의료법인이 병원용 건축물을 신축하여 병원을 운영하였으나 매년 누적된 결손 등으로 인하여 취득일로부터 2년 이내에 목적사업이 동일한 의료법인에게 부담부증여를 한 경우에 이미 과세면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 의료법인인 청구인이 2002.12.20.○○시○○구○○동○○번지 외 2필지의 토지 1,020.02㎡를 청구외 빈○○(○○시○○구○○동○○호)로부터 증여 취득하고 2003.1.2. 동 토지상에 의료시설용 건축물 2,296.33㎡(이하 위 토지와 건축물을 포함하여 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축한 후 2003.1.8. 지방세법 제287조제2항의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 하여 취득세 및 농어촌특별세를 과세면제 받았지만 이 사건 부동산 취득일로부터 2년 이상 목적사업에 사용하지 아니하고 2004.3.10. 의료법인○○의료재단(이사장 서○○)에 증여함으로써 이 사건 부동산의 과세시가표준액(2,812,696,740원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 56,777,090원, 농어촌특별세 6,187,920원 합계 62,965,010원을 2004.5.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 2001.1.8. 의료법에 의하여 설립된 의료법인으로서 이 사건 부동산을 취득한 후 목적사업인 의료업을 영위하였지만, 과도한 시설투자와 매년 누적된 결손으로 인하여 부득이 이사회의 결의에 따라 2004.3.10. 청구인의 목적사업과 동일하게 병원을 운영하고 있는 의료법인 ○○의료재단에 증여하므로써 수증자인 의료법인 ○○의료재단은 이 사건 부동산의 당초 취득목적인 의료업을 계속 영위하고 있으므로 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 의료법인이 병원용 건축물을 신축하여 병원을 운영하였으나 매년 누적된 결손 등으로 인하여 취득일로부터 2년 이내에 목적사업이 동일한 의료법인에게 부담부증여를 한 경우에 기과세면제한 취득세 등을 추징하는 것이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 지방세법 제287조제2항에서 의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청 소재지 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 이 사건 부동산을 취득(토지: 2002.12.20. 건축물: 2003.1.2.)한 후 병원용으로 사용하였으나 취득일로부터 2년 이내인 2004.3.10. 증여함으로써 처분청에서는 지방세법 제287조제2항의 규정에 의하여 기과세면제한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 과도한 시설투자와 매년 누적된 결손으로 인하여 부득이 이 사건 부동산을 청구인의 목적사업과 동일한 의료법인에게 증여함으로써 수증자는 당초 이 사건 부동산의 취득 목적과 동일한 의료업을 영위하고 있으므로 이 사건 취득세 등은 취소되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제287조제2항에서 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 다만 그 사용일로부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우는 이 사건 부동산 취득 후 의료업을 영위하였으나 과도한 시설투자와 매년 누적된 결손으로 인하여 정상적인 의료업경영이 어렵다는 사유로 ○○지사에게 기본재산처분허가를 신청함에 따라 경상북도지사는 2004.3.6. 기본재산처분(증여)허가(2004-417)조건상 증여재산평가가액은 5,254,903,200원이고 청구인의 부채총액은 9,785,760,794원으로서 증여재산과 부채를 동시에 의료법인 ○○의료재단에 증여하는 것으로 등재되어 있는 것으로 미루어보면 이 사건 부동산을 청구인의 부채총액인 9,785,760,794원에 매각한 것으로 보아야 하므로 비록 이 사건 부동산을 청구인의 목적사업과 동일하게 운영하고 있는 의료법인에 증여하여 의료업을 계속하고 있다고 하더라도 이는 청구인이 이 사건 부동산을 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 증여한 것이므로 처분청에서 기과세면제한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 11. 30. 행 정 자 치 부 장 관