유예기간내 벤처기업집적시설을 조성하지 못한 채 매각한 경우가 정당한 사유로 볼 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 벤처기업집적시설을 개발·조성하기 위한 목적으로 2000.2.25. 매매계약을 체결한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 1필지 대지 860.8㎡상에 있는 건축물 10,590.66㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 같은 해 4.24. 벤처기업집적시설로 지정(지정면적 7,360.30㎡)받아 같은 달 28일 구 지방세법 제276조제4항에 의한 감면대상으로 취득세 등을 감면받은 후 같은 달 30일 이 사건 부동산을 취득하였으나, 2003.4.3. 이 사건 부동산을 법령상 지정요건을 충족하지 못한 상태로 (주)금강에게 매각한 사실을 확인하고, 구 지방세법 제276조제4항 단서 규정에 의하여 기 감면된 취득세 316,911,010원, 농어촌특별세 29,050,170원, 등록세 1,426,099,560원, 지방교육세 261,451,580원, 합계 2,033,512,320원(가산세 포함)을 2004.7.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 데스크탑·노트북 및 PC모니터의 제조판매업을 영위하여온 상장법인으로서 이 사건 부동산을 벤처기업집적시설로 개발·조성할 목적으로 취득하여 벤처기업집적시설로 지정 받은 후 벤처기업 및 지원시설을 유치하여 일부 임대하다가 누적된 영업손실과 자금사정의 악화로 자본이 전액 잠식되어 2001.8월 부도가 발생하였고, 이에 따라 2001.10.25. 회사정리절차를 신청하여 법정관리 중 회사정리절차종결(2003.3.26.)에 따른 자금사정으로 부득이하게 이 사건 부동산을 매각한 것이므로 구 지방세법 제276조제4항 단서규정의 정당한 사유에 해당하는 것이며, 설사 추징사유에 해당한다고 하더라도 이 사건 부동산에 실제로 벤처기업이 입주한 면적(4,492.17㎡)은 추징대상에서 제외되어야 할 뿐더러 이 사건 부동산에 대한 조세채권은 회사정리절차 기간내에 정리채권으로 신고하지 않은 조세채권으로서 회사정리법에 의거 그 징수권의 효력이 상실되었다고 주장하고 있다(정리채권에 관한 사항은 취하함).

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 부도발생 등으로 법정관리절차가 진행되므로 유예기간내 벤처기업집적시설을 조성하지 못한 채 매각한 경우가 정당한 사유로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제276조제4항에서 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할목적으로 취득하는 부동산에 대하여는취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다고 하면서 단서에 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지아니하는 경우에는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되어 2001.1.1.부터 시행) 제276조제3항에서벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할목적으로 취득하는 부동산에 대하여는취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감하나,다만,그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에벤처기업집적시설의 지정이취소된 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다고 규정하고 있으며, 그 부칙 제10조에 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다고 규정하고 있고, 구 벤처기업육성에관한특별조치법(2000.1.21. 법률 제6195호로 개정되기 이전의 것) 제18조제1항에서 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하고자 하는 자는 시·도지사의 지정을 받아야 한다고 하고 있으며, 그 제3항에서 제1항의 규정에 의한 지정의 요건·지정신청 기타 지정에 관하여 필요한 사항은 산업자원부령으로 정한다고 하고 있고,구 벤처기업육성에관한특별조치법시행규칙(2000.8.16. 산업자원부령 제109호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조제1항에서 법 제18조제1항의 규정에 의하여벤처기업집적시설로 지정받을수 있는 건축물은 다음 각호의 요건을 갖춘 건축물로한다고 한 다음 그 제1호에서 3층 이상의 건축물에 1천 500제곱미터 이상의연면적을 확보하고, 6개 이상의 벤처기업이 입주할 것을, 그 제2호에서 제1호의 규정에의하여 확보된 연면적의 100분의 50 이상을 벤처기업이 차지할 것을, 그 제3호에서제1호의규정에 의하여 확보된 연면적의 100분의 75 이상을 벤처기업과 제4조의 규정에의한 지원시설(이하 "벤처기업 등"이라 한다)이 차지할 것을, 그 제4호에서벤처기업 등이차지한 면적외의 면적은 벤처기업 등과 관련있는 시설로서 중소기업청장이 정하여고시하는 시설이 차지할 것을 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1983.10.20. 데스크탑·노트북 및 PC제조판매업을 목적사업으로 법인을 설립하였고, 2000.4.24. 서울시 지정번호 제86호로 지정면적 7,360.3㎡에 KDS벤처센터라는 명칭의 벤처기업집적시설로 지정받은 다음 2000.4.30. 이 사건 부동산을 취득하여 비과세 받았으나 2001.8월 부도가 발생하였으며, 2001.8.24. 삼일회계법인의 자산실사(자산4,237억원, 부채9,380억원)와 2001.10.23. 채권금융기관협의회에서 청구인에게 채권조정 및 추가자금지원에 대한 협의가 부결되자 2001.10.25. 대구지방법원 파산부에 회사정리절차를 신청함에 따라 2001.11.24. 회사정리절차가 개시되었고, 2002.7월 법정관리인 김영남이 서울시에 제출한 벤처기업입주현황에서 (주)아이큐브외 4개 벤처기업이 당초지정면적(7,360.3㎡)의 71.55%에 해당하는 4,492.17㎡에 입주한 사실을 확인할 수 있으며,2002.11.26. 은행융자금을 차입하기가 어렵고 법원의 회사재산보존처분 때문에 청구인과 코니아-거너버스(2002.7.26. 청구인과 양해각서 체결후 2002.11.29. 본계약을 체결함. 이하 “컨소시엄사”라 한다)를 공동매도인으로, 금강(주)을 매수인으로 하여 이 사건 부동산에 대하여 법정관리의 성공적 종결을 전제아래 매매가(假)계약을 체결한 다음 2003.2.6. 법원으로부터 인수합병전제하에 정리계획을 인가받았고, 그 계획내용에 총채무액대 정리채권시인액 비율이 9.45%(총채무액 751,714억원에서 시인액 71,107억원임)이며, 컨소시엄사가 신주인수대금 550억원과 자산담보조건의 은행차입금 200억원으로 채무변제(700억원) 및 운영자금(50억원)으로 사용하도록 기재되어 있었고, 2003.2.27. 금강(주)으로 부동산 담보제공 및 설정기관으로 변경하는 부동산담보제공실행허가를 받았으며, 2003.3.26. 회사정리절차가 종결되었고, 2003.3.27. 청구인과 컨소시엄사를 매도인으로 하는 2차 부동산매매가(假)계약을 체결하여 매매대금 285억원을 278억원으로 조정하였으며, 2003.4.3. 본계약을 체결함과 동시에 매각하였고, 매각대금과 정리계획에 따라 확보된 금액(102,800백만원)으로 공익채권 1,126백만원, 정리채권 23,359백만원, 정리담보권 45,732백만원, 정리채권소송패소분 3,533백만원, 차입금 상환 20,000백만원, 대손공제 및 기타채권 1,112백만원, 회계법무 자문료 890백만원, 운영자금 5,000백만원, 이월액 2,048백만원에 사용한 사실이 있으며, 2004.7.10. 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득후 벤처기업집적시설의 지정요건을 충족하고자 노력하여 벤처기업입주비율을 71.55%까지 충족하였으나 관련업계의 불황으로 부도가 발생되었고, 이어서 기업회생을 위하여 정리절차개시·정리계획인가·정리절차종결 등의 법정관리절차를 거친 사실 등을 비추어 볼 때, 청구인은 최선을 다하여 노력하였는데도 부득이 법령상 지정요건을 충족하지 못한 것이라고 주장하므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법 제276조제4항에서 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제하나 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세·등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 구 벤처기업육성에관한특별조치법에 의한 벤처기업집적시설 지정요건은 6개 이상의 벤처기업이 입주하여야 하며, 벤처기업이 입주한 면적이 연면적의 50% 이상 및 벤처기업과 지원시설이 입주한 면적이 연면적의 75% 이상을 각각 차지하여야 한다고 규정하는데, 청구인의 경우 법정관리인이 관할관청에 제출한 벤처기업의 입주현황에 따르면, 지정면적에서 벤처기업이 입주한 면적이 차지한 비율은 71.55%이고, 입주한 벤처기업이 5개 기업뿐이며, 지원시설의 입주가 없어 벤처기업과 지원시설의 합한 면적이 지정요건인 75%를 넘지 않는 것이 확인되고 있고, 특히 유예기간내 매각하였으므로 법령상 지정요건을 충족하지 못하고 있음이 틀림없으며, 구 지방세법 제276조제4항단서에서, '정당한 사유'란 산업단지를개발·조성하지 못한 사유가 행정관청의 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 위 시설을 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 이를 조성할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 부동산의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업단지 조성을 포기한 경우는 이에 포함되지 아니된다고(대법원1989.2.28. 선고 88누5969 판결 참조) 하므로 청구인의 경우내부적으로 위 시설을 조성하기 위하여 법령상 지정요건 중벤처기업 입주비율(71.55%)만 충족되고 나머지 충족요건은 공실로 된 274.57㎡를 벤처기업으로 등록된 업체로 임대하고자 물색하던 상태에서 부도발생과 연이은정리절차개시 등의 법정관리절차를 거친 사실이 있으나, 이는 청구인 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등에 기인한 것이라 할 것으로서 이것이 외부적으로 부득이한 사유에 해당하거나 내부적으로 정상적인 노력을 하였다는 사유로 보기는 무리가 있다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠고, 또한, 청구인은이 사건 부동산에 실제로 벤처기업이 입주한 면적(4,492.17㎡)을 제외하고 나머지 면적(6,098.49㎡)에 대하여는 추징대상으로 보아야 할 것이라고 주장하나, 지방세법제276조제3항단서에서그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세 등을추징한다고 규정하고 있으나, 그 부칙 제10조에 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 취득할 당시는 현행법이 아닌 종전법의 적용을 받아야 할 것이므로 청구인의 주장은 근거가 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 12. 29. 행 정 자 치 부 장 관