대도시내 도시형 공장을 신설하고자 취득한 부동산으로서 등록세 중과세 대상에서 제외되는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 2000.2.23. 수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역내인 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동에 주소를 두고 설립하여, 2001.6.27. 창업벤처중소기업 확인을 받은 청구인이 2001.11.26. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 1,357.1㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 데 대하여 처분청은 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였으나, 청구인이 이 사건 토지를 그 취득 등기일로부터 2년 이내에 취득목적대로 사용하지 아니하고 매각한 사실을 확인하고 면제한 취득세 등을 2003.1.3. 부과고지하였으며, 그 후 다시 이 사건 토지는 대도시내 법인설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 그 취득가액 1,073,739,440원에 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 등록세액을 차감한 등록세 77,309,230원, 지방교육세 14,173,350원, 합계 91,482,580원(가산세 포함)등을 2004.5.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 도시형업종인 UV코팅 및 인쇄제조업을 영위하는 법인으로서 대출을 받아 이 사건 토지를 취득하였으나, 그 후 경기침체와 신기술개발 실패 및 인력수급문제로 이자부담을 감당할 수 없어 취득일로부터 2년 이내인 2002.10.28. 이를 매각하였던 것으로서, 현재까지도 도시형업종을 영위하고 있으며, 이 사건 토지도 도시형 업종을 영위하기 위하여 취득한 사실이 명백한 이상 지방세법 제138조제1항 및 동법시행령 제101조의 규정에 의하여 등록세 중과세대상에 해당하지 않는다 할 것이며, 처분청에서도 당초 2002.12.16. 취득세 등 추징 예고시 청구인의 소명자료를 확인한 후 등록세 중과세대상에는 해당되지 않는다는 결정을 하여 일반세율에 의한 취득세 등만 추징하였던 것인데, 그 후 다시 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 등록세를 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 도시형 공장을 신설하고자 취득한 부동산으로서 등록세 중과세 대상에서 제외되는 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립 설치 전입 이후의 부동산등기라고 규정하고 있고, 제4호에서는 대도시(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 유치지역 및 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항 제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점 주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립 설치 전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립 설치 전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립 설치 전입이후 5년이내에 취득하는 업무용 비업무용 또는 사업용 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설 증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법시행규칙 제55조에서 법 제138조제3항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준에 대하여는 제47조의 규정을 준용한다. 이 경우 동조제1항전단 및 제2항 본문중 "법 제112조제3항의"는 각각 "법 제138조제3항의"로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법시행규칙 제47조제1항에서 법 제112조제4항의 규정에 의한 공장의 범위는 별표 3에 규정된 업종에 해당하는 공장(산업집적활성화및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 제외한다)으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 당해 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장경계구역안에 설치되는 부대시설(식당 휴게실 목욕실 세탁장 의료실 옥외체육시설 및 기숙사등 종업원의 후생복지증진에 공여되는 시설과 대피소 무기고 탄약고 및 교육시설을 제외한다)의 연면적을 포함한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.2.23. 목적사업을 제조업(인쇄), 프라스틱표면처리제조업 등으로 하여 법인설립 등기를 하였으나, 실제 영위하는 업종은플라스틱접착테이프및기타표면도포제 등 제조업외 1종 (업종분류번호: 25292,25232)을 영위하고 있으며,2001.6.27. 벤처기업 확인을 받고, 2001.11.26. 이 사건 토지를 취득한 후, 2001.12.5. 업종을 기계장비조립용플라스틱제품 제조업외 1종(25240,25291)으로, 생산품을 화장품케이스 및 핸드폰케이스로 하여 공장신설 승인을 받고, 2001.12.19. 공장용 건축물 건축허가를 받았으나, 2002.10.10. 이 사건 토지를 이○○외 1인에게 매매대금을 12억원으로 하여 매매계약 체결하여 매각한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 도시형 공장을 신설할 목적으로 취득한 것이므로 등록세 중과세 대상에서 제외된다고 주장하지만, 지방세법 제138조제1항 본문에서는 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여 등록세를 중과세하도록 규정하면서, 그 제3호에서는 대도시내 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기를, 제4호에서는 대도시내 공장 신설 및 증설에 따른 부동산 등기를 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고 있는 바, 공장을 신설 또는 증설할 목적으로 취득하는 부동산 등기의 경우에는 제138조제1항제4호 및 같은 법시행규칙 제55조의 규정에 의하여 등록세 중과세 여부를 판단하여야 할 것으로서, 도시형 공장을 신·증설하기 위하여 취득하는 부동산의 경우 등록세 중과세 대상에서 제외되지만, 청구인의 경우를 보면 이 사건 토지를 취득한 후 신설하고자 하는 공장의 업종이 기계장비조립용플라스틱제품제조업과 플사스틱발포성형제품제조업으로 되어 있고, 생산품이 화장품케이스 및 핸드폰케이스로 되어 있으며, 승인조건에서 대기 및 소음배출시설설치허가(신고) 대상으로 되어 있는 사실을 볼 때, 대기배출시설의 종류에 따라 도시형 공장에 해당하는 지 여부를 판단하여야 하지만 청구인이 전혀 공장을 건축하지 아니하였으므로, 청구인이 신설하고자 하였던 공장이 도시형 공장에 해당하는 것이라고 보기 어려우며, 실제로도 토지 취득 이후 이를 제3자에게 유료주차장으로 사용하다가 취득일로부터 1년이 경과하기 전인 2002.10.28.에 이 사건 토지를 매각한 사실을 보면, 도시형 공장을 신설하고자 취득한 토지라고 인정하기도 어렵다 하겠고, 또한 청구인이 공장신설 승인시 신고한 업종이 산업자원부장관이 고시하는 첨단업종에도 해당되지 아니하며, 협동화사업으로서 도시형 공장을 영위하는 사업에도 해당되지 아니하므로 지방세법시행령 제101조제1항에서 규정한 등록세 중과예외업종에 해당된다고 볼 수도 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 토지에 대하여 법인설립일로부터 5년 이내에 취득한 토지로서 등록세 중과세 대상에 해당된다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관