주식등변동상황명세서를 근거로 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부(기각)

[주 문] 청구인의 심사청구를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 (주)ㅇㅇ건설(이하 “이 사건 법인”이라 한다)의 주식 34.43%를 소유하고 있는 상태에서 2003. 11. 1. 타주주로부터 이 사건 법인의 주식 10,000주를 취득하여 청구인의 소유주식 합계가 67.21%로 증가하였음에도 취득세를 신고납부하지 아니하므로 이 사건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부상 가액 중 소유주식비율에 해당하는 금액 2,682,272,195원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 64,374,520원, 농어촌특별세 5,900,990원, 합계 70,275,510원(가산세 포함)을 2004. 8. 10.부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 법인 주식의 실제 취득자는 청구인이 아닌 청구외 ㅇㅇㅇ인데도 2004. 3. 31. 법인세 신고시 이 사건 법인의 경리 및 회계담당직원 ㅇㅇㅇ가 착오로 청구인 ㅇㅇㅇ가 매수한 것으로 주식등변동상황명세서를 관할세무서에 제출하였으나, 이 후 이를 수정신고하였으므로 청구인을 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하면서, 이에 대한 근거로 주식양수도계약서 상에 양도인은 청구외 ㅇㅇㅇ, 양수인은 청구외 ㅇㅇㅇ로 명기되어 있는 사실, 2004. 5. 17.에 기 신고한 법인세를 수정신고하여 법인세법상 지급조서제출불성실가산세 2,000,000원을 납부한 사실, 2004. 5. 18.에는 양도인 청구외 ㅇㅇㅇ가 양수인을 청구외 ㅇㅇㅇ로 하여 관할세무서에 계약서를 첨부하여 양도소득세 및 증권거래세 신고를 한 사실 등을 들고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 세무서에 제출한 주식등변동상황명세서를 근거로 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부가 쟁점이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제78조제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 법인세법 제119조제1항에서 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면,이 사건 법인이 2004. 3. 31.에 대전세무서장에게 제출한 2003사업년도 주식등변동상황명세서상 청구인 ㅇㅇㅇ가 이 사건 법인의 주식 34.43%를 소유한 상태에서 2003. 11. 1. 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 주식 10,000주를 취득하여 소유주식의 합계가 67.21%로 증가한 사실과 처분청이 이 사건 법인에 대하여 2004. 5. 12. 세무조사를 실시한 후인 2004. 5. 17.에 대전세무서장에게 주식등변동상황명세서 미제출 내용의 법인세 과세표준 및 세액신고서를 수정신고하여 법인세법상 지급조서제출불성실가산세 2,000,000원을 납부하였고, 또한 주식 양도자인 청구외 ㅇㅇㅇ가 2004. 5. 18. 이천세무서장에게 증권거래세 및 양도소득세를 신고한 사실은제출된 관계서류에서 알 수 있다. 이에 대하여청구인은 주식등변경상황명세서를 최초 신고할 당시 경리 및 회계담당직원의 착오로 잘못 신고하였다가 그 후에 다시 바로잡아 수정신고하였으므로 수정신고 내용에 의하면 청구인은 과점주주에 해당하지 아니하므로 취득세 납세의무가 없다고 주장하고 있으나, 기명주식의 양도는 상법 제336조의 규정에 의하여 배서 또는 주주로 표시된 자의 기명날인이 있는 양도증서에 의하여 회사와는 관계없이 행하여지는 것이며, 이에 의하여 양수자는 제3자에 대하여 명의개서의 유무에 불구하고 주식의 취득에 의하여 주주임을 주장할 수도 있으나, 주주와 회사와의 관계에 있어서는 주주명부(주식발행대장)에 명의개서하기 이전에는 회사에 대해서 주주임을 주장할 수 없을 뿐만 아니라 주권을 행사할 수 없다는 점 등으로 미루어 보아 과점주주로서의 주권의 취득일은 명의개서일로 봄이 타당하다 할 것으로서 청구인의 경우 이 사건 법인의 주식 34.43%를 소유한 상태에서 2003. 11. 1. 타 주주로부터 주식 10,000주를 취득하여 소유주식의 합계가 67.21%로 증가한 사실이 2004. 3. 31. 대전세무서장에게 제출한 2003사업년도 주식등변동상황명세서에 의하여 확인되고 있고, 더욱이 당초 신고한 주식등변동상황명세서가 회계담당직원의 착오로 잘못 신고되었다면 그 즉시 관할세무서에 주식등변동상황명세서에 대한 수정신고를 하였어야 할 것인데도 처분청이 이 사건 법인에 대하여 2004. 5. 12. 세무조사를 실시한 후인 2004. 5. 17.에 수정신고하였으며, 양도인 청구외 ㅇㅇㅇ도 양도한 주식에 대한 양도소득세와 증권거래세를 신고하지 아니하고 있다가 세무조사 후인 2004. 5. 18.에 ㅇㅇ세무서 하동지서에 신고한 사실 등으로 미루어 볼 때, 청구인은 2003. 11. 1.에 이 사건 법인의 주식을 청구외 ㅇㅇㅇ로부터 사실상 취득한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠으므로이 사건 취득세 등 부과처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23. 행 정 자 치 부 장 관