조합이 취득한 부동산을 판매시설로 사용하는 경우 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.2.9. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 토지 527㎡(이하 “제1토지”라 한다) 및 동 지상건축물 300.88㎡(이하 “제1건축물”이라 한다)와 같은 리 268-13번지 토지 68㎡(이하 “제2토지”라 한다)를 취득하고, 그후 제1건축물은 철거하고, 제1토지는 같은 리 269-1번지(이하 “제3토지”라 한다)와 합필한 다음 2000.8.29. 제2토지상에 건축물 414.296㎡(이하 “제2건축물”이라 하고, 제1·2·3토지 및 제1·2건축물을 합하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 증축 취득한데 대하여 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제290조제2항제1호의 규정에 의하여 고유사무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 각각 취득세와 등록세를 면제하였으나, 이 사건 부동산을 조합원과 비조합원 구분없는 판매시설(○○마트)로 사용하고 있으므로, 이를 고유목적사업에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(취득세 471,957,760원, 등록세 268,957,760원)을 과세표준으로 같은 법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 11,326,980원, 농어촌특별세 1,038,300원, 등록세 9,889,990원, 지방교육세 1,813,160원, 합계 24,068,430원(가산세 포함)을 2004.2.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하고 있는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다 하겠는 바, 이 사건 부동산을 하나로마트로 사용하고 있는 것은 ○○조합법 제58조와 정관 제5조 및 제62조에서 규정하고 있는 구매사업과 판매사업에 사용하는 것으로서, 추정자료에 의하면 판매시설에 대한 비조합원의 사업이용량은 9%로 3분의 1을 초과하지 아니하므로 이는 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 것이라 하겠고, 둘째, 하나로마트로 사용하기 위하여 제1토지와 제1건축물을 취득한 후, 제1건축물을 철거하고 제1토지는 제3토지와 합필한 다음 2000.8.29. 제2건축물을 증축 취득하였으므로, 철거된 제1건축물은 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 하고, 설사 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 본다고 하더라도 당초 취득목적에 공여하고자 부득이 철거하였으므로 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 하겠으며, 셋째, 처분청이 교부한 제2건축물 사용승인서상 건물용도에 “근린생활시설(소매점)”로 기재되어 있고, 청구인 또한 지방세감면신청서를 제출하면서 감면신청사유에 “○○마트”로 기재하였음에도, 이로부터 3년 3개월이 경과한 후에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 가산세를 가산하여 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 ○○조합이 취득한 부동산을 판매시설로 사용하는 경우 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제290조제2항 본문 및 제1호에서 ○○조합법에 의하여 설립된 조합(중앙회를 제외한다)이 그 고유사무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제120조제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제150조의2제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다고 규정하고 있고, ○○법 제57조제1항에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 규정하면서 그 제2호 가목에서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업을, 나목에서 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업으로 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 다만 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목·사목·차목, 제3호 마목, 제5호 가목·나목, 제7호 및 제10호의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 지역○○조합정관례 제62조제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과할 수 없다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.2.9. 제1·2토지 및 제1건축물을 취득하였다가, 그후 제1건축물은 철거하고, 제1토지는 제3토지와 합필한 다음 2000.8.29. 제2토지상에 제2건축물을 증축 취득한데 대하여 각각 취득세 등을 면제하였으나, 청구인이 이 사건 부동산을 조합원과 비조합원 구분없는 판매시설(○○마트)로 사용하고 있으므로, 이를 고유목적사업에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 사실과 2000.8.29. 처분청이 청구인에게 교부한 제2건축물 사용승인서상 건물용도에 “근린생활시설(소매점)”로 기재되어 있고, 청구인은지방세감면신청서상 감면신청사유에 “○○마트”로 기재한 사실 및 2004.10.8.청구인이 자체적으로 실시한 ○○마트 이용량 조사결과에 의하면 비조합원의 사업이용량이 27.71%이고, 2004.8.2.부터 같은 해 10.8.까지 청구인의 회원카드 이용실적에 대한 조사결과에 의하면 비조합원의 사업이용량이 31.81%인 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 ○○마트로 사용하고 있는 것은 ○○조합법에서 규정하고 있는 구매 및 판매사업에 사용하는 것으로서, 추정자료에 의하면 비조합원의 사업이용량이 3분의 1을 초과하지 아니하여 고유업무에 직접 사용하는 것이라 하겠으므로 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 구 지방세법 제290조제2항 본문 및 제1호에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 그 고유사무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 동 규정에서의 “고유사무에 직접 사용”이라 함은 부동산의 사용용도가 법령 또는 법인등기부상에 규정된 당해 법인의 공익성을 띤 고유의 목적사업 그 자체에 직접 사용되는 경우만을 의미한다 하겠으므로, 조합이 부동산을 취득하고 ○○조합법에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용한다면 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 보아야 하겠으나, 청구인이 운영하고 있는 하나로마트는 일반 판매시설과 마찬가지로 조합원·비조합원 구분없이 불특정 다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없을 뿐만 아니라, 평상시 조합원과 비조합원의 이용과정에서 이를 구분할 수 있는 장치가 마련되어 있지도 아니하는 등 일반 판매사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 보기는 어렵다 하겠고, 청구인이 제출한 하나로마트 이용고객 출구조사 결과는 이 사건 심사청구 이후 단 1일 실시한 자체조사에 불과하다는 점에서 판매시설(○○마트) 이용자중 비조합원 비율이 3분의 1을 초과하고 있지 아니하다는 주장을 뒷받침할만한 객관적인 증거로 인정하기는 어렵다 할 것이며, 회원카드 이용실적 역시 이와 달리 볼 수도 없다 하겠으므로 이 사건 부동산을 농업협동조합법에서 규정한 조합원의 사업과 생활을 위한 판매시설로서 고유사무에 직접 사용되는 부동산이라고 볼 수는 없는 것이라 하겠다. 또한, 청구인은 지방세감면신청서상 감면사유를 “○○마트”로 기재하였음에도 취득세 등을 면제한 후 3년 3개월이 경과하여 가산세를 가산한 이 사건 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인과 같이 취득세 등을 면제받았다 하더라도 그 면제가 절대적인 것이 아니라 하겠으므로, 조합이 부동산 취득 후 1년이 될 때까지 고유사무에 직접 사용하지 아니하면 취득세 등의 추징요건이 완성된다 할 것이고, 그때부터 30일 이내에 취득세 등을 신고 및 납부하여야 하며, 이를 이행하지 아니하면 가산세를 부과당하게 되고, 이는 당초에 일단 면제되었던 경우라고 하여 그 신고 및 납부의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수는 없다(같은 취지의 대법원 판결 91누9015, 1992.5.12) 하겠는 바, 청구인은 이 사건 부동산을 고유사무에 직접 사용하기로 하고 취득세 등을 면제받았음에도, 일반 판매시설과 같이 불특정 다수인을 대상으로 하는 영업활동에 사용함으로써 구 지방세법 제290조제2항 단서의 규정에 의한 추징사유가 발생한 것이므로, 추징사유가 발생한 날로부터 30일 이내에 취득세 등을 신고납부하였어야 함에도 이를 이행하지 아니한 이상, 처분청이 가산세를 가산한 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 아무런 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관