장학단체가 부동산의 일부를 취득 후 유예기간내에 매각·임대한 경우 취득세 등의 과세대상인지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 비영리공익법인인 청구인이 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지외 14필지 토지 10,564㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)의 공유재산을 2001.3.16. 무상 양여 받아 취득하고 같은 해 4.30. 지방세를 감면 신청함에 따라 지방세법 제288조제2항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2004.4.6. 현지 조사한 결과 같은 동 964-394번지외 5필지는 임대하고, 같은 동 964-744번지외 2필지는 매각하였으며, 같은 시 남통동 310-1번지외 5필지는 고유 목적사업에 직접 사용하지 않고 있음을 각각 확인하고, 매각 및 임대 등에 해당하는 면적에 공시지가를 곱한 금액(1,198,467,540원)을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 28,763,220원, 농어촌특별세 2,636,620원, 등록세 21,572,410원, 지방교육세 3,954,940원, 합계 56,927,190원(가산세 포함)을 2004.4.12. 과세예고하고 2004.7.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○시가 2001.2.12. ○○도지사로부터 허가를 받아 같은 해 2.27. 문화예술활동지원사업·체육분야지원사업·기타 지역우수인재양성을 위한 장학사업 등을 영위하기 위하여 설립한 비영리공익법인으로서 고유업무 수행에 필요한 재원을 확보하기 위하여 이 사건 부동산 중 6필지는 임대사업용으로, 3필지는 매각하여 그 대금 1,550,000,000원을 금융기관에 예치하여 장학사업으로 각각 사용하고 있으며, 일부 토지는 포락지 상태로 경작 등이 불가하여 취득당시 상태로 방치되어 있으나 관할관청으로부터 기본재산 매각허가를 받는 등 정관목적대로 운영되고 있으므로, 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 장학단체가 이 사건 부동산의 일부를 취득 후 유예기간내에매각·임대한 경우 취득세 등의 과세대상인지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제288조제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ종합토지세ㆍ도시계획세 및 공동시설세를 면제하나 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1993.7.21. 독지가가 ○○시에게 현금1억원과 부동산 23,544㎡ 등(약50억원 상당액)을 기부하므로 ○○시는 운영조례를 제정하여 그에 따라 ○○재단을 설립하여 위 법인설립 시까지 관리 운영하여 오다가 2001.2.12. 민법 제32조 및 공익법인의설립·운영에 관한 법률 제4조, 같은 법시행령 제5조의 규정에 의하여 ○○지사로부터 법인설립허가(제2000-1호)를 받자 2001.3.16. 구미시의 공유재산을 무상양여로 취득하고, 2001.4.30. 지방세 감면 신청하여 취득세 등을 비과세받았으나, 2004.4.6. 처분청 세무담당 공무원의 현지 조사결과 같은 동 964-744번지는 2001.11.6.에, 964-745번지 및 같은 시 ○○동 ○○번지는 2001.10.8.에 각각 매각하였고, 같은 시 ○○동 ○○번지외 4필지와 같은 시 ○○동 ○○번지는 나대지 상태로 방치하였으며, ○○동 ○○번지외 4필지와 ○○번지 및 지상 건물을 임대한 사실을 확인하자 2004.4.12. 취득세 등을 과세 예고하였고, 2004.7.10. 취득세 등을 부과 고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 고유업무 수행에 필요한 재원을 확보하기 위하여 이 사건 부동산 중 일부를 임대 또는 매각 등을 하여 정관목적대로 운영되고 있으므로 고유업무에 직접 사용하고 있는 것이므로 비과세하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제288조제1항 및 같은 조제2항 등에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 장학단체·문화예술단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우와 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징토록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우, 민법 제32조 및 공익법인의설립·운영에 관한 법률 제4조, 같은 법시행령 제5조의 규정에 의하여 경상북도지사로부터 법인설립허가(제2000-1호)를 받아 그 정관에 따라 운영하고 있는 문화체육 및 장학단체임은 사실이나, 2004.4.6. 처분청의 현지조사결과 2필지(같은 동 ○○번지외)는 2001.10월 및 11월에 매각하였고, 5필지(같은 시 ○○동 ○○번지외)는 나대지 상태로 방치하였으며, 5필지(○○동 ○○번지외)와 지상건물은 임대한 사실이 확인되고 있으므로 처분청이 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27. 행 정 자 치 부 장 관