지방공사등에 대한 감면조례에서 총자산이라고 규정한 것이 부동산을 대상으로 하는 세목에만 적용되는 지 여부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 ㅇㅇ개발(주)에서 신고납부하지 아니한 2001.1월부터 2003. 7월까지의 종업원할사업소세 (민간출자지분 58%)에 대하여 2001년도분 7,424,640원, 2002년도분 8,860,790원, 2003년도1월～7월분 5,979,000원, 합계 22,264,430원(가산세 포함)을 2004.2.11. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1995년ㅇㅇ시에서 설립하여 ㅇㅇ시가 출자지분의 42%를 보유하고 있는 법인으로서ㅇㅇ시시세감면조례 제20조에 의거 재산세, 종합토지세, 도시계획세, 재산할사업소세는 ㅇㅇ시 출자비율 만큼 감면을 받았고 종업원할사업소세는 전액감면을 받아 왔으나, 처분청에서 개정한조례를 적용하여 민간출자지분인 58%에 대해 종업원할사업소세를2004.2.11. 추징함에 따라, 청구인은 ㅇㅇ시가 1999.2.24.에 개정된 ㅇㅇ시시세감면조례 제20조를 적용하여 오던 중 2001.1.12.에 동조례 동조항의 단서규정을 총 자산 중 민간출자분이 있는 경우 그 민간출자분에 해당하는 부동산을 제외한다라는 규정을 총 자산 중 민간출자분이 있는 경우 그 민간출자 비율에 대하여는 그러하지 아니한다라고 개정하면서 총 자산 중이라고 규정한 것은 부동산을 대상으로 하는 세목을 규정한 것이므로 재산세·종합토지세·도시계획세·재산할사업소세에 대해서만 민간출자 지분율만큼 감면에서 제외되어야 하고, 종업원할사업소세는 종전과 같이 전액면제되어야 하며 또한, 적용시한도 2001.1.12. 개정시에 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대해서는 2003.12.31.까지 적용한다고 규정하였으므로 종업원할사업소세는 종전대로2003.12.31.까지 적용하여야 하므로 이를 잘못 적용한 처분청의 부과처분은 취소해야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 지방공사등에 대한 감면조례에서 총자산이라고 규정한 것이 부동산을 대상으로 하는 세목에만 적용되는 지 여부와 부칙에서 개정한 감면조례시한의 적용시점에 관한 것이라하겠다. 먼저 관계법령을 보면,지방세법 제243조제3호에서 종업원할이라 함은 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 사업소세를 말하고, 동법 제247조제2호 및 제248조제1항제2호에서 종업원할사업소세의 과세표준은 종업원에게 지급한 당해 월급여의 총액으로 하고 세율은 종업원급여총액의 100분의 0.5로 규정하고 있으며, ㅇㅇ시시세감면조례 제20조에서 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사와 지방자치단체가 출자한 법인 또는 단체(이하 지방공사등 이라 한다)가 과세기준일 현재 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세 및 도시계획세를 면제하고, 지방공사등에 대하여는 사업소세를 면제한다라고 하면서 다만, 총 자산 중 민간출자분이 있는 경우 그 민간출자 비율에 대하여는 그러하지 아니한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,처분청은 ㅇㅇ개발(주)에서 신고납부하지 아니한 2001.1월분부터 2003.7월분까지의 종업원할사업소세(민간출자지분58%)에 대하여 2004.2.11. 추징하였음이 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 ㅇㅇ시가 2001.1.12. 지방공사등에 대한 감면조례를 개정하면서 ㅇㅇ시시세감면조례 제20조의 단서규정을 총 자산 중 민간출자분이 있는 경우 그 민간출자분에 해당하는 부동산을 제외한다라는 규정을 총 자산 중 민간출자분이 있는 경우 그 민간출자 비율에 대하여는 그러하지 아니한다라고 개정하면서 총 자산중이라고 규정한 것은 부동산을 대상으로 하는 세목을 규정한 것이므로 재산세·종합토지세·도시계획세·재산할사업소세에 대해서만 민간출자 지분율만큼 감면에서 제외되어야 하고, 종업원할사업소세는 종전과 같이 적용시한을2003.12.31.까지 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, ㅇㅇ시시세감면조례 제20조 단서규정에서 총 자산 중이라는 것은 청구인의 자본과 부채를 합한 총 자산을 말하는 것임과 동시에 민간자본의 출자비율을 산정하기 위한 모수의 개념이지 이것이 자산과 관련된 세목에만 한정한다는 세목범위를 가리키는 것이 아니며, 단서규정을 변경한 취지도 지방공사등에 대해 민간출자분이 있는 경우에도 종업원할사업소세가 전액면제되는 불합리한 점을 개선하고자 개정한 것이므로 청구인이 재산세·종합토지세·도시계획세·재산할사업소세에 대해서만 민간출자 비율만큼 감면에서 제외되어야 하고 종업원할사업소세는 전액면제 되어야 한다는 주장은 받아들일 수 없는 것이고, 2001.1.12. 감면조례 개정시 부칙에서 이 조례는 2003년 12월 31일까지 적용한다라고 하고 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 의한다라고 규정을 둔 것은 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 지방세가 이에 해당하는 것이고, 개정된 감면조례의 시행(2001.1.1.부터 소급적용토록 한 2001.3.16. 부칙개정)이후에 발생되는 과세대상은 당연히 개정된 감면조례의 적용을 받아야 하는 것이 분명한 이상, 종업원할사업소세는 종전대로 2003.12.31.까지 감면하여야 한다는 청구인의 주장은 이유가 없다고 할 것이므로, 처분청에서 개정된 ㅇㅇ시시세감면조례에 의거 민간출자 비율에 대해 종업원할사업소세를 추징한 처분은 적법한 것이라고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23. 행 정 자 치 부 장 관