창업중소기업이 사업용 재산을 취득하여 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 경우 정당한 사유에 해당하는지 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004. 8. 17. 청구인에게 부과고지한 취득세 90,480,000원, 농어촌특별세 8,294,000원, 등록세 135,720,000원, 지방교육세 24,822,000원, 합계 259,376,000원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2002. 2. 8.○○도○○시○○면○○리○○번지 외 34필지 150,101㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하여 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항에 의한 창업중소기업의 사업용재산에 해당하여 취득세와 등록세를 감면받은 후, 취득일로부터 2년이 경과하여도 사업에 직접 사용하지 아니하므로 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항 단서규정에 따라 이 사건 토지의 취득가액 3,770,000,000원을 과세표준액으로 하여 취득세 90,480,000원, 농어촌특별세 8,294,000원, 등록세 135,720,000원, 지방교육세 24,822,000원, 합계 259,376,000원을 2004. 8. 17. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지는 청구인이 취득하기 전에 청구외 (주)○○건설이 임야를 공장부지로 개발하고 부도가 발생한 곳으로서, 취득 후 인근 주민들의 반발이 대단히 많은 곳이고 안전에 문제가 있다는 여론에 따라 이를 보완하기 위하여 용역계약에 의하여 지반조사를 실시한 결과 안전도에 문제가 있다는 의견이 있어 부득이 설계변경을 하였고, 공사착공을 위하여 소재지 주민들과 수차례 협상하여 마을발전기금 2억3천만원 기탁과 장학제도 신설 등을 합의하였고, 주변의 부동산 3건도 시가보다 높은 가격으로 매입하는 등 당해사업에 직접사용하기 위하여 노력하였으므로 정당한 사유에 해당되어 과세처분은 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 사업용 재산을 취득하여 지반 불안정과 이에 따른 민원의 발생으로 2년 이내에 당해 사업에 직접 사용하지 못한 경우 정당한 사유에 해당하는지 여부가 쟁점이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 조세특례제한법 제119조 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용재산을 그 취득일(등록일)부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001. 11. 3.에 창업한 중소기업으로서, 2002. 2. 8. 이 사건 토지를 경락으로 취득하여 2002. 3. 5. 용역계약을 통하여 지반조사를 실시하고, 그 결과를 토대로 2002. 11. 4.에 공장신설변경승인 신청을 하여 2003. 2. 11. 처분청으로부터 승인을 받았으며, 2004. 5. 7. 청구외 김○○외 2인으로부터 이 사건 토지의 인근토지 임야 1,081㎡(○○리 산○○,○번지)를 2억5천만원에 매수하고 공사착공합의서를 체결하였으며, 2004. 6. 9. 인근주민 청구외 한○○외 1인과 공사착공합의서를 체결하면서 합의금으로 1,500만원을 지급하였고, 2004. 6. 25. 이 사건 토지의 인근토지 826㎡(○○리○○번지)를 청구외 김○○로부터 2억5천만원에 매수하고 공사합의서를 체결하였으며, 2004. 7. 2. 인근주민 청구외 조○○와 공사착공합의서를 체결하면서 합의금 2,500만원을 지급하였고, 2004. 7. 3. 마을주민대표와 합의서를 체결하면서 마을발전기금으로 2억3천만원을 기탁하고 마을의 소하천 석축공사에 필요한 자재 제공 및 마을주민 자녀에 대한 장학제도 신설 등을 약정하는 등의 노력을 통하여 민원을 해결하고 2004. 8. 10.에 공장부지 조성공사에 착공하였으나 취득일로부터 2년이 경과한 2004. 2. 8.까지 이 사건 토지를 사업에 직접 사용하지 아니함으로 기 감면된 취득세 등이 추징되었음은 제출된 관계서류에서 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 일반적으로 납득할 수 없는 민원의 발생으로 공사가 지연되었고, 이를 합리적으로 해결하고 불안한 지반에 대한 보강공사를 착공한 점으로 볼 때, 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있는바 이에 대하여 살펴보면, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750판결), 이 사건의 토지는 전답층 상부에 성토작업으로 조성된 공장부지로서 근본적으로 지반 안전성에 문제가 있는 지역으로서, 청구인은 이러한 외부적 사유에 대해서 취득 직후 용역계약을 통하여 지반조사 및 사면석축 점검을 의뢰한 결과 안정성에 문제점을 발견하고, 공장부지를 보강하기 위한 공사를 포함한 공장신설변경승인을 신청하였으며, 이러한 설계변경승인신청에 대하여 처분청에서는 2003. 2. 11. 부지면적 및 단지높이 변경승인처분을 하였으나, 인근주민들의 민원이 계속되어 청구인으로서는 1년여에 걸친 협상 끝에 모든 민원을 해결하고 공장부지 보강공사 및 조성공사를 착수한 것으로서, 지반의 불안정성을 방치한 채 공장건설을 강행할 경우, 집단 민원을 피할 방법이 없을 뿐만 아니라 향후 석축 붕괴 등 대형사고로 이어질 수 있는 점을 고려할 때, 지반조사 등 안전성 검사를 통한 지반보강공사는 필수적이라고 보여지며, 이러한 사실상의 장애에 대하여 청구인은 770만원을 소요하여 지반조사를 하고 그 결과에 따라 설계변경승인신청을 하여 처분청의 승인을 받았으며, 또한 인근주민들의 계속되는 민원을 해결하기 위한 합의 과정에서 공사착공시 예상되는 피해를 보상하는 합의서를 청구외 한○○외 2인과 체결하고 합의비용 4,000만원을 지급하였으며, 지가하락이 예상되는 인근토지 3필지 등을 시가보다 높은 가액인 5억원에 매수하였고, 마을주민대표와 합의서를 체결하면서 마을발전기금 2억3천만원을 기탁하는 등 당해 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 보이고, 2004. 7. 3. 인근주민과의 최종합의가 이루어진 후 한달 여 만인 2004. 8. 10.부터 공장부지 보강공사 및 조성공사를 착공한 점을 볼 때, 비록 부과처분이 이루어진 현재 공장건물의 착공조차 이루어지지 않고 있다고는 하나, 이러한 일련의 과정을 종합해 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 취득하고 당해 사업 이외의 다른 목적에 사용하거나 처분하려는 경우도 아니거니와, 2년 이내 직접 사용하고자 하여 진정한 노력을 다하였으나 대규모 공장부지의 지반 및 석축의 안정성 문제와 그에 따른 민원 등으로 인해 유예기간 내에 당해 사업에 사용하지 못한 것은 정당한 사유에 해당한다고 할 것이므로, 처분청이 이 사건 토지에 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 12. 29. 행 정 자 치 부 장 관