창업중소기업이 취득한 부동산의 일부를 제3자에게 임대한 경우 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2003.2.5. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지외 3필지 공장용지 3,253㎡와 공장용 건축물 2,321.16㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여, 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세와 등록세 등을 면제하였으나, 이 사건 부동산 중 일부(건축물 1,508㎡, 부속토지 2,113.4㎡, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 직접 사용하지 아니하고 청구외 ○○상사(대표 장○○)에 임대하고 있음을 확인하고, 이 사건 부동산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(715,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 17,160,000원, 농어촌특별세 1,573,000원, 등록세 25,740,000원, 지방교육세 4,719,000원, 합계 49,192,000원(가산세 포함)을 2004.4.6. 부과 고지하였지만, 청구인이 2004.6.14. 이의신청을제기함에 따라 2004.8.4. 이의신청 결정기관인 ○○지사는 청구외 ○○상사에 임대한 쟁점 부동산에 대하여만 추징하는 것이 타당하다고 보아 취득세 11,148,420원, 농어촌특별세 1,021,930원, 등록세 16,722,630원, 지방교육세 3,065,810원, 합계 31,958,790원(가산세 포함)으로 경정 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항 단서의 “다른 목적으로 사용하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다”라는 규정은 당해 사업에 직접 사용하기 위한 준비중에 일시적으로 임대하는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다 하겠는 바, 청구인은 형광등 등 폐자원을 재생·가공하는 중소기업으로서, 환경보호 및 자원 재활용차원에서 서울과 경기지역에만 있는 형광등 재활용 업체를 영남과 호남지역으로 확산하고자 하는 정부방침에 따라 이 사건 부동산을 취득하였으나, 청구인이 재생·가공하고 있는 형광등의 경우 2003.1.1.부터 시행되기로 한 “자원의절약과재활용촉진에관한법률”의 시행시기가 1년 유예됨에 따라 설비자금(약 80억원)의 국고지원이 늦어지게 되었고, 당초 예상과는 달리 설비 또한 독일에서 수입하여야 하는 관계로 설치까지 상당한 시일이 소요되어, 이 사건 부동산을 관리하는데 어려움이 있어 현지 거주자에게 창고 용도로 무상사용토록 하면서 건물관리를 의뢰하였고, 2004.4.11. 독일로부터의 설비수입이 이루어져 심사청구일 현재 95% 설치가 이루어졌을 뿐만 아니라 일부 시험가동 중에 있으므로, 부동산 관리를 위하여 한시적·임시적으로 임대하였다는 사실만으로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 취득한 부동산의 일부를 제3자에게 임대한 경우 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 조세특례제한법 제119조제3항1호 및 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 폐유리 및 폐기물처리 재활용업, 전기전자제품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 2001.2.20. 설립된 법인으로서, 청구외 ○○상사가 2002.4.1. 전 소유자와 임대차계약(임대기간 12개월, 임대보증금 10,000,000원, 임대료 1,200,000원)을 체결하여 임차하고 있는 쟁점 부동산을 포함한 이 사건 부동산을 2003.2.5. 취득하였으나, 2004.2.17. 처분청 세무담당공무원(지방세무서기 신○○)의 현지확인 결과 쟁점 부동산을 청구외 ○○상사가 임차하여 창고용으로 사용하고 있는 사실이 출장복명서 등 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 부동산 관리를 위하여 한시적·임시적으로 임대하였다는 사실만으로 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항 단서에서 창업중소기업이 취득·등기일부터 2년 내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함)하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세 등을 추징한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 2003.2.5. 쟁점 부동산이 임대되어 있는 이 사건 부동산을 취득하였으므로 기존의 임대차관계가 종료되는 즉시 당해 사업에 직접 사용하기 위한 준비절차를 거쳐 사업용재산으로 사용하였어야 함에도 기존의 임대차계약이 종료된 2003.3.31. 이후에도 계속하여 청구외 ○○상사에 임대한 사실이 2004.2.17. 처분청 담당공무원(지방세무서기 신○○)의 현지확인복명서에서 확인되고 있고, 청구인의 2003년도 계정별원장에서 도 2003.10월부터 12월까지 3개월간 임대한 잡이익 6,600,000원으로 등재되어 있는 사실 등으로 미루어 보면, 쟁점 부동산은 청구인이 당해 사업에 직접 사용하는 사업용재산이 아니라 임대용재산이라고 보아야 하겠고, 또한, 청구인은 국고지원이 늦어져 부득이 쟁점 부동산을 임대하였다고 주장하고 있지만, 폐형광등처리시설설치 지원사업과 관련하여 청구외 (사)○○협회장이 2003.7.8.(재활67500-598)과 2003.12.11.(재활67500-1014)에 환경부장관으로부터 국고보조금을 교부받았음에도 2004.2.17. 처분청 세무담당공무원이 현지확인할 당시까지 쟁점 부동산을 청구외 ○○상사에 임대하고 있었던 사실로 보아 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 11. 30. 행 정 자 치 부 장 관