조합이 취득한 부동산을 구매 및 판매사업에 사용하는 경우 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는 지 여부(기각)

[주 문] 처분청이 2004.10.12. 청구인에게 부과 고지한 취득세 30,380,730원, 농어촌특별세 2,784,880원, 등록세 20,806,900원, 지방교육세 4,756,380원, 재산세 1,962,860원, 종합토지세 2,746,200원, 합계 63,437,950원(가산세 포함)을 취득세 17,756,240원, 농어촌특별세 3,373,930원, 등록세 10,187,200원, 지방교육세 2,388,110원, 재산세 1,147,210원, 종합토지세 1,455,290원, 합계 36,307,980원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.8.17.과 1999.9.11. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○-○번지 대지 473㎡와 같은 리 ○○-○○번지 대지 265㎡를 각각 취득하고, 2000.6.19. 동 지상에 건축물 990.0㎡(토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축 취득함에 따라 지방세법 제266조제5항의 규정에 의하여 ○○조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세 등을 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세(2001년～2003년)와 종합토지세(2000년～2003년) 등도 면제하였으나, 2004.5.24. ○○도의 세무조사 결과 이 사건 부동산을 조합원·비조합원 구분없이 불특정다수인을 상대로 영리사업인 ○○마켓으로 사용하고 있으므로, 이를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(1,265,865,429원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 30,380,730원, 농어촌특별세 2,784,880원, 등록세 20,806,900원, 지방교육세 3,814,590원, 합계 57,787,100원(가산세 포함)과 각 연도별 과세표준에 지방세법 제188조제1항 및 같은 법 제234조의16의 세율을 적용하여 산출한 재산세 1,962,860원, 종합토지세 2,746,200원, 지방교육세 941,790원, 합계 5,650,850원을 2004.10.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하고 있는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는 것이므로, ○○조합의 고유업무에 관하여는 ○○조합법 제57조에서 규정하고 있는 사업에 관한 규정을 기준으로 판단하여야 할 것인 ○○, ○○마켓이란 지방자치단체 또는 지역농협이 부지를 제공하고, 정부가 시설비를 지원하여 지역농협이 설치·운영하는 농수산물유통및가격안정에관한법률 제68조제2항에 규정된 “생산자와 소비자의 직거래사업”에 해당되는 정부지원 직판시설로서 농산물직판장과 원예자재 및 생필품판매점 등 부대시설을 함께 운영하고 있는 것으로, 지역농협에서 조합원 자신이 생산한 농산물을 소비자에게 직접 판매할 수 있는 장소로 제공할 목적으로 농산물직판장을 설치 운영하는 것은 판매사업에 해당되고, 그 부대시설로서 원예자재나 생필품을 판매하는 매장을 설치 운영하는 것은 구매사업에 해당된다 할 것으로서, 이는 농업협동조합법 제57조제1항제2호 가목 및 나목에 규정된 사업에 해당된다(농림부 협동 51180-896, 2003.11.18) 하겠고, 둘째, 당해 사업의 목적사업 해당여부를 판단함에 있어 판매사업은 조합원(다른 조합, 다른 조합의 조합원 및 준조합원, 조합원이 아닌 농민, 준조합원 포함)이 생산한 농산물을 매입하여 일반인에게 판매하는 사업으로서, 농산물을 조합원으로부터 매입한 실적을 기준으로 하여야 하고, 구매사업은 조합원의 영농과 생활에 필요한 물자를 구입하여 조합원(준조합원 포함)에게 공급하는 사업으로서, 조합원에게 영농자재, 생필품 등을 판매한 실적을 기준으로 하여 판단하여야 하므로, 2003회계년도 농산물 매입액(6,225,139,042원) 중 농업인 등으로부터의 매입실적이 차지하는 비율이 90.9%(5,660,821,418원)이고,2003년도 총매출액(12,370,267,971원) 중 조합원 이용실적이 67.53%(8,354,253,720원)이며, ○○도 ○○시 ○○읍의 총인구 ○○명 중 총조합원은 ○○명(조합원 ○○명, 준조합원 ○○명)으로 그 비율이 78.4%인 사실로 볼 때, 비조합원의 사업이용량 제한규정(연간 3분의 1 이내)을 충족하고 있는 것으로 보아야 할 것으로, ○○마켓으로 이용되고 있는 이 사건 부동산은 농업협동조합법 제57조에서 규정하고 있는 판매 및 구매사업에 직접 사용하고 있는 부동산으로서, 지방세법 제266조제5항에서 규정하고 있는 면제요건을 충족하고 있다 하겠으므로, 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 ○○조합이 취득한 부동산을 구매 및 판매사업에 사용하는 경우 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 농업협동조합법 제19조제1항 및 제2항에서 조합원은 지역농협의 구역안에 주소나 거소 또는 사업장이 있는 농업인이어야 하며, 2 이상의 지역농협에 가입할 수 없고, 농업·농촌기본법 제15조 및 제16조의 규정에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인으로서 그 주된 사무소를 지역농협의 구역안에 두고 농업을 경영하는 법인은 지역농협의 조합원이 될 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 농업인의 범위는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 제20조제1항에서 지역농협은 정관이 정하는 바에 따라 지역농협의 구역안에 주소 또는 거소를 둔 자로서 그 지역농협의 사업을 이용함이 적당하다고 인정되는 자를 준조합원으로 할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제4조 본문 및 제1호 내지 제6호에서 법 제19조제3항의 규정에 의한 지역농업협동조합의 조합원의 자격요건인 농업인의 범위에 1천제곱미터이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자, 1년중 90일이상 농업에 종사하는 자, 잠종 0.5상자[2만립(粒) 기준상자)분이상의 누에를 사육하는 자, 별표 1의 규정에 의한 기준 이상의 가축을 사육하는 자와 그 밖에 축산법 제2조제1호에 규정된 가축으로서 농림부장관이 정하여 고시하는 기준 이상을 사육하는 자, 농지에서 330제곱미터이상의 시설을 설치하고 원예작물을 재배하는 자, 660제곱미터이상의 농지에서 채소·과수 또는 화훼를 재배하는 자라고 규정하고 있고, 같은 법 제57조제1항에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하면서 그 제2호 가목에서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업을, 나목에서 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업으로 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 다만 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목·사목(……)의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 지역농업협동조합정관례 제62조제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있으며, 농업·농촌기본법 제3조제1호에서 “농업”이라 함은 농작물생산업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 규정하고있고, 그 제6호에서 “농산물”이라 함은 농업활동에 의하여 생산되는 농작물·축산물·임산물 기타 대통령령이 정하는 산물을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.8.17.과 1999.9.11. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○-○번지 대지 473㎡와 같은 리 ○○-○번지 대지 265㎡를 각각 취득하고, 2000.6.19. 동 지상에 건축물 990.0㎡를 신축 취득한데 대하여 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세 등을 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세(2001년～2003년)와 종합토지세(2000년～2003년) 등도 면제하였으나, 청구인이 운영하고 있는 ○○마켓을 불특정다수인을 상대로 하는 영리사업으로 보아 기 과세면제한 취득세 등을 추징한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 ○○마켓으로 사용하고 있는 것은 농업협동조합법에서 규정하고 있는 구매 및 판매사업에 사용하는 것으로서, 비조합원의 사업이용량이 3분의 1을 초과하지 아니하여 고유업무에 직접 사용하는 것이라 하겠으므로 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 지방세법 제266조제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제하되, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 농업협동조합법 제57조제1항제2호 가목 및 나목에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업과 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목(……) 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 정관 제63조제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있으며, 농업협동조합법 제5조제3항에서 조합과 중앙회는 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서의 영리 또는 투기목적의 업무라 함은 조합 자체의 이윤획득 또는 잉여금 배당목적의 업무를 말하는 것으로서 이는 구성원인 조합원을 대상으로 하여 조합의 영리목적으로 사업을 해서는 아니되는 것과 조합원과 관계없는 사업경영으로 조합자체의 영리를 도모하는 것을 금지하는 취지라 하겠고, 또한 비조합원이 이용하는 것도 허용되지만 일정사업에 대하여는 정관으로 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 규정하고 있는 것일 뿐이므로, 비조합원의 사업이용량이 전체 이용량의 3분의 1 이내일 경우에 한하여 고유업무에 해당되는 것(대법원 판결 92누10630, 1993.5.14)이라 할 것으로, 청구인의 판매사업의 경우 연도별 ○○마켓의 농축산물 총매입액 중 농업인으로부터의 매입액이 차지하는 비율이 2000년도에 92.3%(매입액 2,424,000,118원 중 2,237,651,209원), 2001년도에 93.0%(매입액 4,269,614,382원 중 3,968,325,667원), 2002년도에 93.3%(매입액 4,871,367,782원 중 4,548,242,716원), 2003년도에 93.2%(매입액 5,371,498,233원 중 5,009,332,369원)로서 비농업인으로부터의 매입액은 농축산물 매입액의 3분의 1을 초과하지 아니한 사실이 청구인이 제출한 연도별 합계잔액시산표, 농산물 매입처별 현황 등에서 확인되고 있으므로, 농산물 등의 판매사업에 사용하고 있는 면적[(건물 411.38㎡, 공용면적 포함), 부속토지 132.78㎡]은 청구인의 고유업무에 직접 사용되고 있다고 보아야 하겠으므로 이 부분에 대한 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 판단되고, 구매사업의 경우 청구인은 2003년도 총매출액 중 비조합원의 사업이용량이 32.47%이고, 사업구역 내의 인구수 대비 조합원(준조합원 포함) 비율이 78.4%로서 3분의 1을 초과하지 아니하므로 고유업무에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 생필품 등의 판매시설은 조합원·비조합원 구분없이 불특정 다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없고, 농업협동조합법 제20조제1항 및 정관 제15조에서 준조합원의 자격을 조합의 구역안에 주소 또는 거소를 둔 자로 한정하고 있으나, 회원제로 운영되고 있는 ○○마켓의 회원가입대상에는 청구인의 조합원과 준조합원 뿐만 아니라, 타 지역조합원과 준조합원을 포함하고 있음에도, 청구인이 ○○마켓의 이용현황을 제출하면서 청구인의 조합원 및 준조합원과 타 지역의 조합원과 준조합원의 이용실적을 구분한 자료를 제시하지 못하고 있는 이상, 이를 비조합원의 사업이용량이 3분의 1을 초과하고 있지 아니하다는 주장을 뒷받침할만한 객관적인 증거로 인정하기는 어렵다 하겠고, 청구인의 사업구역 내의 인구수 대비 조합원 비율 역시 이와 달리 볼 수도 없다 하겠으므로, 구매사업의 경우 처분청이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 부분에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 12. 29. 행 정 자 치 부 장 관