종교단체가 교회건물 일부를 부목사, 전도사 등의 주거용으로 사용하고 있는 경우 종교용에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004.9.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 1,107,220원, 등록세1,660,840원, 지방교육세 304,480원, 합계 3,072,540원(가산세 포함)을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.1.5.○○시○○구○○동○○-○번지외 1필지 대지 461㎡와 동 지상건축물 995.11㎡(옥탑면적 제외) 중 청구외○○회○○지구(대표자 정○○) 소유지분(1/2, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다) 전부를 취득한데 대하여 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 종교용 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 2004.6.21. 처분청 담당공무원(○○주사보 임○○외 1인)의 현장확인에서 이 사건 부동산의 건축물 중 93.28㎡(지상 3·4층 일부, 부속토지 43.21㎡를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 부목사와 전도사의 주거용으로 사용하고 있으므로, 쟁점 부동산을 종교용에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 쟁점 부동산의 취득가액(46,134,823원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,107,220원, 등록세 1,660,840원, 지방교육세 304,480원, 합계 3,072,540원(가산세 포함)을 2004.9.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 교회에 따라 부목사도 필요불가결한 중추적인 지위에 있다 할 수 있고, 중추적인 지위에 있지 아니하더라도 교회에서 종교활동을 하고 있으며, 이러한 종교활동을 위하여 주거가 필요한 것이라면 종교목적에 직접 사용한 것으로 보아야 하겠고, 부목사 등의 사택은 교회와 떨어진 별도의 건물이 아니고 교회건물의 일부로서, 주거공간은 교육관을 거쳐 출입이 가능하도록 되어 있을 뿐만 아니라, 일반 성도들이 수시로 드나들면서 신앙상담과 신앙교육 및 소규모 집회장소로 이용되고 있으므로, 쟁점 부동산은 종교용에 직접 사용하고 있는 부동산이라 할 것으로, 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 의견 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 교회건물 일부를 부목사, 전도사 등의 주거용으로 사용하고 있는 경우 종교용에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호, 같은법시행령 제78조의2제1항 및 제79조제1항제1호에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○번지외 1필지(대지 461㎡)상에 지상건축물 995.11㎡를 신축 취득한 후 1999.1.25. 청구인 명의로 소유권보존등기를 하였고, 그후 1996.6.29. 명의신탁해지를 원인으로 이 사건 부동산을 ○○회 ○○지구에 소유권을 이전하였다가 2003.1.5. 이 사건 부동산을 다시 취득한 사실과 건축물의 지하 1층은 예배실로, 지상 1층 내지 지상 5층을 종교용으로 사용하면서 지상 3층과 지상 4층의 일부를 부목사와 전도사의 주거용으로 사용하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 부목사 등의 사택인 쟁점 부동산이 교회건물의 일부로서, 주거공간은 교육관을 거쳐 출입이 가능하도록 되어 있고, 일반 성도들의 신앙상담과 신앙교육 및 소규모 집회장소로 이용되고 있으므로, 종교용에 직접 사용되고 있는 부동산에 해당된다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세 등을 비과세하되, 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세 등을 부과한다고 규정하고 있고, 동 규정에서의 “직접 사용”의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는 지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것인 바, 청구인의 경우 쟁점 부동산은 본당 및 교육관과 따로 떨어져 있지 아니하고 부속되어 있는 교회건물의 일부로서, 교회 신도들의 자유로운 출입이 가능하도록 개방되어 있고, 부목사·전도사 등의 사택으로의 출입이 청년부·중고등부실 등 교육관을 통하도록 되어 있는 특성으로 미루어 볼 때, 쟁점 부동산은 단지 부목사 등의 주거용으로만 공여되고 있다기 보다는 부목사 등의 사택으로 사용됨과 동시에 당해 교회 신도들의 신앙상담, 신앙교육 및 소규모 집회활동 등 부목사 등에게 부여된 직무도 함께 수행하는 용도로 사용되고 있는 것이라 하겠으므로 종교용에 직접 사용되고 있는 것으로 판단된다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2004-224호, 2004.8.30)으로, 처분청이 쟁점 부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 12. 29. 행 정 자 치 부 장 관