[요지] 제조시설 설치를 위한 준비단계에서 이를 지원하기 위한 업무를 수행하는 장소로 사용하고 있었다 기보다는 물류용역계약과 관련한 업무를 수행하기 위한 사무실로 사용하였다고 봄이 타당함
[요지] 제조시설 설치를 위한 준비단계에서 이를 지원하기 위한 업무를 수행하는 장소로 사용하고 있었다 기보다는 물류용역계약과 관련한 업무를 수행하기 위한 사무실로 사용하였다고 봄이 타당함
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.8.11. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지 토지 6,776.4㎡를 취득한 후 2004.5.1. 동 지상에 공장용건축물 6,681.72㎡(지상 3층, 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축 취득한데 대하여 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조제1항의 규정에 의하여 산업단지안에서 공장용건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 면제하였으나, 2004.8.16. 인천광역시 세무조사 결과 이 사건 부동산 중 일부(지상 1·3층, 건축물 5,866.02㎡, 부속토지 5,949.14㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 청구외 ○○(주)의 물류창고와 청구인의 사무실 등으로 사용하고 있으므로, 이를 공장용건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점 부동산에 대한 취득가액(6,640,245,530원)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 162,276,730원, 농어촌특별세 14,608,530원, 등록세 145,561,530원, 지방교육세 26,686,270원, 합계 349,133,060원(가산세 포함)을 2004.11.8. 부과 고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 산업단지 내에 본점을 두고 운송주선 및 복합운송주선업, 포장용 박스제조업, 보관 및 창고업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 공장용에 사용할 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 공장용건축물 중 지상 1·2층에 대하여 청구외 ○○(주)와 물류용역계약을 체결하였는 바, 청구외 ○○(주)가 지상 2층은 가스기기류의 수리 및 정비공장으로 사용하고 있고, 지상 1층은 수리 및 정비대상 물품의 보관창고로 사용하고 있으므로, 지상 1·2층은 불가분의 관계에 있음이 명백하다 할 것임에도, 지상 1층을 물류업에 사용하고 있는 것으로 보아 공장용에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 판단한 것은 잘못이고, 공장용건축물 중 지상 3층은 세무조사 당시 공장용에 직접 사용하기 위한 준비단계에 있었음에도 청구인의 사무실로 사용하고 있었다고 하여 유예기간이 경과하기도 전에 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지 내의 공장용부동산을 취득한 후 일부는 임대하여 물류창고로, 일부는 사무실로 사용하고 있는 경우 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제276조제1항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용건축물·연구시설 및 시험생산용건축물(이하 이 조에서 “공장용건축물 등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권 외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)하되, 그 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 공장용건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 제1항 및 제2항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행규칙(2005.2.1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제116조에서 법 제276조제4항의 규정에 의한 공장의 범위에 관하여는 제115조제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제115조제1항에서 법 제275조제2항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정한 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200 제곱미터 이상인 것을 말하되, 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설을 포함한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.8.11. 공장용지를 취득한 후 2004.5.1. 공장용건축물을 신축 취득한 다음 2004.8.19. 목재포장용 상자 및 유사용기 제조업(분류번호, 20239)으로 공장등록을 한 사실과 2004.8.16. ○○시 세무조사담당공무원(지방세무주사보 김○○외 1인)의 현지확인 결과 공장용건축물 취득 이전인 2004.3.24. 청구외 ○○(주)와 물류용역계약을 체결한 후 2004.7.1.부터 물류용역업무를 수행하면서 쟁점 부동산 중 지상 1층은 청구외 ○○(주)에게 물류창고로 임대하고 있고, 지상 3층은 청구인의 사무실로 사용하고 있는 사실이 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 청구외 ○○(주)가 지상 2층은 가스기기류의 수리 및 정비공장으로, 지상 1층은 수리 및 정비대상 물품의 보관창고로 사용하고 있으므로, 지상 1층은 공장의 부속시설이라 할 것임에도 물류업에 사용하고 있는 것으로 보아 공장용에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 판단한 것은 잘못이라 하겠고, 지상 3층은 세무조사 당시 공장용에 직접 사용하기 위한 준비과정에 있었음에도 청구인의 사무실로 사용하고 있었다고 하여 유예기간이 경과하기도 전에 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있지만, 구 지방세법 제276조제1항에서 산업단지 내 공장용 부동산에 대한 취득세 등의 감면을 규정하면서, 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자가 취득하는 경우도 감면대상에 포함하고 있으므로, 공장용건축물을 신축한 다음 중소기업자에게 임대하여, 임차인이 그 임차부동산을 공장용으로 사용하고 있는 경우라면 동 감면규정 단서에 의한 추징대상에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이나, 쟁점 부동산의 건축물 중 지상 1층의 경우 2004.3.24. 청구인과 청구외 ○○(주)가 체결한 물류용역계약서를 보면 제1조에서 “본 계약서는 ○○(주)가 제조, 판매하는 모든 제품(상품)의 보관 및 하역작업에 대하여 ○○(주)의 집약재고기지인 청구인의 물류창고내 일체의 물류 업무사항에 대하여 적용한다”고 하고 있고, 그 제5조에서 물품의 입·출고는 ○○(주)가 발행한 입고전표와 거래명세표에 의해서만 가능하며, 청구인은 ○○(주)의 생산품 및 OEM제품, 수입품 등의 입고시 신속히 대응 할 수 있는 능력을 구비하여야 하고, ○○(주)에서 요구하는 당일의 출고ORDER량, 시간 등에 대하여 이의를 제기할 수 없으며, 어떠한 출고ORDER에 대해서도 능동적으로 대처할 수 있는 출고SYSTEM을 구비하여야 한다고 명시하고 있는 등 계약내용이 청구외 ○○(주) 제품의 보관 및 취급에 관한 것이 주를 이루고 있는 점으로 미루어 볼 때, 지상 1층은 청구외 ○○(주)가 공장용도가 아닌 제품의 물류창고로 사용하고 있는 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로, 물류창고가 아닌 공장의 부속시설이라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠고, 쟁점 부동산의 건축물 중 지상 3층의 경우 청구인은 공장용건축물 취득 이전인 2004.3.24. 청구외 ○○(주)와 물류용역계약을 체결한 후 아무런 제조시설을 갖추지 아니한 채 2004.7.1.부터 청구외 ○○(주)의 물류용역업무를 수행하다가, ○○시 세무조사 이후인 2004.8.19. 목재포장용 상자 및 유사용기제조업(분류번호, 20239)으로 공장등록을 한 점과 공장등록 이후인 2005.1.21.처분청 세무담당공무원(지방세무서기 이○○)의 출장복명서에서 지상 3층의 일부는 사무실로 사용하고 있으나, 그 나머지는 청구외 ○○(주)가 수리중인 제품과 종이상자, 수리한 제품을 포장하는 시설(벤딩기)과 관련 부품 등이 놓여 있는 등 제조시설을 갖추고 제품을 생산하는 공장의 형태가 아니라 수리제품을 포장하고 일시적으로 보관하는 장소로 사용하고 있는 것으로 확인하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 상자(BOX) 제조시설 설치를 위한 준비단계에서 이를 지원하기 위한 업무를 수행하는 장소로 사용하고 있었다기 보다는 청구외 ○○(주)와 체결한 물류용역계약과 관련한 업무를 수행하기 위한 청구인의 사무실로 사용하였다고 봄이 타당하다 할 것으로, 공장용 부동산을 취득한 후 공장용에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 경우에는 그때에 구 지방세법 제276조제1항 단서에서 규정하고 있는 취득세 등의 추징요건이 완성되어 납세의무가 성립된다 하겠고, 그후 취득한 부동산을 공장용에 직접 사용한다 하더라도 일단 적법하게 성립된 납세의무를 소급하여 면할 수는 없다 하겠으므로, 유예기간이 경과하기 전에 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다는 주장 또한 받아들일 수 없다 할 것으로, 처분청이 쟁점 부동산에 대하여 이 사건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2005. 2. 3. 행 정 자 치 부 장 관