항만법상 감정평가절차가 지연되었는데도, 비관리청항만공사에 따른 공유수면매립지에 대한 취득시점을 준공시점으로 보아야 하는지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 유한회사인 청구인이 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 상 공유수면 82,368.5㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 2003.7.7. 관할 관리청으로부터 매립공사 준공인가를 받고도 30일 이내에 취득세를 신고납부하지 않자, 부가가치세를 제외한 공사비(69,074,545,460원)에 전체부지면적 150,766.3㎡ 중 청구인이 취득할 면적 82,368.5㎡가 차지하는 비율을 곱한 금액(37,737,701,361원)을 과세표준으로 관련세율을 적용하여 산출한 취득세 905,704,820원, 농어촌특별세 83,022,940원, 합계 988,727,760원(가산세 포함)을 2004.7.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지에 대한 총공사비는 도시계획이 확정된 다음 항만법에 의해 감정평가를 실시하여 산출하도록 되어 있어 동 금액으로 관할 관리청(○○지방해양수산청)과 정산이 되는 것이므로 이 시점이 취득일인데도, 처분청에서는 도시계획 미확정으로 총공사비가 정산되지 않은 상태에서 매립공사준공인가를 받았다는 것만으로 취득세 등을 부과 처분하는 것은 부당하다고 하면서 과세시기를 조정할 것과 기 납부 가산세를 환급하여 줄 것을 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 항만법상 감정평가절차가 지연되었는데도, 비관리청항만공사에 따른 공유수면매립지에 대한 취득시점을 준공시점으로 보아야 하는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제105조제2항에서 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법ㆍ광업법ㆍ수산업법ㆍ선박법ㆍ산림법ㆍ건설기계관리법ㆍ자동차관리법 또는 항공법 등 관계법령의 규정에 의한 등기ㆍ등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 하면서 단서에 차량, 기계장비ㆍ항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다고 규정하고 있고, 같은 법 제111조제5항에서 판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격에 의한다고 하고 있으며, 같은 법시행령 제82조의2제1항제2호에서 법인장부란 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서라고 하고 있고, 같은 법시행령 제73조제10항에서 관계법령의 규정에 의하여 매립ㆍ간척 등으로 토지를 원시 취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다고 하고 있으나 공사준공인가일 전에 사용승낙이나 허가를 받은 경우에는 사용승낙일 또는 허가일을 취득일로 본다고 하고 있으며, 항만법 제9조제2항에서 관리청이 아닌 자(이하 "비관리청"이라 한다)가 항만공사를 시행하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 항만공사의 계획을 작성하여 관리청의 허가를 받아야 한다고 하고, 같은 법 제12조제2항에서 제1항의 규정에 의한 준공확인의 신청을 받은 관리청은 대통령령이 정하는 바에 따라 준공검사를 실시한 후 그 공사가 허가의 내용대로 시행되었다고 인정되는 때에는 해양수산부령이 정하는 준공확인필증을 그 신청인에게 교부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조제1항에서 제9조제2항의 규정에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다고 하나, 다만, 대통령령이 정하는 토지 및 항만시설은 그러하지 아니하다고 한 다음, 같은 법시행령 제17조제1항에서 법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 항만시설을 정하고 있고, 그 제2항에서 법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 아니하는 토지는 토지가액이 제18조의 규정에 의한 총사업비의 범위이내일 것이라고 하며, 그 제3항에서 제2항제2호의 규정에 의한 토지가액은 비관리청이 시행하는 항만공사의 준공확인 당시 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 2이상의 감정평가업자가 감정한 평가액을 평균하여 결정한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1995.5.22. 관할 관리청으로부터 항만법 제9조제2항에 의거 비관리청항만공사사업자로 승인받고, 1997.7.10. 공사기간을 1999.10월부터 2003.4월까지로 하는 비관리청항만공사시행허가를 받자 1999.10.19. 위 항만공사를 시작하여 2003.4.30. 위 항만공사를 사실상 완료한 다음 2003.5월 신규등록을 위한 지적측량을 실시하였으며, 2003.6.3. ○○시에 도시개발구역지정제안 신청을 하였고(당초 도시계획현황: 준공업지역 항만시설보호지구, 시의회에서 준공업지역내 아파트 신축불허 도시계획조례 통과로 ‘03.10.24. 위 지정제안서 반려됨), 2003.7.7. 관할 관리청으로부터 준공확인필증을 교부받았으며, 2003.11.6. 관할 관리청으로부터 총공사비 내역을 통보받자 2004.7.10. 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실이 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 도시계획 미확정으로 총공사비가 정산되지 않은 상태에서 매립공사준공인가를 받았다는 것만으로 취득세 등을 부과 처분하는 것은 부당하다고 하면서 과세시기를 조정할 것과 기 납부한 가산세를 환급하여 줄 것을 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 항만법 제17조 등에서 항만사업 준공시 항만시설은 국가·지방자치단체에게 귀속되도록 되어 있으나 배후지원토지 등 대통령령이 정하는 토지 및 시설은 감정 평가한 금액과 총사업비를 비교하여 그 비율만큼 시행자에게 귀속하도록 하고 있으나, 지방세법시행령 제73조제10호 관계법령의 규정에 의하여 매립ㆍ간척 등으로 토지를 원시 취득하는 경우에는 공사준공인가일을 취득일로 본다고 명백하게 규정하고 있고, 같은 법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용을 포함)을 말한다고 하고 있는 것을 보면, 이 사건 토지의 경우 취득세의 과세표준은 감정평가금액이 아닌 실제 투입된 사업비(간접비 포함)로 한다고 할 수 있으므로, 비록 감정평가가 이루어지지 않아 소유권보존등기가 되지 않았다하더라도, 항만공사로 매립된 토지는 관할 관리청이 준공필증을 교부할 때, 위 항만공사 사업계획상 청구인이 취득할 면적 또는 취득비율이 확정되었으면 사실상 원시 취득하였다고 보아야 할 것인 바, 청구인은 ○○시의 도시계획 미확정으로 감정평가를 할 수 없어 실제적으로 취득으로 볼 수 없다고 주장하나, 항만법령에 의하여 비관리청항만공사를 승인받을 당시 이 사건 토지(매립지역)는 도시계획상 준공업지역인 동시에 항만법에 항만시설보호구역으로 지정되어 있어 준공후 항만시설을 지원하는 배후단지 용도로 사용되어야 하지만, 그 후 도시계획에 대한 관련법령이 개정됨에 따라 이 사건 토지에 대한 ○○시 도시계획이 확정되어야 하므로 청구인은 위 항만공사가 사실상 완공된 후 아파트 단지 조성 등을 위한 도시개발구역으로 제안 신청하는 과정에서 감정평가를 하지 못한 것으로서, 위와 같이 감정평가 실시여부나 도시계획결정지연 등의 사유는 청구인과 관할 관리청 사이에 내재된 사유에 기인한 것에 불과할 뿐, 이 사건 토지를 포함한 위 항만공사가 준공된 이상 이 사건 토지는 사실상 취득하였다 할 것이므로 청구인의 경우 항만공사사업시행허가를 얻어 1997.10월 착공한 후, 2003.4월 항만공사를 사실상 완료하여 신규등록을 위한 지적측량을 마친 다음 2003.7.7. 관할 관리청으로부터 준공확인필증을 교부받았으므로 이 사건 토지에 대한 취득시점은 2003.7.7.이 명백하며, 이때부터 30일내 이 사건 취득세 등을 신고 납부하여야 하는 데도 이행치 못함으로서 처분청이 이 사건 취득세 등과 그에 따른 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 11. 30. 행 정 자 치 부 장 관