산업단지 내에서 취득한 토지에 대하여 취득일로부터 3년 이내에 공장용건축물의 용도에 직접사용하지 못한 경우 정당한 사유에 해당하는지 여부(취소)

[주 문] 처분청이 2004. 2. 13. 청구인에게 부과고지한 취득세 6,007,750원, 등록세 9,011,630원, 지방교육세 1,802,320원, 합계 20,005,800원을 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000. 6. 8. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 공장용지 1,649.1㎡(○○국가산업단지내 토지로서 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구외 ○○공사로부터 취득하여 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제276조제1항의 규정에 의하여 취득세 등을 면제하였으나, 이 사건 토지를 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 공장용건축물 등의 용도로 직접사용하지 아니하므로 2004. 2. 13. 취득가액 300,387,940원을 과세표준으로 하여 이미 면제하였던 취득세 6,007,750원, 등록세 9,011,630원, 지방교육세 1,802,320원, 합계 20,005,800원(가산세포함)을부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 산업기계제작을 주력으로 하는 업체로서, 이 사건 토지의 취득일로부터 약 3개월 후인 2000. 8. 30.에 건축허가를 득하고 공장을 착공하고자 하였으나, 지반침하 등 외부적 사유가 존재하여 착공을 지연하게 되었는바, 청구인의 사업업종인 산업기계제작의 주력기계장비인 NC(컴퓨터작업)는 디지털기계장비로서 수치입력으로 자동공정처리되는 장비로서 엄격한 정밀성이 요구되며, 진동에 취약하고 지반의 수평이 유지되지 못할 경우 정상적 제품(베어링 등)의 생산이 불가능하며, 공장착공을 위하여 2001. 1월부터 지반보강공사(프리로딩 공법)를 하였으나, 이 후 지반침하가 계속되어 2003. 11. 1.에 공사착공 시 지반침하로 인한 추가 건축비용(117,037,200원)이 지출되었으며, 공장착공지연으로 인하여 청구인의 전 사업장(○○시 ○○구 ○○동 소재)은 무허가로 인한 건축법위반에 따른 이행강제금(매년 4,000,000원) 및 임차료(12,000,000원)를 지출하는 등 손해가 있었고, 또한 이러한 착공지연으로 인하여 2003. 4. 30.에 처분청에서 건축허가를 취소하였는바, 허가 취소는 건축허가 후 1년이 경과한 시점에서 청문절차를 거쳐서 행해져야 함에도 불구하고 허가 후 2년 8개월이나 지난 시점에서 청구인의 의견진술에도 불구하고 일방적인 취소결정에 따라, 재설계 등 공장착공을 위한 시간의 소요로 이 사건 토지의 취득 후 3년의 기간을 경과하여 공장을 착공하게 된 것이므로, 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지 내에서 취득한 토지에 대하여 지반침하 등의 이유로 취득일로부터 3년 이내에 공장용건축물의 용도에 직접사용하지 못한 경우 정당한 사유에 해당하는지 여부가 쟁점이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제276조제1항에서 “산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용건축물·연구시설 및 시험생산용건축물(이하 이 조에서 “공장용건축물 등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용부동산을 중소기업에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다.다만, 그 취득일부터 3년 내에정당한 사유없이 공장용건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.”라고규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2000. 6. 8.에 이 사건 토지를 취득하고 같은해 8. 30.에 건축허가를 득하였으나, 지반침하로 인하여 바로 착공을 못하고 2001. 1월부터 7월까지 지반보강공사를 하였으며, 2003.4.30.에 건축허가가 취소되자, 같은해 10. 27.에 건축허가 재신청을 하여 11.1.에 공장용건축물의 착공을 한 것은 제출된 관계서류에서 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 이 사건 토지의 취득일부터 3년 내에 공장용건축물을 착공하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 지방세법 제276조제1항에서 추징예외사유로 규정하고 있는 “정당한 사유”라고 함은 공장용건축물 등의 용도에 직접사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것인바(대법원 2003.12.12.선고 2003두9978 판결), 이 사건의 경우 지반침하를 “정당한 사유”로 인정하기 위해선 목적사업의 성격상 고도의 정밀성이 요구되거나 위험성을 초래하는 것이어서 지반침하가 진행되는 상황에서는 사업을 영위하기 위한 공장용건축물의 착공이 불가능하다는 사정이 존재하여야 하며, 또한 청구인도 이러한 지반침하를 방지하기 위한 정상적인 노력과 비용을 투자하였음에도 그 노력과 비용이 사회통념상 지나치게 과다하여 지반침하가 더 이상 진행되지 않는 시점까지 기다려 착공하는 것이 사회·경제적 관점에서 바람직하다고 인정되는 경우에 그 “정당한 사유”가 인정되는 것이라고 할 것이고, 청구인의 경우 목적사업의 업종이 산업기계제작인 관계로 제작과정에서 1/1000mm의 정밀성이 요구되며 특히 주력기계장비인NC, CNC(컴퓨터작업)는 디지털기계장비로서 입력수치에 따라 자동 가공하는 특성상 진동에 취약하고 지반의 수평상태가 유지되지 못할 경우 전생산품이 불량화 되는 등 첨단과학 기계장비임이 이 사건 공장의 설비에 대한 관리를 담당하는 업체인 청구외 (주)○○공기의 의견서에서 확인되고 있고, 청구인이 이러한 조건 속에서 착공을 위하여 청구외 (주)○○종합건설의 견적을 받아 2001. 1월부터 7월까지 4,300,000원의 경비를 들여 프리로딩공법으로 지반보강공사를 실시하였는데, 이는 침하부지에 토지를 5～6m가량 높여 진동다짐 등으로 압밀침하하여 침하를 촉진시키는 공법으로서 상당한 기간의 대지안정기간이 필요하고, 청구인의 경우 이 사건 토지를 취득한 후 3년 5개월여가 경과한 후에 건축공사에 착공한 것은 사실이나, 2003. 11. 1.에 착공을 하면서 총공사비용(부가세제외) 598,000,000원 중 지반침하 방지를 위한 추가 건축비용이 117,037,200원이 소요되었으며, 청구인 내부적으로는 공장신축의 지연으로 기존공장(○○시 ○○동 소재)에 대한 임차료를 월 50만원씩 2002년 1월부터 2003년 12월까지 약 12,000,000원을 지급하였고 무허가 공장건축물에 따른 건축법 위반으로 이행강제금을 매년 약4,000,000원을 납부한 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 이 사건 토지의 취득 후 공장착공까지 공장용으로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 할 것이며, 현재 공장이 완공되어 목적사업용으로 사용하고 있는 점을 고려할 때, 유예기간 내에 착공을 못한 데에는 정당한 사유가 있었다고 할 것이므로 처분청의 이 사건 취득세 등 추징처분은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관