의료법인이 소유하고 있는 병원용 부동산의 일부를 학교법인인 의과대학에서 사용하고 있는 경우에 취득세 등이 면제되는지의 여부(경정)

[주 문] 처분청이 2004.5.6. 청구인에게 부과 고지한 취득세 159,102,780원, 농어촌특별세 17,501,290원, 합계 176,604,070원(가산세 포함)을 취득세 79,992,480원,농어촌특별세 7,332,620원, 합계 87,325,100원(가산세 포함)으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 의료법인인 청구인이 소유하고 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 토지 6,624.30㎡상에 병원용 건축물 15,357.80㎡(지하2층, 지상12층 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 1999.8.16. 신축 취득한 후 구 지방세법 제290조제1항제17호의 규정에 의하여 취득세 등을 면제받고 응급의료센타로 사용하면서 1998.3.1. 청구인과 학교법인인 ㅇㅇ학원이 운영하는 ㅇㅇ의과대학과 학생교육 및 임상실습 등을 통한 상호발전을 위하여 체결한 교육협력병원 약정서에 따라 2000.3.2.부터 이 사건 건축물의 8층～12층 4,997.92㎡ 중 응급의료센타로 사용하고 있는 385.44㎡(11층)를 제외한 4,612.48㎡(이하 “이 사건 쟁점 건축물”이라 한다)를 ㅇㅇ의과대학의 총장·부총장의 사무실과 행정사무실 및 교수연구실과 실험실 등으로 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점건축물과 2001.7.23.이 사건 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지의 토지 600.1㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 청구인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보아 청구인의 법인장부상 취득가액에서 이 사건 건축물 중 ㅇㅇ의과대학이 사용하고 있는 면적비율(30.3%)로 안분한 가액 6,629,283,595원(건축물: 6,337,309,629원 토지: 291,973,966원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 159,102,780원, 농어촌특별세 17,501,290원, 합계 176,604,070원(가산세 포함)을 2004.5.6. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1978.8.17. 설립된 의료법인으로서 1999.8.16. 이 사건 건축물을 신축 취득한 후 병원용 건축물로 사용하면서 학교법인 ㅇㅇ학원이 운영하는 ㅇㅇ의과대학과의 교육협력병원약정을 체결하여 이 사건 건축물 8층～12층의 일부에서 ㅇㅇ의과대학의 교수연구실 및 신경과학연구소 등으로 사용하고 있으나 교수들은 환자들의 치료를 담당하는 겸임교수로서 청구인이 일정액의 보수를 지급하고 있을 뿐만 아니라 의과대학생 역시 환자들의 치료를 담당하고 있으므로 이 사건 쟁점 건축물은 청구인의 고유업무에 직접사용하고 있는 것으로 보아 이 사건 취득세 등은 과세면제되어야 하고 설령 과세대상으로 판단한다면 이 사건 쟁점 건축물 4,612.48㎡ 중 8층 이사장·총장·부총장의 사무실과 행정사무실 및 신경과학연구소등으로 사용하고 있는 면적 2,321.6㎡는 ㅇㅇ의과대학에서 사용하고 있지만 이를 제외한 2,290.88㎡는 겸임교수들의 연구실과 청구인이 직접 도서를 구입하여 직원들이 이용하는 도서관 및 대부분 의학에 관한 시민강좌 등으로 사용되고 있는 강당 등은 청구인이 직접사용하고 있으므로 이에 대한 취득세 등은 과세면제되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 의료법인이 소유하고 있는 병원용 부동산의 일부를 학교법인인 의과대학에서 사용하고 있는 경우에 취득세 등이 면제되는지의 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계 법령의 규정을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제290조제1항에서 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 사용하지 아니하거나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고, 그 제17호에서 의료법에 의하여 설립된 의료법인이라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 처분청에서는 청구인이 1999.8.16. 신축 취득한 이 사건 건축물(15,357.80㎡)을 응급의료센타로 사용하면서 2000.3.2.부터 이 사건 쟁점 건축물(4,612.48㎡)을 가천의과대학에서 교수연구실 및 행정사무실 등으로 사용하고, 2001.7.23. 이 사건 토지(600.1㎡)를 취득하였으므로 이 사건 쟁점 건축물 및 이 사건 토지의 법인장부상 취득가액에서 이 사건 건축물 중 ㅇㅇ의과대학이 사용하고 있는 면적비율(30.03%)로 안분한 가액을 과세표준으로 하여 산출한 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데, 청구인은 이 사건 쟁점 건축물을 청구인과 교육협력병원약정서에 따라 ㅇㅇ의과대학의 교수연구실과 신경과학연구소 등으로 사용하고 있지만 교수들은 환자들의 치료를 담당하는 겸임교수로서 청구인이 일정액의 보수를 지급하고 있고 의과대학생 역시 환자들의 치료를 담당하고 있으므로 이 사건 쟁점 건축물은 청구인의 고유업무에 직접사용하고 있는 것으로 보아 이 사건 취득세등은 과세면제되어야 한다고 주장하고 있지만, 구 지방세법 제290조제1항제17호에서 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하지만 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있는 바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것이 허용되지 아니하므로 (대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결) 청구인의 경우와 같이 의료법인은 의료법 제3조 및 같은법 제42조에서 의료업과 의료인 및 의료관계자의 양성 또는 보수교육 및 의료 또는 의학에 관한 조사 연구의 부대사업만을 하도록 규정하고 있음에도 청구인은 교육협력병원약정서에 따라 이 사건 쟁점 건축물을 2000.3.2.부터 ㅇㅇ의과대학에서 무상으로 사용하고 있는 것은 청구인이 직접 사용하고 있는 것이 아니라 ㅇㅇ의과대학에서 직접사용하고 있는 것으로 보아야 하므로 이 사건 쟁점 건축물은 취득세 과세면제대상에는 해당되지 아니하지만 ㅇㅇ의과대학 교수들이 병원의 겸임교수로서 청구인이 경영하는 병원의 환자를 치료하고 그에 따른 급료를 받고 있을 뿐만 아니라 도서관은 청구인이 직접 도서를 구입하여 관리하면서 청구인의 직원들이 이용하고 있고 강당 등은 연 4～5회 정도 ㅇㅇ의과대학에서 입학식, 졸업식 등으로 사용하고 있지만, 대부분 병원에서 운영하는 시민강좌 및 ㅇㅇ시 보건위생과에서 실시하는 응급 처치교육 등으로 사용하고 있는 사실이 근로소득원천징수영수증과 도서구입내역서 및 강당사용현황 등에서 입증되고 있으므로 겸임교수연구실과 도서관, 강당 등의 건축물 2,290.88㎡는 청구인이 직접 사용하고 있는 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23. 행 정 자 치 부 장 관