[요지] 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 병원용건축물의 사용승인한 날로부터 임대 및 위탁한 사실이 임대차계약서 등에서 입증됨
[요지] 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 병원용건축물의 사용승인한 날로부터 임대 및 위탁한 사실이 임대차계약서 등에서 입증됨
[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분의 요지 처분청은○○대학교병원설치법에 의하여 설립된 청구인이 1997.11.30.○○도○○시○○구○○동○○번지의 토지 120,660.1㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득함으로써 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제290조제1항제15호 규정에 의하여 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 토지로 보아 1997.12.30. 이 사건 토지에 대한 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나 2003.4.4. 이 사건 토지상에 병원용건축물 130,300.98㎡를 신축한 후 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 (주)○○호텔, (주)○○은행 등에 임대 및 위탁 관리하는 건축물 3,728.27㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)에 대한 취득세 및 등록세 등을 신고 납부하였으나 이 사건 건축물에 대한 부속토지 3,450.87㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)에 대한 취득세 및 등록세 등을 신고 납부를 하지 아니하므로 이 사건 쟁점토지에 대한 취득가액(1,465,862,290원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,180,680원, 농어촌특별세 3,224,890원, 등록세 158,313,090원, 지방교육세 29,024,060원, 합계 225,742,720원(가산세 포함)을 2004.8.10. 부과고지 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○대학교병원설치법에 의하여 설립된 ○○대학교병원으로서 ○○공사 소유인 이 사건 토지를 병원신축부지로 사용하고자 1992.11. 연부조건부 매매계약을 체결하고 연부취득중인 1995.10.14. 토지사용 승낙을 받은 다음 1996.10.8. 처분청으로부터 건축허가 (허가번호 96-허24)를 받고 건축 중인 1997.11.30. 이 사건 토지의 연부금을 최종납부한 후 같은 날 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 과세면제 받고 2003.4.4. 병원용건축물의 임시 사용승인을 받은 다음 2003.4.4.부터 (주)○○호텔, (주)○○은행 등에게 임대 및 위탁 관리하는 이 사건 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등을 신고납부 하였음에도 취득·등기일로부터 5년이 경과한 이 사건 쟁점토지를 이 사건 건축물의 부속토지로 보아 취득세 및 등록세를 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 그 이유로 첫째, 구 지방세법(1994.12.22. 법률제4794호로 개정된 것) 제30조의4제1호에서 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점토지 취득일은 1997.11.30.이고 이 사건 취득세의 자진신고 납부기간인 30일이 경과한 1997.12.31.부터 5년 이내인 2002.12.31. 까지 이 사건 취득세 등을 부과 고지하여야 함에도 1997.12.31.부터 5년이 경과한 2004.8.10. 부과고지한 것은 위법, 부당한 부과처분이며 둘째, 구 지방세법 제290조제1항에서 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는바 이 사건 쟁점토지를 취득한 후에도 1년이 경과하도록 계속하여 건축공사가 이루어졌기 때문에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당되어 이 사건 쟁점토지 취득일로부터 1년이 경과한 후에는 고유 업무의 사용여부에 관계없이 취득세 및 등록세를 추징할 수도 없는 것이며 셋째, 이 사건 쟁점토지를 취득하기 전인 1996.10.8. 동지상에 병원용건축물 신축허가를 받을 당시 건축물의 용도별(의료실, 입원실, 근린생활시설 등) 설계에 의하여 건축 중에 있었으므로 이 사건 쟁점토지 취득 당시 근린생활시설은 청구인이 직접 사용하지 아니하는 건축물에 해당되어 이에 대한 동 부속토지에 대한 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세를 부과고지 하여야 함에도 이를 과세면제한 후 과세면제일(1997.11.30.)로부터 부과세척기간인 5년이 경과한 2004.8.10. 부과 고지한 것은 위법, 부당한 부과처분이라고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.
3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구는 지방세의 과세면제법인이 건축 중에 있는 토지를 취득한 후 건축기간이 장기간 소요됨에 따라 토지 취득일로부터 5년이 경과한 후 추징사유가 발생한 경우에 기 과세 면제한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조제1항제15호에서 서울대학교병원이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제287조제1항제4호에서 서울대학교병원이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며 구 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제30조의4제1호에서는 “지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다, 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 지방세법시행령 제14조의2제2항제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음 날이라고 각각 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 신축중인 병원용건축물의 부속토지를 연부로 취득한 후 동 병원용건축물의 사용승인을 받은 날인 2003.4.4. (주)○○호텔, (주)○○은행 등에게 임대 및 위탁 관리하는 이 사건 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등은 신고납부 하였으나 동 부속토지에 대한 취득세 및 등록세 등은 신고납부를 하지 아니하므로서 처분청에서는 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 2004.8.10. 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세를 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 그 이유로 첫째, 구 지방세법 제30조의4제1호에서 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점토지 취득일은 1997.11.30.이고 취득세의 자진신고납부기간인 30일이 경과한 날인 1997.12.31.부터 5년이 경과한 2004.8.10. 부과 고지한 이 사건 취득세 등은 위법, 부당하다고 주장하고 있으나, 지방세법시행령 제14조의2제2항제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날부터 부과할 수 있는 날이라고 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 1997.11.30. 취득한 이 사건 쟁점토지를 청구인의 고유목적사업에 직접 사용할 것으로 보아 처분청에서 이 사건 취득세 등을 과세 면제하였지만, 2003.4.4. 동지상에 병원용건축물을 신축하고 같은 날 이 사건 건축물을 고유목적사업에 직접사용하지 아니하고 임대 및 위탁하므로서 기 과세 면제한 취득세 등의 추징사유가 발생되고 이로부터 취득세 신고납부기한인 30일 이내인 2003.5.4. 까지 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고납부를 하여야 함에도 이를 신고납부를 하지 아니함에 따라 2004.8.10. 부과 고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되고 둘째, 구 지방세법 제290조제1항에서 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점토지 취득 전부터 건축공사가 계속되고 있는 이 사건 쟁점토지를 취득한 후에도 1년이 경과하도록 계속하여 건축공사가 이루어졌기 때문에 고유 업무에 직접사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당되어 이 사건 쟁점토지 취득일로부터 1년이 경과한 후에는 고유 업무의 사용여부관계 없이 취득세와 등록세를 추징할 수 없다고 주장하고 있으나, 구 지방세법 제290조제1항 규정은 당초 과세 면제하였다가 취득·등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접사용하지 아니할 경우에 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바 토지 취득·등기 당시부터 동 지상에 병원용건축물이 신축 중에 있어 직접 사용하지 못한 것을 청구인은 1년 이내에 고유업무에 사용하지 못함을 충족시키는 정당한 사유로만 보고 있으나, 위 건축행위는 법령상의 사용제한 또는 금지와 같이 이 사건 부동산을 직접 사용하는 것을 기간적으로 유예시키는 조건으로서의 정당한 사유일 뿐, 건축행위 자체가 구 지방세법 제290조에서 규정하고 있는 직접 사용으로 간주된다거나 계속하여 고유업무에 사용하지 못한 것을 정당화 하는 것도 아니라 할 것이며, 또한 유예기간의 기간이 경과한 경우에 비로소 과세요건이 발생한다고 보아야 하므로(같은 취지의 대법원 유사판례 91누13281, 1992.6.23) 청구인의 경우와 같이 건축중에 있는 이 사건 쟁점 토지를 취득함으로써 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것은 직접 사용의 제한으로서 정당한 사유로 해석되어야 할 것으로서 비로소 고유목적에 직접 사용하지 못한 제반조건이 해소되어 고유업무에 직접 사용할 수 있음에도 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 병원용건축물의 사용승인한 날로부터 임대 및 위탁한 사실이 임대차계약서 등에서 입증되고 있는 이상, 이 사건 건축물과 동 부속토지에 대한 취득세 및 등록세 등의 납세의무가 성립되므로 처분청에서 신고 납부를 하지 아니한 이 사건 쟁점 토지에 대한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되고, 셋째, 이 사건 쟁점토지를 취득하기 전인 1996.10.8. 동지상에 병원용건축물 신축허가를 받을 당시 건축물의 용도별(의료실, 입원실, 근린생활시설 등) 설계에 의하여 건축 중에 있었으므로 이 사건 쟁점토지 취득 당시 근린생활시설은 청구인이 직접 사용하지 아니하는 건축물에 해당되어 이에 대한 동 부속토지인 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세를 부과 고지하여야 함에도 이를 과세면제한 후 이로부터 5년이 경과한 2004.8.10. 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나 청구인의 경우는 1997.12.30. 이 사건 토지를 취득한 후 같은 날 검인계약서만을 첨부하여 구 지방세법 제290조제1항제15호의 규정에 의하여 서울대학교병원이 고유 업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 토지라는 사유로 취득세 및 등록세의 과세면제 신청을 함으로서 같은 날 처분청에서 면제결정을 한 것이 감면확인서등에서 입증되고 있는 것으로 미루어 보면 처분청에서는 신축중인 병원용건축물의 근린생활시설도 청구인이 직접 사용하는 것으로 판단할 수밖에 없을 뿐만 아니라 건축물을 신축할 당시 근린생활시설은 임대 및 위탁하는 계획이 되어 있었으면 청구인은 당연히 근린생활시설에 대한 부속토지의 취득세 등을 신고납부 하여야 함에도 청구인의 고유 업무에 직접 사용한다는 조건으로 이 사건 취득세 등을 과세면제 받은 것은 청구인이 부당하게 감면받은 경우에 해당되므로 이 또한 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.
2004. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관