벤처기업집적시설 지정을 받은 후 취득한 부동산에 대하여 일부만 벤처기업용으로 임대하여 사용하다가 경락으로 매각된 경우 취득세 등 추징한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2001.5.21. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○호 외 6건(대지 407.4㎡, 건물 6,142.29㎡ 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 벤처기업집적시설 지정을 받은 후, 2001.5.29.에 이 사건 부동산을 취득하면서 지방세법 제276조제3항에 의한 감면을 신청하자 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 감면하였으나, 이 후 이 사건 부동산 중 일부가 벤처기업이 아닌 기업에 임대하여 다른 용도로 사용(총면적의 25.1%)되거나 공실상태(총면적의 51.8%)에 있으며, 2개의 벤처기업만이 입주한 상태(총면적의 23.1%)를 유지하다가 2004.4.8. 경락에 의하여 매각된 사실을 확인하여 기 감면한 취득세 346,481,700원, 등록세 1,559,167,660원, 지방교육세 285,847,390원, 합계 2,191,496,750원을 2004.6.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1998.4.17. ○○사업, ○○관련사업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서, 2001.5.21. 이 사건 부동산에 대하여 벤처기업집적시설 지정을 받아 취득하였고, 이 후 청구인외 5개의 벤처기업이 입주하여 총 6,142.29㎡ 중 5,264.81㎡(85.7%)를 임차하여 사용하고 있었으나, 청구인의 경영악화로 인하여 2004. 4. 7. 이 사건 부동산을 경락에 의하여 매각당하게 되어 소유권이 이전되었는데, 매각 당시 이 사건 부동산은 총 6,142.29㎡ 중 1,421.81(23.1%)는 벤처기업이 사용하고 있었고, 1,543.71㎡(25.1%)는 일반기업이 사용하고 있었으며, 나머지 51.8%는 공실상태에 있었는바, 지방세법 제276조제3항 단서조항에서 추징사유로 다른 용도로 사용하는 경우라고 규정하고 있는데 이 사건 부동산 중 공실부분은 적극적으로 다른 용도로 사용할 목적을 가지고 벤처기업이 아닌 일반기업에게 임차하도록 하는 등의 적극적인 사정이 존재하지 아니하므로 추징대상에 해당한다고 볼 수는 없을 것이고, 경락에 의하여 매각하였다는 사정은 지방세법 제276조제3항에서 매각을 별도의 추징사유로 규정하고 있지 아니하고 있으므로 경락에 의한 매각을 다른 이유로 사용한 경우로 볼 수도 없다고 보이며, 다른 용도로 사용하는 경우라도 그 해당부분에 대해서만 추징하는 것이 타당하다고 하겠으므로 공실부분과 벤처기업이 실제로 사용한 부분까지 포함하여 이 사건 부동산 전체에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 벤처기업집적시설 지정을 받은 후 취득한 부동산에 대하여 일부만 벤처기업용으로 임대하여 사용하다가 경락으로 매각된 경우 취득세 등 추징처분의 적법성 여부가 쟁점이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제276조제3항에서 “산업입지및개발에관한법률 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 산업기술단지지원에관한특례법에 의한 사업시행자 및 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(산업집적활성화및공장설립에관한법률 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권 외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다.”라고 규정하고 있으면서, 동법 부칙 제8조에서 “제276조제3항의 개정규정은 이 법 시행당시 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년이 경과하지 아니한 것에 대하여도 적용한다.”라고 규정하고 있고, 구 벤처기업육성에관한특별조치법(2004.1.20. 법률 제7091호로 개정되기 전의 것) 제18조제1항에서 “벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.”라고 규정하면서, 제2항에서 “제1항의 규정에 의하여 지정을 받은 벤처기업집적시설은 그 지정받은 날(건축중인 건축물은 건축법 제18조의 규정에 의한 건축물의 사용승인을 얻은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각호의 요건을 갖추어야 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 “4 이상의 벤처기업 등 대통령령이 정하는 기업이 입주하도록 할 것”, 제2호에서 “연면적의 100분의 70이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것”, 제3호에서 “제2호에 해당하지 아니하는 지정면적은 제2조제3항 및 제4항의 규정에 의한 지원시설 등 대통령령이 정하는 시설이 사용하게 할 것”이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.4.17.○○사업,○○관련사업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로서, 2001.5.21. 이 사건 부동산에 대한 벤처기업집적시설 지정을 받아 취득한 후 벤처기업집적시설 지정요건을 갖추어 사용하였으나, 이 후 경영악화로 인하여 2004.4.8. 경락에 의하여 매각하였는데 매각 당시 이 사건 부동산의 사용현황은 벤처기업 사용부분은 총면적 6,142.29㎡ 중 1,421.81㎡(23.1%)이고, 일반기업에서 사용하는 부분은 1,543.71㎡(25.1%)이며, 나머지 3,176.77㎡(51.8%)는 공실상태에 있었음은 제출된 관계서류에서 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 지방세법 제276조제3항 단서조항에서 매각은 그 추징사유로 규정되어 있지 아니하므로 이를 이유로 추징하는 것은 부당하고 따라서 다른 용도로 사용하는 경우에 그 해당부분만을 추징해야 한다면서 매각 당시 벤처기업이 사용하는 부분 및 공실부분은 추징대상에서 제외해야 한다고 주장하고 있으나, 이 사건 부동산의 매각 당시 사용현황을 보면 총면적 6,142.29㎡ 중 1,421.81㎡(23.1%)만을 벤처기업에서 사용하고 있었으며, 그나마 입주해 있는 2개의 벤처기업도 2003.5.14. 및 2003.6.29. 임대계약기간이 만료되었으나 재계약도 하지 않고 있는 사실 등으로 볼 때, 이 사건 부동산은 사실상 벤처기업집적시설로 사용되지 않고 있었고, 청구인이 경락에 의하여 이 사건 부동산을 매각한 것은 벤처기업집적시설 사업을 시행하기 위한 목적으로 당해 부동산을 벤처기업 등에 분양하는 매각이 아니며, 부동산 전문업자에게 경락으로 낙찰되어 다시 제3자에게 양도된 것으로서 지방세법 제276조제3항 단서조항에서 추징요건으로 규정하고 있는 다른 용도로 사용하는 것으로 보아야 할 것이므로 이 사건 부동산 전체에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관