○, ○○식당(김○○), ○○(부원장 신○○), ○○치과(정○○) 등의 사실확인서에 의하여 입증(계약체결은 위탁관리회사 직원인 문○○ 부장 또는 강○○ 과장과 임대차 계약체결을 협의하였다고 자필로 서명)되고 있으며, 이 사건 구술심리 당시(2005.2.28.) 청구인의 ○○관리팀장(이○○)이 ○○(주)가 입주하고 있는 사무실에는 ○○(주)의 직원용 책·걸상 3개가 놓여 있을 뿐 청구인의 직원용 책·걸상은 없다고 진술하고 있고 처분청(세무조사담당 김○○)에서도 이를 부인하지 않고 있는 점과 ○○(주)의 사무실은 직원 2명(안○○외 1인)외에 별도로 청구인의 직원 2명이 함께 계속적으로 근무할 수 있는 공간도 없을 뿐만 아니라, 달리 청구인의 직원 2명이 상시적으로 근무하는 물적설비를 갖추었다는 증거를 찾아볼 수 없는 사실 등을 종합하여 보면, 이 사건 부동산을 취득한 후 청구인 명의로 사업자등록을 필하였다는 사실만으로 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사업이 행하는 지점을 설치하였다고는 볼 수 없다 하겠으므로, 처분청에서 중과세율을 적용하여 산출한 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 3. 3. 행 정 자 치 부 장 관